太医院内药香缭绕，宫门却被沉重的阴云笼罩。时疾肆虐已有时日，小皇子高烧不退，群医束手，唯有新近被允试药方的裴愈敢于开出一剂与众不同的方子。他细细诊过试药宫人刘甲的脉象，谨慎斟酌每一味药材，自信这副药方虽猛却不致命，足以为小皇子探明生机。药汤入口，刘甲初时只觉胸腹微热，尚能自行行走，裴愈亦暗自松了一口气，岂料不过数个时辰，刘甲忽然腹痛如绞，口吐黑血，竟在众目睽睽之下气绝当场。刘御医原本就对裴愈颇多不满，见状幸灾乐祸，当庭冷笑讥讽，指责他根本无意救治小皇子，只是借机逞能。郭内侍性子焦躁，眼见试药宫人一命呜呼，再顾不得多问，怒令内侍将裴愈押送内谒局听审。裴愈被带走前仍反复强调药方断无性命之虞，坚称另有隐情，可刘甲尸身却已被迅速送往火房焚烧，连解剖验看一线机会都被抹去，他只能咬紧牙关，将希望寄托在尚存的蛛丝马迹上。意识到唯一可能留下药性痕迹的，便是刘甲生前用过的碗筷与药盏，他只得前往求助最信得过的人——内谒局女官李佩仪，请她想办法在禁令森严之下，将那套碗筷设法寻回，以待日后查验。
此时，宫城另一隅的内谒局却同样暗流涌动。萧怀瑾因公入宫，与内谒局有事商议，天色尚未全黑，便被告知李佩仪“身子不适，已早早安歇”。他心下微疑，亲自走到她房门前轻声唤门，却不见回应，只隐约听到里头传来一阵接一阵压抑不住的咳嗽声，干涩而急促，显然已经被时疾染上。他再也按捺不住，敲门之声渐急，言语间难掩焦虑。房中李佩仪强撑着从床上起身，披衣下床，脚步虚浮，刚走到门边便眼前一黑，身子一软，整个人向前栽去，被门外守候的萧怀瑾一把接个正着。她脸色惨白，唇无血色，呼吸间尽是病气，倒在他怀中的一瞬，空气仿佛凝固，二人皆愣住。回过神来后，一丝尴尬才姗姗而来，李佩仪急忙挣开，扶着门框喘气，踉跄着退回房内，隔着木门与他相对无言。
门板之间隔开了礼数，却隔不开忧虑与牵挂。李佩仪靠在门后，气息尚未平稳，仍勉力言笑，轻描淡写地将自身病情一笔带过，却开始为身后之人筹谋后路。她语气平静，却字字如诀别，叮嘱萧怀瑾若自己终究挺不过这场时疾，务必要替她为杜知行养老送终，那是她欠下的情、担下的责，不容有失。她又提起跟随自己多年的侍女五仁，说这丫头性情耿直，吃苦耐劳，早就看出她对顾凌舟情意暗生，只是身份局限，难以启齿。若自己真有不测，望萧怀瑾代她做个主，将五仁许配给顾凌舟，算是成全二人，也了却自己的挂心。门外的萧怀瑾听在耳中，心里发紧，明白她这是把身后之事一一托付，将来路看得比自己性命还重。他不愿接受这样的预设，更不愿承认她病情严重到需要交代后事，索性打断她的安排，只道不许再说这种话，然后转身快步离去。
他一路赶到掖庭局，想为她再求一线生机。可时疾暴发以来，掖庭局诸御医皆被召往各处诊治，宫中人手严重不足，只剩些宫人照例值守。萧怀瑾求药求诊，宫人们却只能按规矩，翻出几包陈年的柴胡给他，说是用于退烧止咳，聊胜于无。他明知这点药根本不算对症，仍是接了下来，匆匆赶回内谒局，将药包整整齐齐放在李佩仪房门前，连敲门都不敢，唯恐打扰她休息。夜风渐起，院中一派冷静寂寥，他独自走到院中阴影处，铺开粗糙的竹席，用自己并不擅长的卦法占卜，问李佩仪今夜凶吉。平日里自诩理性，最不信这些虚无之事的他，此刻却一遍遍重新起卦，只盼结果能稍吉兆。屋内的李佩仪听着门外动静，等了许久见没人敲门，才轻手轻脚拉开门缝，瞧见门前那包草药，又见院中灯影下萧怀瑾盘膝而坐，眉心紧锁正草草摆弄着铜钱与蓍草。她心中忽地一暖，原来这个向来不屑神怪之人的倔强理性，也会为了她的安危，在黑夜里成笨拙的迷信。
接下几日，宫城内外仍被时疾笼罩，可内谒局的小院却成了另一场较量的战场。裴愈每日按时前来为李佩仪把脉，诊视她病势起伏，再据脉象加减药方。他明知之前刘甲之死已令自己置身风口浪尖，却仍坚持以同一原方为基，稍作权衡调剂，用以印证药性。为了彻底洗清嫌疑，李佩仪没有丝毫缩，主动同意“以身试药”，每一剂药都由她亲自服下。裴愈立于床侧，看着她喝下一碗又一碗苦药，指尖按在她脉上时，比以往任何时候都要专注，每晚都随警惕她可能出现的任何不良反应。这种近乎拿命做赌注的尝试持续了数日，病势却在药力的循序推进下稳中有转：高热退，咳嗽缓和，神志也清朗起来。等她终于能下床行走、面色红润时，裴愈知道，这副药方并非凶药，刘甲之死必有另因。
而这几日里，萧怀瑾几乎没在内谒局出现。他一早便宫，奔走于市井与宫外医坊之间，调查刘甲往日病史，走访与刘甲相熟的杂役和旧识，甚至翻阅旧籍，只为寻找那段命的因果。待到李佩仪完全康复，众方携手进宫面圣，将前后原委一一道出。李佩仪坦然立于殿中，向皇帝说明：她所服之药与刘甲试用时的药方完全一致，剂量无异，她如今完好无损，可见药方本身并无致命之处。随后，裴愈与萧怀瑾被召入殿中对。萧怀瑾呈上自己多日来的调查结果：刘甲早年便患有严重胃疾，此番被选为试药者时，竟无人提前申报此病史；裴愈当时诊脉，也在短时间内察觉他的胃脉虚弱，但因药制度规定只能用一名试药者，且时疾紧迫，不容拖延，他只能在权衡之下依旧开药。刘甲胃气本就衰竭，再承受烈性药，自然远比常人更难承受，最终药效反，导致悲剧。
这一番说辞虽然不能完全抹消刘甲之死的阴影，却足以证明药方并非单纯的“毒药”。皇帝深思片刻，终究以皇嗣性命为重，决定依旧此方救治小皇子。御前决断落定，小皇子随即开始服药，病情也在数日后逐渐见好。李佩仪在殿外候命之时，心中既庆幸自己康复，也有余悸地回想那几日以身试药的惊险。她暗暗感激萧怀瑾那夜里焦急到去占卜的愚举，也叮嘱他从此务必心，不要再贸然与病患近身相处，以免被传染。萧怀瑾却无暇多作感怀，他顺着刘甲死因的线索继续深查，逐渐发现试药名单背后另有推手——刘甲正是被黄医选定的试药宫人，而这位黄御医，对愈早就积怨已久。
太医署中，裴愈因诊治高明、屡出奇效，在众多御医间声名鹊起，甚至被人传得近乎“神医”，锋芒盖过许多资历更的医者。黄御医对此颇为不平，表面上仍与他保持同僚礼数，内心却对这位后辈忌恨非常。萧怀瑾入署当面质问何在众多试药宫人中偏偏选中了身患疾的刘甲，黄御医却轻描淡写地以“抽签抓阄”搪塞，说是依规随机选定，毫无私心。他语气笃定，似无破绽，谁料萧怀瑾早有准备，当场取出一张当日签所用的纸条，浸入钒石水中。随着药水浸润，纸面上竟缓缓浮现出暗藏的字迹，昭示着“刘甲”之名早已被预先写定。黄御医却仍咬死不承认，更辩称纸条被人动过手脚，自己不过是受人蒙蔽。更要命的是，刘甲尸体早已焚毁，连重新验尸的可能都全数断绝，线索到此戛止，众人一时也无法拿出决定性的证据。
就在众人焦头烂额之时，太医署又爆出骇人惨案。裴愈前往署中寻访自己师父宋御医，准备请教几味材的配伍，推门而入，却看见师父整个人趴在桌前的脸盆上，头颅浸没在药汤之中，一动不动。盆中药液仍有余，屋内却寂静无声。裴愈大惊失色冲上前去将宋御医扶起，只见他脸色泛白，双眼紧闭，早已失去气息。闻讯而来的李佩仪和萧怀瑾立刻赶到，查看现场情况。裴愈强压悲痛，解释宋御医素有眼疾，每晚睡前都习惯用药汤熏蒸双眼，以缓解疼痛，他也曾帮忙调配熏蒸所用的药方。盆中药物成分与往日无异，按理说断不会致命，宋御医的死来得太突然，且姿势诡异，令人生疑。
萧怀瑾将裴愈单独叫到院中，问他最后一次见师父的时间与情形。裴愈回忆，那是前一晚戌时初刻，他和宋御医在房中随意闲聊，提及最近为时疾调整方剂之事，期间虽然有意见不合，却不至于大吵。正说着话，外头有人来唤宋御医，说有要事相商，宋御医便起身出门。他当时并未在意，只以为是太医署中例行事务，没想到竟成了人最后一次相见。尸身送往仵作处检验后，仵作复验宋御医全身，发现他眼部充血明显，推断是因长时间劳累，再加上疾未愈，导致卒中突然发作，昏厥后跌盆中溺亡，并未发现他杀痕迹。这个结论让案情瞬间变得扑朔迷离。
黄御医却在此刻跳出来添火。仵作刚作出判断，他便急忙赶到现场，声称昨曾听见宋御医与裴愈在屋中争执不休，怀疑两人因药方一事起冲突，暗示裴愈极有可能为了维护自己名声，干预了御医的药物，甚至害死恩师。裴愈听愤然否认，说自己与师父日常虽多辩论，甚至时常拌嘴，但那不过是医者求证之常事，他绝不可能为了区药方置师父性命于不顾。此时，小皇子的病势已经明显好转，苏婕妤心怀感激，在殿前为裴愈请功。出人意料的是，黄御医也在御前主动替裴愈美言，说他医术众，应当重赏，仿佛一夜之间与那嫉恨早已烟消云散。只是待回到太医署，他立刻与刘御医躲在偏房里窃窃私语，辞阴冷，提起裴愈时满是讥讽：“就他再得意半个月，到时候有他哭的时候。”偏巧裴愈此刻正隔壁抄录方剂，耳力又好，将这番话逐字收入耳中，心中愈发觉得事情不对劲。
第二日清晨，波再起。黄御医慌张地闯入内谒局，面色惨白、步履踉跄，指名道姓地控诉裴愈要害死他。他说自己一早醒来刚下床就发现枕边放着一只血淋淋的头老鼠，吓得魂飞魄散，认定这是裴愈在暗中警告，若他不闭嘴，就要步刘甲与宋御医后尘。李佩仪和萧怀瑾闻讯赶去，仔细查看那只死老鼠的尸体迹，发现其颈部伤口参差不齐，更像是被黄鼠狼一口咬断，而非人力刻意切割，只是尸体被摆放在床边，才显得格骇人。更耐人寻味的是，黄御医在慌之中口不择言，说漏了“是自己害死刘甲”的话，仿佛心中有鬼。待被带去内谒局对峙，再被质问时，他又立刻翻口，否认曾过此言，让人捉摸不透他的真实立场。不久之后，黄御医前脚刚离开内谒局，后脚就有人传来噩耗——他倒在路旁，当场身亡。
出事地点在尚衣局附近值守内侍夏十三恰巧推着小车经过，远远看见有人倒地不起，近前一探才发现竟是黄御医，吓得当场大喊出了人命。李仪和萧怀瑾再次火速赶赴现场，此时黄御已然断气，脸上仍带着惊骇未散的表情。两人细查周围，询问尚衣局内侍有无目击者，结果只得一片茫然。太医署的两名医工自称一整天都在附近活，搬运药箱与器具，却均表示未曾看到可疑人影或听到任何异样响动。李佩仪抬头望向屋顶，发现上方有一只犁耙意横放，旁边堆着几块沉重的磨盘。根据现场痕迹推断，极有可能是有人利用犁耙为杠杆，撬动磨盘，使之从高处坠落，砸中路过的黄御医，造成致命一击，然后再偷偷收拾现场，将犁耙随手一搁，伪装意外。机关简单却阴毒，显然不是一时冲动之举。
噩耗传回太医署，刘御医仿佛受到了巨大惊吓，慌慌张闯进众人视线，高声指控裴愈，“他早要害死所有人！”众人一时哗然。李佩仪冷静追问缘由，刘御医这才道出另一层隐情：自从小皇子病情好转，皇帝龙颜大悦，黄御医为了讨好裴愈，也在圣前多立些功劳，当着满朝文武的面夸下海口——声称裴愈只需半个月，便能彻底攻克这场时疾。此言一出，同替裴愈立下军令状，若到期无法完成届时问罪之时，裴愈必将成众矢之的。而刘御医笃定，目前药方效果有限，只能救治皇子皇妃等要紧之人，距离“攻克时疾”尚远，黄御医这番邀功，几乎将裴愈架在火上烤。
在这样的压力之下，裴愈被允许大规模开方用药，在皇族中试用后成效确实显著，小皇子渐康复，后宫几位皇妃、嫔御的病亦有所缓解。只是这份“恩典”并未延及底层宫人。用于治疗时疾的药材皆为珍贵之物，药引复杂、采集艰难，库存远不够支撑普及全宫。那些倒在偏殿与冷中的小宫女、内侍和粗使之人依旧因为得不到救治而一个接一个死去，每日送往火房的尸体从未间断。裴愈对此深感愧疚尝试在有限时间里翻阅古籍，想从较为的药材中寻找替代，研制一味既能压制时疾又不至于成本高昂的新方，可太医署内外纷扰不断，质疑与暗算接踵而至，他被一次又一次卷入调查和问罪之中，连静心来研药抄方的时间都被挤压得所剩无几。时疾仍在肆虐，宫中众人的命运，也在一场场看似偶然、却疑点重重死亡之中，被一只无形的手越搅越乱。