如画姐弟进京见到马周，说服他为泽州百姓申冤，这两个重要证人现身，使案情真相大白。李世民下令免去长孙顺德的官职，将其下狱，侯君集又要灭口，被安康劝止，她让侯君集安排人告长孙顺德贪渎避重就轻。

马周因为帮助如画姐弟告倒了长孙顺德担心安康会怨他忘恩负义，没想到安康反而建军义父亲升任他为御史大夫，马周感恩不尽。李世民让马周审理长孙顺德一案，马周果然没有把事情往太子身上深究。

长孙无忌以自己推荐长孙顺德为由请辞归隐，李世民让众臣吸取教训，宽仁慎刑。长孙皇后病重，她向李世民恳请，饶独孤谋不死，李世民答应了她，判独孤谋流三千里，安康得知后十分感动。

李世民以夷男进犯为由派侯君集经略西凉，长孙皇后从中看出皇帝已下定决心要废太子，房玄龄想出一计，让张玄素假意状告太子，并当着李世民与魏征的面与太子冲突，激魏征出任太子太师，魏征同意出任太子太师，李世民一时犹豫难断。

长孙皇后进入弥留之际，安康与她冰释前嫌，请来神医沙七百，沙七百却已无力回天。长孙皇后临终请求皇帝答应由魏征出任太子老师，并重新起用在泽州一案中有过失的房玄龄，李世民答应了。

岑文本与郑丽琬议论泽州一案的结果，岑文本点破太子一时没有被废不是因为他不肖得不够，而是因为他太过不肖，皇帝怕以此为由废掉他让皇室蒙羞。夷男勾结高昌王阻断西域与唐的联系，李世民力排众议决心讨伐，他召群臣商议军情，李承乾却整日饮酒，还在宫中亲自编排胡戏，李世民十分恼怒。

李世民与房玄龄商议军情，房玄龄担心夷男会利用唐军征高昌的机会南下，李世民却信心十足，下令放开门，任其来攻。为了早日回长安与妻女团聚，独孤谋在侯君集帐下拚命立功，安康写信斥他不爱惜性命。

侯群集带大军远征高昌，粮道被毁，只有两万跟着他走到沙漠中，群臣主张该让他撤回，李世民却坚持要打下去。独孤谋在前线被俘，太宗心中悲痛，却没有埋怨侯君集。侯君集带着五千人打到高昌，一举击败了敌人，救下了独狐谋。

夷男率大军偷袭唐朝，不料看似没有准备的李世民却迅速调集大军，一天之内将击败，他派使臣讫降。侯君集立了大功，李泰担忧他回朝后出任仆射，东宫东山再起，张亮却带来了侯君集在高昌纵兵抢掠的罪证，在铁证面前，李世民不得不将侯君集召回长安下狱。

李世民召见侯君集，道出自己不得不处罚他的苦衷，又点破泽州一案背后隐藏的秘密，侯君集才知道皇帝洞若观火，只不过是不忍处罚自己这个开国功臣。侯君集感激涕零，但他又追问李世民关于废立的传闻是否当真，李世民暗示自己为了大唐江山不得不做此打算。

群臣要求重处侯君集，李世民却力排重议，将其释放，并当众宣布这样的功臣只要不反，自己决不杀他。魏征到了病重，但担心李世民重蹈炀帝复辙，仍想写奏疏劝其不要废太子，李治受李世民之托来看望魏征，魏征窥破李世民心意，将保太子的奏章烧去。

魏征病故，李世民十分悲痛，背诵其《十渐疏》向送。安康追问李世民是不是要废太子，李世民说是太子自己要废自己，安康请父亲能够顾及父子之情，但李世民为了国家的长治久安，却下决心要将李承乾谪出东宫。

李世民决意废储，李承乾心灰意冷，海棠劝说侯君集召集旧部逼李世民退位以保太子，侯君集出于对女儿的爱，招集旧属密盟。李佑指使纥干刺杀李泰嫁祸太子，不料事败纥干刺杀李泰未遂，反倒被擒。李佑起兵造反，被李世民派兵平息。

纥干被擒，让李承乾十分害怕，海棠逼使父亲和丈夫在东宫设伏，以太子生病为名，诱李世民探望，然后实行兵谏。安康前去劝阻，被侯君集软禁。李世民得到独孤谋的报告，不顾众臣劝阻，赶到东宫。

侯君集让李承乾硬起心肠，自己派心腹召集各旧部赶到东宫，结果诸将都被堵在营中，只有屠长贵领部分飞虎军旧部赶到。李世民来到东宫见到李承乾，劝他悬崖勒马，东宫四面都是伏兵，形势十分危急。

李承乾与李世民父子相向，李承乾道出积郁多年的怨恨，让李世民大感意外。安康挣脱束缚劝李承乾不要不忠不孝，侯君集却现身，让李承乾要硬起心肠。李世民希望侯君集回头。侯君集不听，令屠长贵拿下李世民，却不料屠长贵竟然是李世民的忠实部下。

叛乱被粉碎，李世民召归隐多年的长孙无忌和一直倾向于太子的房玄龄主审这起反案。李世民不忍侯君集受刑，亲自在宫中审讯他，说起两人的生死交情，李世民泪如雨下，侯君集也悔恨交加。

李泰欲置李承乾于死地，以扫除自己的后患，李恪却以保太子为名，竭力收罗太子旧部，郑丽婉奉岑文本之命去劝他，他却不听。李世民向众臣求情，请大臣们放李承乾和侯君集一条生路，但朝臣都不同意。