留香等人见丹鼎炉旁有鸽，知无花已布下阴谋，情势危急，留香即用其绝技解救困厄，并救回李玉函。 宫南燕见阴倩被捕，其游说倩作反的秘密，迟早泄漏，乃再入神水宫，击毙南苹，杜绝后患，再入水牢救倩，藏之入尼姑庵中，避过一时。 杨雁奉姬命杀倩，已掌握线索，到明月客店找得南燕。燕伪称带雁找倩，并在茶中下毒，威胁雁带之返神水宫，并要雁向姬荐之为助手。雁怕毒发身亡，逼得答允。 燕再见到姬，姬要燕取回倩之人头立功。燕又故意在尼庵分布三数样貌似神水宫人的人物，令倩心生恐惧，欲离尼庵，燕乘时进言谓愿与倩入神水宫，偷袭阴姬。倩信之，被刺身亡。姬开始信任燕，燕走告无花。 无花又与高太君密谋，利用沈慧珊之妹慧琳，对付楚留香。因知慧琳在青衣道长门下习艺，二人往找青衣。青衣正与嵩山派弟子在墓外展开血战，无花与高太君在旁暗中偷窥，嵩山派中人惨败，高太君突出奇计，与青衣比试内功，故意以「神功」伤及青衣道长，使青衣误会己真为楚留香暗算，并引出慧琳出山，对付留香。

青衣伤及要害，旋即逝去。慧琳在墓穴内久不见师面，且发现其师遗书，乃依照指示，走出墓外，先找其姊慧珊，再找留香报仇。 慧琳赶往寻姊，无花化名游天云，藉买画及在郊途相遇，与慧琳结识。无花自愿带路，与慧琳寻找其姊，先着人把天星帮破坏烧杀一通，然后与慧琳赶及观看，又谓为楚留香所为，加深慧琳对留香的仇恨。 琳与无花同往皖西，由郭城假冒天星帮弟子，告知琳慧珊已死，琳谓留香诛杀其师，又杀其姊，此仇必报。 无花教琳杀楚，只可智取，不能力敌，诱之回返古墓才可下手。 琳穿上其姊遗下衣物，故意去到船上，众以为鬼魅出现，楚对珊一往情深，以为慧珊，珊突出剑行刺，责楚为伪君子，直斥其杀姊之非。楚解释误会，并谓要带琳往济南见丐帮中人，证明一切。 珊诱楚回古墓，要与楚同归与于尽，在墓内展开大战。

留香、慧琳墓内决斗，琳负伤仍阻留香离去，但发觉所储食物食水全被取去，显然有人暗害，琳对自称游天云的无花显已生疑，又发觉墓道出口已被堵塞，一时方寸大乱。两人只好冒险从秘道逃生，途经石室，危机四伏。 两人终走出墓外，琳对楚留香已生信任之感，便把何以认他为杀人凶手之经过，详述一番。楚推断教唆陷害的人，必为无花；并谓无花才是真正杀死慧珊的凶手。琳激动，要找无花报仇，但返回客舍，无花已踪影杳然。 楚带琳到慧珊猫庐旧址，追述与其姊认识经过。忽又悟及船上蓉蓉等人安危，即匆匆赶返。 无花果然藉留香不在之际，到船上逞凶。威胁甜儿、蓉蓉，要取两人性命。此时铁花已醉，护花无力，幸楚及时赶回，无花以甜儿作为人质，又得安然逸去。 楚挽留慧琳在船上暂住，又对琳多方维护，蓉蓉看不过眼，心生妒意，对甜儿直陈心事，甜慰之。 阴姬要再度整顿神水宫门规，交宫南燕执行。燕处处与屏姐为难，屏姐致书蓉蓉，述及近况，蓉决定不告而别，到神水宫一行。

蓉蓉因妒生恨，离船而去，甜儿相送一程，望她回心转意。 二人忽见远处人群麕集，走看热闹，只见人口贩子陈七，安排妇女上船，运往他处。蓉疑心目的地为神水宫，便鼓励甜儿上船，相约在神水宫后再设法会合。 蓉入神水宫得见姑妈屏姐，屏详述宫中近况与宫南燕的阴谋，要搜集燕之叛乱证据，但孤掌难鸣，因请蓉到此相助。 陈七把妇女载至神水宫，移交女杀手朱英，甜儿亦在其内。 屏姐带蓉蓉见阴姬，请求收留，宫南燕横生枝节，谓蓉与楚香交谊最厚，到此恐有目的，姬因信任屏姐，不理闲言，留下蓉蓉。 燕之心腹雪儿，无意间得见甜儿，向燕告密，甜儿类村妇，燕谓到此之人插翼难飞，不必多疑。 朱英分配新来妇女工作，将瓷瓶神水，滴入酒缸中，运到别处出售。甜儿知此事有诈，心中焦急。 江南各地连日发现酒中因混有神水毒药致人于死的事件，二大名捕与青年捕头飞鹰会商，前往神水宫，追究责任。 甜儿偷窥神水宫秘密，被朱英责打，蓉蓉无意间发现此事，出手相救，而江南各大名捕，亦到达通往神水宫的尼庵外，追查毒酒事件。

宫南燕见众捕快要闯神水宫，恐毒酒事泄露，又嫁祸与其亲信雪儿。在雪儿面前说阴姬已知悉一切，并谓阴姬答允一切概不追究。当雪儿见姬时，乃直言一切皆己所为，代燕受过，燕乘时执行宫规，处死雪儿。雪儿欲再有所辩白，但为时已晚。 甜儿入神水宫，由蓉带之往见姑妈，姑妈再带之往见阴姬。蓉并把儿如何上船，如何被聘至此，如仃捕快要闯宫之事，一一尽说，姬嘱蓉与捕快接触。 蓉见青年捕快飞鹰，鹰定要闯宫，蓉被其纠缠不过，乃为之引路，但蓉轻功高明，飞鹰追之不及。燕突幪面出现，又施奸计，用木箱把鹰运入宫内，并谓鹰之武功，绝不及姬，欲对付姬，只有预早藏匿暗处，待其练功后休息之时，施以突袭。并谓不论成功与否，回身逃走时，可走一门挂丝巾之处，即可安全。 飞鹰混入后，偷袭阴姬之计不售，事急之际，逃入蓉蓉房内。蓉见鹰曾有一面之绿，乃收留之，燕即向姬告密。姬、燕、杨雁等人一起前来搜查，人赃并获，姬震怒，乃把鹰、蓉同囚水牢。 燕又到牢内，逼鹰服下乱性之药，使鹰杀蓉，造成自伤残杀的假象。幸好甜儿知蓉处境危险，已致书留香。留香、慧琳乃即赶赴神水宫。

　水牢中的飞鹰，渐转苏醒。对前所作所为，茫然不解。 屏姐入见阴姬，谓有人潜入水牢，欲加害蓉蓉，姬反应冷淡。姬对杨雁私语，谓屏姐若与蓉勾结，迟早会往救蓉，届时自会将之处置。 宫南燕故意留下神秘信件，信由青龙会发出，要神水宫归顺，并有九月初九日分舵代号。燕乘时谓宫内显有内奸，姬嘱之代查。 燕又见无花，无花谓已雇请有东瀛武士多人，两人里应外合，定必攻破神水宫，但无花得知楚留香正赶至，心中不禁冷了一截。 燕以捉拿内奸作为借口，逼令屏姐承认为青龙帮中人，在纸上签字，并持此通知姬，姬又处决屏姐，燕乘此将甜儿押入水牢，当众宣布屏姐手下宫女，将归之率领。 燕发出讯号，通知无花等闯入神水宫，已是时候。宫突发难，刺伤阴姬，姬要与众同归于尽，把神水宫主梁推倒，众宫女急奔出，而姬已死。无花促燕急走，燕要杀蓉，甜儿趁众人纠缠之际，要杀害宫南燕。