明朝洪武初年，皇帝朱元璋推行新政，肃清吏治，提出“杀尽贪官”的口号，决心建立清正廉洁的王朝。不想，其家乡濠州发生了以高峰、黄纲等农民为首的暴乱。御审中，黄纲招认造反的原因是“千户”黎洪强、张道光克扣修城劳工的粮饷，以致修城的一千多劳工饿死病死数十人。

工部左侍郎韩铎否认黄纲所说情况，向朱元璋进言，对高峰和黄纲等人严厉镇压。刑部尚书唐铎禀报，根据工部营膳所所丞郑士元揭发，韩铎上任后，伙同工部郎中丁嗣忠、翁经正、员外郎胡顺华、姚能玉等官员，不仅卖放工匠，还克扣工匠伙食，盗卖芦柴木炭等物资，私分非法所得款项。至于高峰和黄纲等农民造反引发的“濠州之乱”，也与韩铎对部下过分纵容有关。朱元璋查办涉案的丁嗣忠、翁经正、胡顺华、姚能玉等四人。韩铎事情败露被杀，

工部营膳所所丞郑士元揭发韩铎、丁嗣忠、翁经正等人贪污有功，获得朱元璋特别召见。郑士元以为告发韩铎等人贪赃枉法一事被驳回，身穿打了补丁的旧黑袍上殿请罪。朱元璋见其清廉奉公，不但没有降罪，反而赏赐两千贯钱给他贴补家用，并升其为监察御史。

郑士元虽然得到赏赐，却将钱财封存，以示清廉。朱元璋到其家中探望时看到郑士元果然克勤克俭，对其更加信任。风闻秦淮河上经常出现商人贿赂官员的“花船”，朱元璋遂带郑士元微服私访。在临河的一家酒肆，两人遇到教书先生韩宜可。韩宜可指认一条停在码头上的大船，告诉朱元璋，该船就很可能是条“花船”。朱元璋为查明实情，带郑士元和一名护卫军官乘小船追上大船，对船家谎称商人，登上该船。岸上的韩宜可看着朱元璋等人上了船，不知是吉是凶。

朱元璋等人登上大船，进入大舱，舱内四周坐满官员，茶几上摆满吃食酒水，官员们各拥美妓。荆州知府林万泉见有陌生人上船，责令通判李元生上前询问。朱元璋自称是在京任职的官员，骗过李元生，进入大船内的单舱查看。

暗访中，朱元璋在一间单舱内撞见徽州知府康清寿和大同知府周大为狎妓。待朱元璋离开后，周大为忽然想起刚才见到的人好像是皇帝朱元璋，遂拉着康清寿找到“花船”的庄家林万泉通报情况。林万泉，伙同康清寿和通州知府吴至清等人欲意弑君自保。随从军官觉察到船上气氛不对，劝朱元璋马上离开“花船”，朱元璋却执意不肯。

林万泉、康清寿等人集合了随身带领的贴身士兵正要行动，朱元璋等人出现在大舱门口。朱元璋的突然出震慑住了船上了士兵和官员，以康清寿为首的众人纷纷跪倒在船头。此时，岸上已经集了无数士兵。

及至大船靠岸，朱元璋命令对船上的官员，验明身份，尽数押解大理寺。见朱元璋上岸，韩宜可挤上前来谢罪。朱元璋欣赏韩的胆识的才学，当场封他为监察御史，希望他和郑士元一样能够协助自己纠劾奸邪、整肃官风。

鉴于“花船”一案是根据郑士元通报的民间“风闻”查获，朱元璋决定恢复风闻言事制度，在午门外设立“登闻鼓”，民间有冤情者，可直接敲登闻鼓向皇上申诉。刑部尚书唐铎和郑士元、韩宜可等人均表示赞同。朱元璋余兴未减，还想听听其他“风闻”，郑士元禀报定远知县朱桓在任上敲诈勒索贪赃枉法的传闻。由于朱桓是朱元璋的侄子，文武官员听郑士元说完无不惊愕。韩宜可表示也曾听说朱桓借皇亲国戚之威望在民间为非作歹的传闻。朱元璋遂派郑士元和韩宜可在赴潞州途中顺便查访定远县的传闻，表示如果传闻属实，要对朱桓严惩不贷。

刚到定远县城门口，郑士元和韩宜可见到朱桓送父亲朱六九出城。他们从百姓口中得知，朱六九进京去见皇上朱元璋。

在定远县，郑韩两人调查民情，获知当地税收问题严重。按朝廷规定，税收为三十税一，而定远县则按三十税三征收，另外还对茶叶、盐、油、布匹等加征税收。

朱桓曾在庐州府任职知府，因为贪污和强奸民女，被人告发。朱元璋本来要杀朱桓，后因堂兄朱六九求情，饶过朱桓死罪，贬到定远县。朱桓遭到贬谪，非但没有悔改，依然仗势欺人，滥收捐税，为非作歹。课税局大使吴金德是朱桓妻子吴氏的哥哥，平日里投其所好，不仅帮助朱桓征收苛捐杂税，还帮他寻找美貌女子。这天，吴金德带朱桓来到邀月酒店，见帮工小琴貌美，朱桓顿生歹意，强行把小琴带到酒店后面的房间施暴。

郑士元和韩宜可调查民情来到邀月酒店。听到后面房间有女孩子的叫喊声，郑士元查问究竟。在酒店放风的吴金德百般遮掩。等朱桓得逞后从后面出来，两从匆匆离去。

听到后房传出小琴的哭声，郑士元寻问秦老板事情缘故。秦老板照实说出了朱桓的恶行。郑士元嘱咐秦老板将事实笔录下来，让小琴按了手印，留着备用。

朱六九仰仗对朱元璋有赠地埋葬家的恩情，见到朱元璋以堂兄自居。在皇宫，朱元璋陪朱六九看戏聊天，待为上宾，夜间还同睡一张龙床。聊天中，朱元璋嘱咐朱六九要告诫朱桓安分守己，不要再做犯法的事。朱六九满口应承，希望朱元璋提拔朱桓。

朱六九为儿子在朱元璋面前说尽了好话，却不想朱桓在定远县的行径愈发令人发指。就在强暴完小琴后，朱桓又在街上窥见县衙副巡检张议妻子张妾的美貌……

朱桓也听说朝庭派出御史到地方巡查各级官员的政绩，不过仗着“皇侄”身份这道“护身符”，他依然为所欲为。因见张妾貌美，朱桓回到县衙便提升张议为主簿。张议不知其真正用意，热情邀请朱桓到家中喝酒答谢。哪知朱桓在张家见到张妾后露出本性，先是让其陪酒，而后硬行将其带回府去。张议迫于朱桓权势，只得眼睁睁看着妻子被带走。

朱桓回到府中，对张妾强行非礼，而张妾坚决不从，一头撞向墙角，昏迷不醒。吴金德禀报张议失踪，担心去京城告状。朱桓却不以为然，最终也没有放过张妾。事毕，朱桓让人将张妾送回张家。

此时，出巡中都的朱元璋送走了朱六九，在滁州行宫见到了赶来觐见的郑士元和韩宜可。郑、韩向朱元璋禀报了在定远县查访的情况。朱元璋决定扮作商人与郑韩二人再去定远县暗访查实。在定远县，朱元璋见郑韩所奏情况果然不差。一家药店内，朱元璋一行人遇到吴金德带着王衙役以查税名义敲诈店主。店主感激朱元璋等人照顾他的生意，告诉了他们朱桓抢夺张妾的事情。朱元璋闻听急忙带着郑士元和韩宜可赶往张议家查问详情。

张妾被送回家后，一直不见张议。她置办了一桌酒席请来几位有声望的邻居，向大家解释了自己是如何被朱桓带回府去，又遭到其如何强迫。说完这些，张妾从身上抽出一把尖刀，刺入胸口。

朱元璋急着查办朱桓强抢张妾一事在随从的陪护下赶往张家。朱元璋等人赶到张家时，张妾已经自杀身亡。朱元璋又率人赶到县衙，传令监押吴金德和朱桓，交郑士元和韩宜可审理，而后起驾前往中都。

向定远县衙所有任职人员的询问中，有官员向郑士元检举，朱桓曾密令吴金德到庐州搞到一张盖有庐州府印信的空白文书，伪造一份增设税种、税额的通令；有衙役禀报吴金德以皇亲名义四处勒索，数额巨大，估计在五万贯以上；朱桓以为朱元璋修建行宫为名，从税收中贪污总计约十五万贯以上。另外，朱桓和吴金德均有强奸民女的恶迹。这时进京告状未果的张议也回到定远县，向郑士元递交呈状。

郑士元正在堂上听张议的陈述，差人禀报说有位商人要报告机密事宜。来人是曾经与郑士元有过一面之交的陈冬至。他奉劝郑士元在清查朱桓所犯罪责时应该把握分寸，适可而止，不要搞到让皇上杀也不是，不杀也不是的程度。郑士元料到陈冬至是受朱六九之命前来说服并威胁，于是暗中让韩宜可安排文书在隔壁录下了陈冬至所说言语，事毕让陈冬至签字留作备案。

郑士元将陈冬至的笔录卷宗，连同对朱桓案审理后的奏折一并送往中都。朱元璋看后问太子朱标应该如何处置此案，朱标宅心仁厚，不想做出决断。

朱六九见陈冬至没能说服郑士元，索性亲自到县衙指责郑士元。依据所犯案情，朱元璋判吴金德，以及县丞罗明通、主簿孟庭林皆为凌迟刑，尽诛三族。另外，凡贪污八十贯以上的官员，不论级别大小，一律处死，没收财产。对陈冬至则割舌后枭首示众。

朱元璋由中都回到定远县，提审朱桓等人。朱六九在府中接到报告，马上命人备马，为了保住朱桓的性命，准备大闹公堂。

朱元璋于县衙提审朱桓、吴金德等人。朱六九闻讯赶到县衙，被挡在门房不得入内。

如此严厉的刑罚吓得朱桓浑身发抖，求朱元璋再饶他一次，情愿不再做官，回老家为朱元璋守护祖陵。朱元璋念及朱六九的亲情和恩情，不想处死朱桓，却碍于刑律不能主动说出饶过朱桓的话，是以在堂上责令将朱桓重打一百棍。朱桓不堪重刑，昏死过去。刑部侍郎唐铎上前求情。朱元璋虽不再行刑，却令人将朱桓绑到大堂的柱子上，要以箭射杀。射箭的武士知道朱元璋不愿处死朱桓，屡射不中。朱元璋离案，接过弓箭准备亲自射杀朱桓。唐铎等大臣急忙求请。朱元璋见此情景，遂传令将朱桓废为庶民，永不录用。郑士元从惩贪大局着想，不赞同对朱桓从轻处罚，冒死进谏“若皇亲国戚便法外施恩，则将失信于民，久而久之，法将不法”，结果激怒朱元璋，被判处斩首。韩宜可冒死进谏，结果被判和郑士元一同处死。

太子朱标私自做主，救下郑、韩两人后，朱标后向朱元璋进言，认为不杀朱桓，实在难以向天下人交待。马皇后也进言，劝告朱元璋不要杀郑士元和韩宜可，以免阻塞视听。

朱元璋最终决定判斩朱桓。朱六九求告朱元璋无果，当庭拿出刀来自杀身亡。