沃恩和西德妮来墨西哥城找寻开启Rambaldi盒子的钥匙，他和Kishell联系后得知盒子里装的是生化武器。1941年，两个苏联考古学家发现了“地图”，一块被腐饰的水晶透露了钥匙的所在。两人起了争执，最后死在卡鲁沙漠。Kishell有盟约头目Kazari Bomani在那里拿着水晶的照片，背景是一辆属于斯隆的人权主义组织Omnifam的卡车，Kishell说盟约把地图称作“乘客”。斯隆向西德妮解释说，CIA强迫他与Bomani做搭档，为的是接近盟约。他告诉她所有的Omnifam卡车都可以通过GPS跟踪到。

在餐厅里，沃恩想与劳伦分手，她认为是西德妮的原因，径直去找萨克，后者要她杀死她的父亲，这样Vaughn就会出于同情回到她身边。杰克对劳伦产生怀疑，打印出她的电话记录。在George Reed参议员家，杰克遇到了他的妻子Olivia。杰克向Reed透露劳伦的可疑之处，Reed被激怒了，坚决否认女儿有牵连。

马歇尔追踪Omnifam卡车到哈博罗内的俄罗斯领事馆。西德妮和沃恩乔装打扮混进领事馆，与萨克和Bomani展开枪战，并抢走了水晶。在返回的飞机上，沃恩告诉西德妮他和劳伦要分手。马歇尔无法破译水晶里数据。西德妮向斯隆求助，多亏他的建议，马歇尔发现了数据所指的是冲绳岛海滩的一个岩石阵。

迪克松要斯隆讲出Il Dire如何帮助盟约得到“乘客”。斯隆要求和杰克说话，迪克松表示他的死刑不会延期。

迪克松解释说，一种在柏林生成的电脑蠕虫病毒，以医院、实验室和大学为攻击目标，他们相信这是盟约所为。西德妮和沃恩去柏林的Goth夜总会去找一个叫Cypher的黑客，以便知道如何制止病毒肆虐。

在佛罗伦萨，萨克和Bomani用钥匙打开了Rambaldi盒子，原来盒子是一个精工细做的书写机器，在一卷羊皮纸上写出了预言。Bomani把它与病毒收集到的代码进行比较。萨克从劳伦那里得知CIA发现了Cypher，Bomani对劳伦的工作表示怀疑。

劳伦告诉身在柏林的沃恩，她会和母亲一起去英国把父亲的骨灰撒在多佛。西德妮找到了Cypher，可他还没来得及说话就中了枪，西德妮觉得远远看到了劳伦。Cypher死前把装有蠕虫源代码的装置交给了沃恩。

劳伦抢在Bomani知道她失败之前告诉萨克，她一定要在CIA复制之前把文件毁掉。斯隆告诉杰克两年前Reed参议员招他为“信任”工作，这是一个美国政府内部研究Rambaldi的组织，他想让杰克证明该组织的存在。

柏林的安全屋中西德妮告诉沃恩她看见了劳伦，他大为愤怒。劳伦出现伏在沃恩肩头哭泣，他注意到她戴着一枚式样古朴的戒指，她称来自家传。西德妮向Reed太太询问，得到证实。沃恩把Cypher的文件上传给马歇尔时，劳伦用戒指动了手脚，马歇尔告诉他们闪存的记忆被抹掉了。他认为是它遇到了电磁波，但他能够重建部分的源代码，并且发现病毒的目的是为了给盟约收集情报。

在尼泊尔的寺庙里，前来调查“乘客”情报的萨克威胁Rambaldi僧侣Conrad，未获成功，Olivia Reed出现制服了Conrad，萨克趁机拿到关于“乘客”、名为“复位”的手稿。

杰克在网上和爱琳娜聊天，问到了“乘客”的事时，谈话突然被终止。沃恩向西德妮和杰克承认，劳伦是内奸。杰克说沃恩应该独自处理，所以他同意和劳伦见面的要求。

迪克松收到的情报说盟约绑架了Conrad。在塔尔沙漠，西德妮和沃恩中途拦截了押送队伍，混战中Conrad被萨克开枪击中，临死前他告诉西德妮“乘客是你姐姐”。

洛杉矶，杰克向西德妮透露，斯隆和爱琳娜有过私情。西德妮去探监，斯隆承认自己到达尼泊尔的寺庙前，从不知道与爱琳娜有个女儿。他拿到了DNA，可是从来没找到她。现在他想保护她不落到盟约手里。他请西德妮说服杰克不要隐瞒能证明他无罪的证据，杰克说他没有。

只有CIA“黑洞计划”的密钥能拼成“复位”。杰克设下陷阱，故意让劳伦知道马歇尔正准备用密钥解译“复位”。她果然中了计。

杰克告诉西德妮自己救斯隆是因为他得知司法部的部长Marlon Bell也是“信任”组织的人，而且想让斯隆死。

斯隆透露他发现了Rambaldi原文，里面包含了一种药剂的公式，可以让“乘客”独辟蹊径，从Rambaldia得出信息。他制出了药剂，但是没有效果。斯隆说如果盟约找到了“乘客”，就会给她服下大剂量的药，让她难以活命，所以他只想保护自己的孩子。西德妮问他是如何找到女儿的，斯隆打破了沙漏，露出一个绿色的亮球。

迪克松让威斯跟踪劳伦，并建议沃恩继续留在她身边以搜集情报，但是劳伦甩掉了威斯。前特工Thomas Brill告诉沃恩，他的父亲是一名Rambaldi信徒，当年从克格勃手中解救出还是小女孩的“乘客”，把她藏了起来，最后为了保护她而牺牲。

西德妮拿着绿色的小球，飞往华盛顿特区，这是一枚用在Rambaldi手工艺品上的电池，可以帮助找到“乘客”的下落。“信任”在史密森尼有一处戒备森严的冷冻保险库，藏着Rambaldi手工制品。萨克绑架了并拷打沃恩，想知道“乘客”的所在，劳伦看见后心痛不已，帮助他逃了出来。

西德妮在斯隆和杰克的帮助下混进史密森尼，拿到了Rambaldi制品。

斯隆从Nadia手里拿过纸条，在板上拼成某种图表。趁他不备，Nadia用针扎了他并毁掉了Rambaldi药剂，但最终被他制住。他打电话给联络人让他发出更多药。

CIA截获了斯隆和联络人间的电话，得知药剂存放在一艘名为Novgorod 21的俄罗斯掩体中，那里曾经是苏联的Rambaldi研究中心。西德妮建议他们通过瓶子安装跟踪装置。

西德妮和沃恩到达后发现掩体被洗劫一空，药剂也不见了。他们发现录像文件记录了Nadia Santos童年时的资料。Katya Derevko带领俄罗斯卫兵抓住了他们，她透露自己是西德妮的姨母，并帮助他们逃跑。Katya为俄罗斯情报部门SRV工作，在圣彼得堡她汇报说劳伦和萨克拿走了药剂。原来爱琳娜离开杰克后，在俄罗斯的监狱里生下了Nadia，她年幼的时候还没完成信息的分析就被沃恩的父亲从实验室带走了。Katya一直在帮助爱琳娜寻找她的下落，听说斯隆抓住了她之后她们都十分担心。

萨克和劳伦把药发给斯隆以换取合作机会。斯隆很不情愿，但还是取出一剂药用在Nadia身上，以证明她就是“乘客”。

马歇尔经过分析，告诉西德妮药液中含有有毒的蛋白质，可以激活记忆，迫使Nadia再想起预言，这种基因记忆只存在于Rambaldi后裔的思想中。他们看了以前的录像带，Jong Lee博士给Nadia注射了针剂。迪克松说Lee正是俄罗斯“乘客”实验的负责人，他现在在古巴一个生化武器基地。

西德妮故意在办公室里到处放的都是手机，从CIA的电脑里下载Rambaldi方程式，然后和萨克取得联络，原来她是劳伦假扮的。马歇尔问话时被她开枪击中。手机连连爆炸，她趁乱逃跑，沃恩紧追不舍也被打晕。

真正的西德妮受到Hank Foster的双重特工威胁分析，他相信她正是闯入CIA的人，指派她做文案工作，等待进一步调查。

沃恩告诉杰克他准备对劳伦实施报复。杰克告诉迪克松，让沃恩审问萨克，增强他心理上的恐惧。沃恩在盘问时大打出手，萨克交待出劳伦的下落。

西德妮给沃恩打电话，凭直觉感到沃恩知道了劳伦在哪儿。沃恩监视到劳伦在一个仓库里破译方程式，他拍下照片，然后意外出现痛打了她一顿，正准备用盐酸毁掉她的相貌前，他被人从后面刺中，倒在地上。