袁世凯决定将计就计，搞臭黎元洪。袁授意陆军军法处逮捕张振武，将其"秘密处决"，引起参议院置疑，对此事立案审理。 袁世凯假意为参议院所逼而被迫交出黎元洪所发密电，虽然自称出于热爱民国而下令杀人，却把主要责任推向黎元洪，一时间，舆论哗然。 孙文对二人利用共和勾心斗角十分不满，当面质问黎元洪，黎元洪有口难言，却奉劝孙文放弃赴京找袁世凯发难的打算。

孙文终于赴京，受到袁世凯盛情款待，黄兴没有出席宴席，和杨度在郊外密谈，一心立宪的杨度已对袁世凯丧失信心，却仍不肯为实现共和出力。 袁世凯会见黄兴，企图拉拢黄兴出任北洋军总参谋长，黄兴断然拒绝，并旁敲侧击地警告袁世凯不要借共和的旗号谋求私利。 孙文和袁世凯谈起民国初建的诸多事宜，袁世凯闪烁其词，极力搪塞。 孙文见到了隆裕，隆裕对袁世凯的首鼠两端恨之入骨。

孙中山来到宫中见隆裕，二人话不投机。 孙中山再次与袁世凯见面，商讨新政府诸事。孙中山表明自己不参加大总统竞选，并答应说服党同内成员，袁世凯松了一口气。高兴之余，袁答应自己的内阁成员全部参加孙中山的国民党。另一面，宋教仁积极筹备建党会议事宜。 国民党正式成立，孙中山表明对袁世凯的信心和支持。 袁世凯设宴，宣布让孙中山负责筹划全国铁路，并授黄兴全国铁路建设督办。孙中山拿出《建国方略》交与袁世凯。 梁启超决定回国为国效力，康有为却表示要忠于大清，等待时机帮助幼主复辟。二人分道扬镳。 袁世凯与宋教仁讨论国会大厦的建设，宋教仁认为议会权力最大，袁世凯、赵秉钧颇为不快。袁许宋教仁以内阁总理，宋教仁却说自己不想当"钦命"的官，而是要做民选的官，袁世凯大怒。赵秉钧又妒又气，认为国民党对自己的副总统之位是个威胁。

袁世凯亲自接回国的梁启超，言谈中，对共和颇有悔意，对孙中山的约法和内阁总理制很是不满，认为限制了自己的权力。 袁世凯将共和、民主、统一三党合并为进步党，奉梁启超为党魁，欲与国民党抗衡。 另一边，宋教仁带领的国民党竞选国会议员运动，也在南京前总统府全面启动。梁启超亲自到南京，带人将国民党竞选宣传的过程拍下来，亲眼看到了宋教仁热情百倍的工作场面。 孙中山与宋教仁亲自到乡间，深入浅出地讲解民主思想。 袁世凯看了梁启超带回的录相，深感自己的进步党竞争不过国民党。赵秉钧则担心宋教仁最终会当选总理。 宋教仁与记者田沫到一家古董店买东西。与田沫颇为相熟的掌柜王阿发偷偷告诉她，有人要杀宋教仁。田沫大惊，宋教仁却不以为意。 孙中山新居中，众人喜闻国民党在国会议员竞选中大获全胜。孙中山与宋教仁激动不已。孙中山准备东渡日本，为保宋教仁安全，托江苏巡查长应桂馨护送宋教仁赴京。 上海火车站，众人为宋教仁送行，宋教仁遇刺身亡。

孙中山惊闻噩耗，立即从日本回国。 梁启超怀疑暗杀为袁世凯所为，愤然找袁质问。袁世凯断然否认，并下令严查凶手。 黄兴等人怀疑应桂馨与刺宋案有涉，欲从他身上查出幕后指使者，却苦无证据。田沫设计从应妻手中拿到了应桂馨写给赵秉钧的信。 上海检察厅检察长毅然向北京发出传票：传讯嫌疑人，中华民国国务总理赵秉钧。 袁世凯陷入尴尬境地。 宋教仁灵堂，孙中山悲痛万分，要为宋教仁做点什么。 新落成的国会大厦中，中华民国第一届国会开幕。身为参议员的罗文在会上提议，在宪法起草之前，对本届内阁和国务总理赵秉钧进行弹劾，众议员纷纷附议。迫于压力，更为了保住自己，袁世凯态度坚决地表示同意罗文的提议，罗文等深感意外。 宋教仁的死，令孙中山彻底看清了袁世凯的真面目。

孙中山决定发动二次革命，黄兴等大多数人却还对袁世凯存有幻想，不同意立即发动革命。孙中山深感痛心。 袁世凯正式宣布解了赵秉钧的总理之职，由段祺瑞代替。战战兢兢生怕被人暗杀的赵秉钧，千防万防，却没想到却被袁世凯灭了口。 黄兴终于承认自己看错了袁世凯，同意发动二次革命，孙、黄二人再次携手走到了一起。 为了对付孙中山等发动的二次革命，袁世凯与段祺瑞商量，要向英、法、德、日、俄等国借钱。 袁世凯向五国借款，并以利益为饵，让几国同意，不经过民国国会同意，只以他一个人的意见为准，向各国借2500万英磅。 孙中山热情百倍地筹划二次革命，黄兴却对各省都督颇不放心，他分析经济、军事及各国态度，对战争忧心忡忡，并指孙中山是纸上谈兵。孙中山卖了新居，为革命筹款，黄兴感动万分。 袁世凯以所借外债收买自己的旧部及各省都督，以使他们全心对付孙中山。善于用兵的袁世凯，将战争形式分析得滴水不漏，胸有成竹。 十五省都督，只有两个响应孙中山的号召，孙中山万分痛心，却执意要将革命进行到底。 二次革命失败，孙中山被迫再次流亡海外。