摩格为保住甄嬛性命，向皇帝提出要与甄嬛和亲，并求祛除时疫的药方。皇帝虚以委蛇，试探甄嬛态度。皇帝问责甄嬛，果郡王听闻此事大惊，欲不顾一切救回甄嬛，皇帝当即断定甄嬛与果郡王有私情。甄嬛为避嫌，自请前往准葛尔和亲。

皇帝对外散步甄嬛已经准备前往准葛尔和亲；对内圈禁甄嬛不让任何人知道其动向。送亲之日来临，果郡王不知是计，以为甄嬛已经出宫，私自带兵出关营救甄嬛。岂料，这一举动正好验证了皇帝对甄、允二人有私情的猜测。

允礼自承擅自领兵之罪，要求戍守边关受风沙之苦自惩。

一晃三年。皇帝期间命夏刈查获多封允礼与玉隐的信件，每封信件最后，都会提到甄嬛。皇帝明白了允礼的用意，下决心除去果郡王。三年后，允礼回宫。

甄嬛赐死果郡王有功，被赐予协理六宫的大权，位同副后。皇帝察觉甄嬛心中仍有允礼，与她日渐疏远。果郡王死后，皇帝为隐瞒真相，不准张扬。玉隐在果郡王葬礼上撞棺殉情而死。

甄嬛疑惑皇帝为何突然要杀果郡王，苏培盛找来允礼与玉隐的家信，信中结尾均是果郡王问及甄嬛安好的言词。甄嬛领悟到，这才是导致皇帝起了杀机的原因，十分憎恨皇帝。

皇帝假意问起甄嬛立嗣一事，甄嬛识破皇帝用意，表示弘曕年纪尚小，弘历才能堪当大任，皇帝微笑不语。

弘历感激甄嬛相助，愈加孝顺。

叶澜依痛恨皇帝赐死允礼，假意承宠，暗自给皇帝使用暖情香，并骗其服下含有慢性毒药的丹丸，皇帝沉溺声色。皇帝病重，怀疑六阿哥弘曕身世，吐血病倒。

皇帝新宠孙答应和侍卫私通，被敬贵妃逮个正着，皇贵妃和甄嬛商议，此事千万不能惊动皇帝，让甄嬛独自处理为好。甄嬛故意将此事绘声绘色、添油加醋地告知皇帝，皇帝由此及彼，想起母亲皇太后当年与隆科多私通一事，怒不可遏，病重不起。

叶澜依最后给皇帝服用了所谓长生不老的金丹。皇帝弥留之际，甄嬛独自陪伴其身边，将所有真相讲给皇帝听，皇帝急火攻心之下驾崩。

甄嬛来到废弃的景仁宫最后一次探望皇后，皇后以为自己还能当上皇太后，没想到甄嬛告诉她先帝生前与他死生不复相见，而且一直会让她当一辈子的皇后；自己能够有今天，全都是拜皇后所赐，皇后翌日于绝望中孤独死去。

甄嬛被尊为太后，扶持四阿哥弘历登基。为保儿子弘曕一生平安，免去弘历对弘曕的疑心，甄嬛自请将弘曕纳入果郡王名下，成为一世的亲王，永不参与朝政。

虽然得到了无以伦比的荣华富贵，可是她身边所有的朋友、包括敌人都已经不复存在了。甄嬛，这个当初怀有梦想和美好憧憬的女子，只能一个人身心俱疲地躺在睡榻上，享受着那份孤独和寂寞，回忆起一件件令人伤心的陈年旧事，回首望去，不过是一代封建王朝的悲情故梦罢了。

【大结局】