皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置年氏同党，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母亲皇太后昔日的旧情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。

太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不忍昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已。

温实初发现甄嬛与果郡王二人相恋，深受打击。太后因隆科多一事病重卧床不起，皇帝却不予探望，只有眉庄天天在太后身边悉心照顾。

陵容在宫中少了很多对手，为讨好皇帝使尽浑身解数，导致皇帝纵欲过度高烧不退，太后知晓后大怒。

果郡王入宫侍疾，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称，深受触动，惶恐不安。

皇后发觉陵容已不似从前那么容易掌控，竭力用祺嫔制衡陵容。

允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子；甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是位准葛尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。

皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园百骏园闲逛时，偶遇驯马女叶澜依，即刻被其桀骜不驯的独特气质所吸引，欲将其带回后宫。

凌云峰禅房中，甄嬛终于决定和相爱的果郡王在一起，二人许下终身之约。

皇帝新宠叶氏入宫后即封为答应，此举违背祖制，引起后宫其他众嫔妃的不满。皇后无意间得知齐妃对儿子三阿哥的前途野心勃勃，于是欲除掉齐妃。

皇后暗中点拨齐妃小心皇上新宠叶氏，齐妃明白皇后用意，认为叶氏得宠有孕，必将影响自己儿子的前途。齐妃命太医配好九寒汤送给叶氏服用，叶氏明知有诈，毅然喝下汤药导致腹痛。皇帝得知叶氏从此失去生育能力后震怒，命人彻查究竟。

种种证据指向齐妃，齐妃百口莫辩，只得向皇后哭诉求情，此举正中皇后的圈套，皇后告诉齐妃她已不会赢得皇帝欢心以及“子凭母贵”的道理，齐妃眼见儿子与皇后亲热的情景，深知自己的罪行会连累儿子前途。齐妃托付皇后照顾皇长子弘时，绝望自杀。

皇帝及众人以为齐妃系畏罪自杀，死后无封。皇后收养皇长子弘时。

眉庄同情叶氏遭遇前来拜访，得知叶氏根本不爱皇帝，无意得宠。除去了齐妃，皇后在后宫的地位更加牢固，到处是自己的势力。太后看在眼里内心焦急，找来皇后对其进行教诲，岂料皇后如今已是羽翼丰满，言语中不断冲撞太后。

叶氏因九寒汤一事受屈，皇帝晋升其为宁贵人，但叶氏根本不在乎这些称谓。御花园中，叶澜依巧遇果郡王，欣喜不已，并对其吐露心声，说出自己将永念允礼昔日救命之恩，希望来日报答。果郡王让叶氏自己珍重。

果郡王允礼奉皇帝旨意出巡滇藏，与甄嬛相约回来后两人以假死药出逃。眉庄暗地探访甄嬛，告诉甄嬛其父在外一直被果郡王派人暗中保护着；但果郡王刚赴滇藏，甄父便传来病危的消息。

甄嬛明白此举应为瓜尔佳氏所为，恨自己不能出力，眉庄劝甄嬛自保为先。

果郡王逾期未归，甄嬛发现自己有了身孕，欣喜之际却从温实初口中得知允礼已惨死他乡的噩耗。甄嬛有孕，求死不得，为保住腹中允礼的孩子，为复仇雪恨，甄嬛决意设计回宫。

槿汐为促成甄嬛回宫，甘愿自我牺牲，入宫找到皇帝身边大太监苏培盛，作其“对食”妻子；苏培盛深受感动，答应助甄嬛一臂之力。

苏培盛以为太后祈福为由，请皇帝入甘露寺进香，皇帝欣然前往。甄嬛费尽心机获得皇帝的注目，加之皇帝本就对其余情未了，两人迅速复合，甄嬛在寺中侍寝。

皇帝回宫后，隐瞒与甄嬛私会的消息。不久，甄嬛称自己怀孕；苏培盛请来温实初亲自为其把脉，温实初明白甄嬛回宫复仇的用意，知道相劝也是无果，只能鼎力相助。皇帝得知甄嬛怀孕，意欲接甄嬛回宫。皇后听到甄嬛有孕的消息感到震惊，悔恨自己一时大意，让甄嬛钻了空子。

为防止甄嬛回宫，皇后亲手策划了一系列好戏给别人看：先是进香香柱断裂不止，然后自己佯装失足落水，另一边安插他人候机在太后寿康宫里点火，闹得宫里是非不断。陵容候机在皇帝旁边煽风点火，并请来钦天监正使，以天象不详之名暗示甄嬛怀孕有不祥之兆，皇帝决定暂缓甄嬛回宫一事。

四阿哥弘历汤中被人下了毒，嬷嬷误食后惨死，恰巧让眉庄碰上，把弘历带到太后跟前。