太后明白此举必是皇后所为，于是召来皇帝、皇后，以弘历之遭遇点醒皇帝，促成甄嬛回宫一事以平衡后宫势力，皇后几欲阻拦未果。

甄嬛去探望允礼生母舒太妃，告知自己怀了允礼骨肉，设计回宫是为了给允礼报仇。

甄嬛回宫前，皇后得知消息情知无法阻拦，特意怂恿皇帝大兴土木迎接甄嬛回宫，引得前朝言官非议，内外反对。为使甄嬛顺利回宫，皇帝决定为甄嬛改姓钮祜禄氏，封为熹妃，并称其为皇四子弘历的生母，甄嬛这才得以回宫。

果郡王逃出准葛尔生还，回宫拜见皇帝，却被皇帝指派去甘露寺接回新妃。果郡王与甄嬛重逢，大感命运弄人。甄嬛见不能回头，依旧狠心决定回宫。

果郡王力求一生保护甄嬛周全。甄嬛于甘露寺洗去从前困苦，由果郡王亲自接回宫中。

甄嬛回宫后极尽荣宠，住进奢侈的“永寿宫”中。四阿哥弘历依附之余更孝顺讨好甄嬛，甄嬛也以生母之份格外疼爱弘历，彼此各取所需。安陵容蓄意讨好，甄嬛不动声色，一一应对。甄嬛偶见叶澜依，感其特立独行，同时知道她身份卑微，被人陷害致不能生育。

皇后见甄嬛与从前大不相同，要除掉她更为困难，便挑拨甄嬛女儿胧月的养母敬妃与甄嬛的关系。

甄嬛母女相聚，胧月因故不认生母，甄嬛大感伤心，深怨皇帝。甄嬛与眉庄闲聊宫中事，才知人事大变。太后传旨召见二人。甄嬛精心设计，言语间承受住了太后的责问，重赢太后欢心。甄嬛在眉庄的陪同下返回宫中，途径储秀宫时，险些从轿中跌落。

孕期的甄嬛险些从轿上跌落，眉庄拼死相护；甄嬛发觉所经之路上的六棱石被人换成了长满青苔的鹅卵石，心知遭人算计，却不知到底是储秀宫的祺嫔还是欣贵人所为。甄嬛于是告知皇帝不适，皇帝大怒，命苏培盛彻查此事。

温实初得知眉庄为救甄嬛手腕受伤，赶来救治时无意表露爱意，眉庄欣喜害羞。

祺嫔分外嫉恨甄嬛，和欣贵人一起假意登门拜访；甄嬛无意间发现祺嫔不能怀孕的秘密——她身上戴着的一串麝香珠乃是皇后所赐。

欣贵人向甄嬛示好，依附甄嬛。甄嬛昔日的侍女佩儿被祺嫔毒打，甄嬛将计就计，命佩儿暗查祺嫔和欣贵人。陵容偶遇甄嬛，带着含有麝香的香囊接近甄嬛，意图使其小产，讨好之余不忘挑拨甄嬛与祺嫔的关系。

祺嫔装病邀宠，惹得皇帝不快。甄嬛巧罚祺嫔，赢得太后赞许，在宫中树立了威望。祺嫔有苦难言，暗恨甄嬛。

皇帝探望祺嫔，却发现她责打宫女；欣贵人频频暗示，皇帝终于动怒冷落祺嫔，降祺嫔为贵人。

祺贵人到皇后面前诉苦，反被皇后责骂；祺贵人憎恨陵容的讥讽，皇后一党开始内斗。

皇帝命苏培盛请来钦天监副使季惟生观看天象，季惟生以“危月燕冲月”之不祥之兆暗示安陵容的命理不祥，与太后等人相冲，需以静修为宜。皇帝深信不疑，决定远离陵容，并晋升季惟生掌管钦天监正使一职。

太后深感皇帝身边少贤妃，力劝眉庄侍寝。眉庄心中不愿，太后为使事成，令皇帝去看望眉庄，并让孙姑姑拿给眉庄一壶暖情酒，必要时服下。眉庄暗召温实初前来哄其喝下暖情酒，二人相好。

皇帝因星象一事刻意疏远陵容。眉庄告诉温实初自己有了他的孩子，并恳求实初保住自己和孩子的命。

眉庄假意丢了镯子偶遇皇帝，重得恩幸。眉庄屡被宠幸，一朝声称有孕，太后大喜。眉庄有孕后身份尊贵，陵容为赢取太后好感百般讨好眉庄，更意图通过眉庄接近皇帝；眉庄假意见她，过后便称不适，众人更以为陵容不祥。

皇后见甄嬛临产、眉庄有孕，自己更势单力薄，索性假称头风发作，对后宫诸事不闻不问。

敬妃因过于疼爱胧月，对甄嬛回宫后亲近胧月的举动心存妒忌。皇帝为使甄嬛开怀，一意孤行令胧月回到甄嬛身边，反而使胧月更加不愿接近生母，敬妃疼惜不已，为留住胧月在身边，只得向皇后求助。皇后看中敬妃心思，趁机挑拨离间。

苏培盛与槿汐“对食”之事被敬妃揭发，二人被重责罚入慎刑司受苦。甄嬛力保二人未果，不便出面再求，只得请端妃出面相助，救出槿汐。

温实初发觉甄嬛所怀乃双生子，认为其腹大之事已可掩饰过去。甄嬛请求皇帝先不要说出双生子之事。甄嬛腹大逾于常人，后宫流言顿起，皇后借他人之口暗示皇帝甄嬛腹中胎儿来历不明，但甄嬛早已料到皇后这一手，皇帝未与理睬，反而斥责了皇后。甄嬛则借机分清敌我，借皇帝之手大肆铲除异己。槿汐因被揭破与苏培盛之事大受打击，甄嬛极力劝解，槿汐终于振作。

中秋家宴即将到来，甄嬛得知果郡王即将从盛京归来，悲喜难言。中秋宴席上，浣碧打扮得格外夺目，以期得到果郡王注目。甄嬛身体不适，提出去外面走走，与果郡王私下相见，甄嬛故意态度冷淡。叶澜依尾随在后，暗中听到二人对话，认为是甄嬛辜负了果郡王，因而憎恨甄嬛。

回宫路上甄嬛被叶澜依暗算，以猫扑向其肚腹。甄嬛受惊吓难产，艰难之下痛苦诞下龙凤胎。皇帝喜获一双儿女，即刻下旨：永寿宫熹妃(甄嬛)晋熹贵妃，于皇子满月之日同册嘉礼；熹贵妃出月后赐协理六宫之权。皇帝为龙子赐名弘曕，公主赐名灵犀。