丽妃薨逝之日，本应香火缭绕的寝殿却寂静如寒潭。皇帝震怒又忧惧，亲点李佩仪入宫查明死因。宫中传言丽妃素来体弱，却能多年保持娇美容颜，如今骤然病发，不治身亡，难免让人怀疑另有隐情。宋御医因未能挽回丽妃性命，自觉失职，在金銮殿上连连叩首请罪。皇帝面色阴沉，命他协助李佩仪彻查此案，如若有半分隐瞒，必定从重究办。朝堂上下人人噤声，暗潮却在静默之中悄然翻涌。
李佩仪入丽妃寝殿查验，第一眼便觉怪异——偌大的殿中竟没有一盏点燃的灯烛，连残蜡都不见踪影。她问起随侍宫女，宫女战战兢兢地回禀，说丽妃素来极重容貌，认为油烟、烛烟易损肌肤，自入宫以来几乎不用蜡烛，夜间只在侧殿昏灯下小坐，大多早早就寝。李佩仪走到妆台前，见案上摆满各式脂粉瓶罐，粉膏色泽温润，气味清淡，配制极为考究，显然不是普通脂粉。宫女悄声道，这些都是丽妃精心调配的驻颜秘方，配方外人无从知晓。李佩仪心中一动，吩咐侍从五仁将各类脂粉、小瓶药膏一一小心收好，准备带回细查。
走到龙床前，帷帐仍留余香，却掩不住死亡的冷意。床侧放着一盏雕工精细的铜灯台，灯芯早已熄灭，灯罩却扣得密不透风。李佩仪伸手抚过灯台表面，察觉底座略有松动，便轻轻一掀，竟在暗格里发现一小包深色药丸，用油纸层层包裹。她蹙眉思索，照理宫中太医给嫔妃配药，多以汤剂为主，丸药虽也有，却需严格记录处方来源。这些药丸既无处方，也不经登记，自然可疑。她起一粒观之，药色温润，并无异味，却越发让人不安——若真掺了慢性毒药，外观往往难以辨别。她当即将药丸封存，命人送往太医院化验，不准旁人私自触碰。
当天，太医院中诸医聚拢，按规矩验看药材成分。化验结果很快呈上，不过是一方常见的补益之剂——逍遥丸，用于调理肝郁血虚、补充气血，配伍药材皆是寻常之物。负责检验的太医再三确认，药中并无剧毒成分。疑云未解，五仁却从另一头带回了新消息——据内侍悄悄透露，丽妃病发之前一周，有位名叫裴愈的女医工前来送过一批药物，自称是按丽妃嘱托特别调制。李佩仪闻言，立刻赶往太医署。
太医署内书卷药架鳞次栉比，一片药香之中夹杂着纸墨气。宋御医告知，裴愈因办事不谨，被罚在药库角落伏案抄写医书。李佩仪走近，只见裴愈衣着朴素，目光沉静，握笔之手因长久劳作有些发红，却不显惶恐。李佩仪问她，为何擅自给丽妃开药，按大晟朝规制，女医工只能代抓药、记方，未经许可不得私拟药方，更不可私自入宫送药。裴愈起初沉默，片刻后才坦言：自己曾随宋御医一起为丽妃诊治，对其体质颇为熟悉，又曾在丽妃汤药配方上略作调整，让她气色好转。丽妃觉得有效，便暗中让裴愈根据自身用药经验，调配一款用于驻颜、又能调理气血的药丸，这事原是她们二人之间的秘密。
裴愈说得详细，药丸配伍与太医院验出的逍遥丸成分相符，皆是补益之用，并无一味烈性毒物。她咬定自己绝没有害人之心，更不信此药会致命。李佩仪细看裴愈神色，虽有惧意，却无作伪之态。正踌躇间，裴愈忽然想起，几日前丽妃还曾当众夸赞过一瓶娘家郑夫人所送的人参丸，自那之后便开始每日服用。裴愈脸色一变，结结巴巴道，若是那人参丸中混入了黎芦一类药材，再与逍遥丸同服，极有可能在体内发生药性相冲，化生为毒。黎芦本非寻常医家会用之物，但一旦错用，与补益药搭配，轻则伤身，重则致命。
案情有了新的方向，李佩仪连夜与宋御医一起，将推断呈报于皇帝。她陈述得条理清晰：丽妃之死，源于多方疏漏——宫中对外来药物缺乏严格查验，太医署对医工行为监管不严，又无专人核对药物相互之间的禁忌。虽有失职，却难以判定其中必有谋害意图。皇帝在震怒过后，终究也明白丽妃之死更像一场意外的悲剧。念及宋御医多年为宫中诊治有功，只罚其三个月俸禄，以儆效尤，而裴愈则交由宋御医按署中规矩处置。宣旨完毕，众臣退散，金銮殿内只余回声在高墙间回荡。
离殿之后，李佩仪看出宋御医在奏对时刻意为裴愈说话，言辞间处处为她开脱。她终于忍不住在御道旁停步，开口追问缘由。宋御医沉默良久，才轻声道出往事：多年前，他外出采药时在山间遇到因疫病流离的孤女，家人俱亡，只剩她一人抱着一小包药草蜷缩在破庙里。那女孩便是裴愈。她自幼跟药农父亲识药辨草，对药性异乎寻常敏锐。宋御医将她带回太医署，名义上为学徒，实际上待如半个女儿。裴愈在药材炮制、配伍上屡有独到之处，曾多次在用药之时为宋御医指出疏漏救过病人性命。这次丽妃之事，他固然有监管不严之责，却更不忍看这个曾经救人无数的孩子被当成替罪羔羊。
几日后，太医署里人声稍歇，李佩仪特意前来寻裴愈，想借此案之机系统学习药理，以备日后查案之用。药库内药柜林立，抽屉上标着密密麻麻的药名。两人正对照药材辨认药性时，宋御医带着医监黄御医进来抓药。黄御医递上一张处方，说近日宫中多起风寒时疫，许多宫人咳嗽发热不退，他拟了数方药，想多备些桂枝汤，给轻症病患服用以祛风散寒。裴愈接过处方，扫了一眼药味，随即抬头问道：这些病人的症状是否完全相同？有高热不退、咽喉肿痛、倦怠乏力等表现？她提醒道，即使都是“风寒”，也未必都适用桂枝汤，体质不同，病机也会不同，若误用，轻则不效，重则反复缠。
黄御医面色一沉，显然对一个医工质疑自己的用药极为不快。他冷冷道，自己行医多年，自有分寸，让裴愈管依方抓药，莫要逾矩多言。说罢处方往桌上一放，拂袖而去。宋御医原想在旁调和，却见二人都固执，各执一词，只得暂且不表态。出了太医署，黄御医与同僚小声嘀咕，说裴愈名声已污害死丽妃却还敢在药案上指手画脚，多亏宋御医卖力相救，才捡回一条性命，否则早成尸首。话虽压低，却仍被路过的李佩仪听得清清楚楚。
她最看不惯这种背后嚼舌的人，当即拦在两人前方，语气平静却毫不客气地道：若真有证据证明裴愈害死丽妃，可以直接向她这个负责查的人举报，宫中自有律法裁断；若只是捕风捉影的流言，便不要拿别人的性命当谈资。黄御医自知理亏，又不敢得罪这位皇帝倚重的女官，只得连声赔笑作揖退。此事过后，太医署内虽仍暗流汹涌，却无人再当面提起裴愈“害妃”的闲话。
裴愈闻知此事，中感激，便亲手缝制了一枚药香囊送李佩仪。香囊外表朴素，绣工却很细致，内中装的并非寻常香料，而是少量辛温解表、清气化浊的中药，如薄荷、苍术、藿香等。裴愈解释说，近日宫所谓“风寒”病症来得古怪，她怀疑并非单纯受凉，而更像季节交替时蔓延的一种时疾，传染极快，症状相似却不相同。若常佩此香囊，虽不能真正防疫可稍清头目、驱散湿浊，聊胜于无。李佩仪将香囊系在腰间，心中对这位女医工的谨慎与用心更添几分好感。
不出所料，数日之后宫中时疾便以肉眼可见的速度蔓延开来。起初只是几名内侍、宫女咳嗽发热，各处殿阁接连有人病倒。掖庭局被临时改成诊治病患的偏殿，每日需向患病宫人发放药物和食物，医署与内廷忙得几乎人仰马翻。就在这个风声鹤唳的刻，负责配发药物的内侍丞却突然离奇失踪。有人说他畏病潜逃，有人说他私吞药物被人抓住把柄，种种传言在惊中迅速扩散。
消息传到佩仪耳中，她立刻与萧怀瑾一道赶往内侍丞的住处查探。房门半掩，屋内昏暗，桌上的茶盏还残留着未饮尽的茶水，仿佛主人只是暂时离开。床边却整齐着一双靴子，鞋口朝外，像是仓促间来不及穿上便离开了。李佩仪心中一凛，这种迹象常出现在夜半有人急召之。萧怀瑾仔细查看四角，眼光最终落在柜。他轻推柜门，只见一具僵硬的尸体倒在柜内，面色青白，头顶血迹斑斑——正是那失踪的内侍丞。
尸体头部有一道明显破口，血迹从伤流下，染红了衣领和地板。李佩仪环顾四周，很快注意到桌上的铁制茶壶握柄处也沾着未干的血痕，壶身略有凹。她推断，凶手应是与内侍丞发生争，情急之下抄起茶壶，重重砸向其头部，当场致命。时值偏殿内病患众多，药物紧缺，内侍丞身兼分配之权，极易与人结怨。她猜想，凶手极可能偏殿诸多病患之中。李佩仪原本打算亲自逐一盘问，却被萧怀瑾拦住，担心她出入病患聚集之地，极易感染时，两人你来我往争执几句，最终还是决定一前往，以便彼此照应。
偏殿之内，十数位病患或卧或坐，咳声此起彼伏，空气中弥漫着药味和病气。李佩仪原准备先核对名单，再逐个问询没想到话还未说完，殿内便有数人忍不住站起，抢着承认是自己杀了内侍丞。有人说内侍丞克扣药物，有人说他偏偏向近侍，自己久求药不与，怨气积难平。众口一开，几乎人人都能说出一段受其苛待的经历，仿佛每个人都怀有杀意，又都愿意把自己当成这个“凶手”。一时之间，真凶反在层层“主动认罪”中淹没。
情形一度陷入混乱，李佩仪只好先退到殿外，与萧怀瑾商量对策。正说话间，一名形容枯的老病患蹒跚着跟出来，自称姓柴，人都喊他“老柴”。他咳嗽着行礼，一开口便说：杀死内侍丞的人就是自己。原来，自从感染时疾被送入偏殿，起初药食尚算按时发放，随着病患人数增多，内侍愈发畏惧染病，便逐渐减少出入病房的次数，由原本一日数次缩减为勉强一日一次，时常隔日才发，许多病人因得不到及时医治与食物，病情加重甚至殒命。老柴身无亲友，靠这点施舍苟延残喘，几次饿得眼前发黑。
那日夜深，老柴在挨不住饥饿，心想内侍丞房中定还有些吃食或干粮，便悄悄摸了过去，想趁人熟睡时翻找一点果腹，不料却惊醒了内侍丞对方怒声喝斥，威胁要立刻唤来守卫，以偷盗罪论处。老柴又饿又怕，慌乱之中随手抓起床头的铁茶壶，朝对方头上砸去，只求把人砸晕，自己好逃房去，却不曾想一击之下，血流如注，内侍丞当场倒地，再无气息。他看着地上的尸身，吓得腿软，只能仓皇将其拖衣柜，勉强关上门，自己再混回偏殿装作什么都没发生。
说到这里，老柴咳得几乎说不出话来。他知道自己命不久矣，这场误杀终究是他的罪过，不愿让其他无辜病患替他担责。李佩仪看眼前这个骨瘦如柴、双眼浑浊的老人，心中难言复杂：他确实错手杀人，却也的确被逼到绝境，既是加害者，也是制度与疫裹挟下的牺牲者。她最终决定将他自殿中单独隔离出来，安排在一间清净的空屋里，既防止他在临终前被情绪激动的病人围攻，也给他留下最后一点体面。
老柴知道自己的身体撑不了多久，只求件事——请李佩仪将不用的炭盆、被褥尽量送往偏殿，让那些还活着的人在夜里不要冻得太难过。那晚，他咳嗽愈发剧烈，寒热交替，最后一次床上翻身时吃力不支，重重摔到地上，气息断绝。偏殿中无人再见到他，只在清晨传来一个生命悄无声息离去的消息。
几天后，时疾愈演愈，竟连深居宫中的小皇子也未能幸免，开始发热、咳嗽，连御医轮番诊治也不见明显好转。皇帝这才真正意识到，此病非寻常风寒，已经蔓延到无法只靠太医例方压制的地步。朝堂之上，他面色铁青，却又无计可施。李佩仪见状，斗胆进言：此时与其固守旧方，不如广开言路，从民间、军中乃至各地医者使用的验方中收集方剂，再由御医逐一筛查可行性，择善而用，也许能在乱局中寻得一线生机。皇帝明知这种做法颇有“病急乱投医”之嫌，却也别无他法，只得下旨，命各处呈报能治此类时疾的药方，交由御医会同太医署定。至此，一场关系到整个皇城安危、也考验着人性与医者良心的大局，才刚刚真正开始。