甄嬛如约在雨中等着那个自称“果郡王”的人到来，结果却失落而回。余答应路过时见到甄嬛，颇感意外。皇帝见过太后便匆匆赶往御花园赴约，却已人去楼空。皇帝染了风寒，病倒数日。病愈后的皇帝惦记甄嬛，瞒着华妃独自前往御花园。窥伺皇帝行踪尾随至御花园的余氏遇见甄嬛，趁机欺凌并口出狂言。

皇帝出面维护甄嬛，贬斥余氏，命苏培盛将余氏迁至远处。甄嬛此刻大吃一惊，呆立原地久久未动。眼前这个人并非果郡王，而是君临天下的皇帝！皇帝喜爱甄嬛，破例在未侍寝前晋封甄嬛为“莞贵人”。甄嬛得皇帝关注之事传遍六宫，皇后早有戒备，唯独华妃对此嗤之以鼻。眉庄、陵容前来道喜，众人纷纷逢迎。甄嬛对皇帝动情，决意接受挑战，与温实初商定瞒下装病一事，慢慢“病愈”。期间，甄嬛与皇帝下棋谈书，调香烹茶均投其所好，皇帝愈发对甄嬛钟情。

侍寝之夜，皇帝赐浴汤泉行宫，皇后大度，以身体抱恙为由未一同去行宫，有意成全皇帝和甄嬛。新婚之夜，甄嬛以一双红烛祈求白头到老，皇帝感动。次日，甄嬛早早来到皇后宫中请安，皇后甚是满意，与甄嬛投缘。而在碎玉轩，皇帝已赐下“椒房”恩宠，更体贴甄嬛心意，按民间嫁娶“撒帐”习俗讨甄嬛欢心，两人感情更加深厚。甄嬛一连七天受宠，华妃在宫中醋性大发，身边的曹贵人劝她静观其变，而华妃则如临大敌。

康禄海获知甄嬛得宠，想重回身边伺候，被甄嬛拒绝，但丽嫔为此与甄嬛结怨。众妃在皇后宫中闲谈，华妃矛头指向甄嬛，并让众妃嫉恨甄嬛专宠。皇后为平衡后宫，制止华妃，甄嬛对皇后甚为感激。

华妃见甄嬛受宠，又与眉庄交好，便挑拨两人关系，孰料眉庄并不所动，甄嬛与之坦诚相待，两人情意更甚从前。甄嬛为保平安，恳求皇帝不要专宠自己，以免六宫妒恨。皇帝依言去看望齐妃，甄嬛心中失落；皇帝忍不住来看望甄嬛，甄嬛以“四郎”相称，更得恩宠。

华妃离间不成，便决定先除掉眉庄，以免后患。她以让眉庄学习六宫事宜为借口，故意刁难眉庄，眉庄为顾大局，不与之相争。华妃独大，皇后也不便插手，只能睁一眼闭一眼。华妃又施一计，趁夜深眉庄回宫途中，故意叫人引开眉庄身边的侍女，独留眉庄一人在千鲤池旁。华妃身边太监周宁海把眉庄推入池中，眉庄不懂水性，几乎淹死。次日，眉庄醒来明白告知甄嬛，一定是华妃所为，只是苦无证据，需暂时隐忍，但要与华妃斗到底，甄嬛担忧。

眉庄深恨华妃却不能轻举妄动，甄嬛唇亡齿寒，更警惕华妃。甄嬛身体倦乏贪睡，心生疑惑，温实初发现是有人在甄嬛汤药中加入会致人痴呆的毒药。甄嬛惊怒之下与众人设计抓出内奸花穗与小印子，审问后二人招认是失宠的余氏指使的。

甄嬛告知皇帝余氏陷害自己的歹毒行为，同时道出当日倚梅园中余氏冒名顶替自己之事，皇帝大怒赐死余氏，余氏不肯就死。甄嬛不愿再问此事，陵容为报答甄嬛，撞着胆子前往冷宫，告诉苏培盛用弓弦勒死余氏，将其痛快了解。事后，陵容前来告诉甄嬛这一消息时，却听到眉庄对自己行为的怀疑和不解，不禁伤感，更觉自卑，独自离去。陵容第一次与眉庄、甄嬛之间产生隔阂。

甄嬛和槿汐怀疑余氏背后有人指使，便布下迷魂阵，待此人自投罗网。陵容发觉丽嫔深信鬼神之说，便让小允子扮成女鬼，把丽嫔吓得当场说出华妃是幕后主使的真相；华妃深感不安，欲带走丽嫔。甄嬛与眉庄一起拖延时间，不惜与华妃当面对峙。关键时刻皇后赶到，带走了魂飞魄散、满口呓语的丽嫔。华妃惊怒交加，曹贵人赶来宽慰华妃。

皇帝安慰受惊的甄嬛。事后，太后从丽嫔口中得知真相，为保皇家颜面，太后命皇后将丽嫔废入冷宫。因此事涉及华妃，皇帝一时震怒，下令暂时夺去华妃协理六宫的权力。太后见眉庄心细谨慎，让皇后多加培养。华妃被冷落后，曹贵人因生有温宜公主而未受连累。没了华妃的掣肘，曹贵人利用女儿在皇帝面前邀宠，渐生摆脱华妃控制之心，无奈因其出身一般，终是有心无力。浣碧在宫中郁郁寡欢，因思母心切，不顾宫中禁忌，私自在假山后烧纸祭母，被曹贵人当场逮到，此事也成为其日后利用浣碧的把柄。

众人前往圆明园行宫避暑。皇帝因顾及年羹尧权位及旧情，不得不带上华妃一同前往行宫。果郡王允礼应诏入宫陪皇帝射箭取乐，其一箭双鸽的精湛箭术勾起皇帝心中多年的忌讳。允礼察觉出皇帝的不满和质疑，当即表态自己会韬光养晦般存活于世，必定远离朝政。甄嬛前往皇帝处伴驾，曹贵人借机挑拨离间，暗示皇帝当日遇见甄嬛时假借果郡王之名，恐引起甄嬛对允礼产生倾慕之情，而非皇帝本人。

生性多疑的皇帝立即对甄嬛心存芥蒂，责问甄嬛是在何时对自己有情，甄嬛以余氏欺凌皇帝解围为由，巧妙地周旋过去。眉庄有宠无孕，深感无依无靠，便召来同乡—太医刘畚索取生男秘方。甄嬛告诫眉庄需谨慎，眉庄让甄嬛尽可放心，刘畚乃自己同乡，并无不妥。恰逢温宜公主满周岁，皇后准备好好操办。曹贵人设宴邀请甄嬛、眉庄等人，席间眉庄恶心呕吐，众人皆认为其怀孕，皇帝更是喜出望外。太医刘畚当场确认眉庄已有一个多月的身孕，皇后关照眉庄让其安心养胎。