罗马尼亚布加勒斯特的Mangalev学院，西德妮发现SD-6特工Fisher喉管被割，自己也被注射了镇静剂，失去知觉，醒来后发现自己在一处电击舱内。K-董事会的特工Kreshnik博士盘问她是否从住院病人马丁-谢帕德(Marti n Shepard)那里得到任何情报。马丁是一名训练有素的杀手。西德妮用计拖延，最终与谢帕德逃到了CIA的一个安全接头地。FTL扰乱了马丁记忆，他的视力也受到损害，只能见到黑白两种颜色，而且无法记起过去的事。

恢复记忆后马丁向西德妮透露，自己受SD-6麦克库洛(McCullough)指使，杀死了丹尼。西德妮拼命才让自己原谅了谢帕德，因为他并不真正为此负责。

沃恩与杰克碰面，杰克怪他不该泄露自己的档案，沃恩解释说，西德妮怀疑杰克曾与克格勃有牵联。

西德妮前往牛津盗取一架与Rambaldi秘密有关的古钟，尽管安娜紧追不舍，但她仍然成功得手。杰克与斯隆为埃萝易丝-库兹(Eloise Kurtz)之死晤面，杰克承认是他请埃萝易丝假扮成凯特-琼斯，但斯隆不相信埃萝易丝，让她永远沉默了。

她发现SD-6派人跟踪，斯隆坚持这只是例行程序，但杰克告诉她，SD-6怀疑有内奸。他敦促女儿向沃恩救助如何才能骗过测谎仪。

她的下个任务是去意大利的波西塔诺修理古钟。钟的设计者是Rambaldi，但制作者1503年一个名叫Giovanni Donato钟表大师。Donato的一位后裔仍然在找寻祖先的作品，也只有他能修好古钟。

威尔的编辑Litvack对丹尼和埃萝易丝离奇死亡的故事不屑一顾，认为威尔在撒谎。她要求威尔停止调查，但威 尔不听劝告，继续深挖真相。在埃萝易丝的车里威尔找到一件珠宝首饰，原来是个设计巧妙的监听装置。

爬出地下管道的西德妮发现迪克松受了重伤，她用卫星电话召来CIA的直升飞机把他送往附近医院。尽管她向斯隆隐瞒了真相，但是想到迪克松可能听见她与CIA的对话后，还是惊出一身冷汗。SD-6，Dreyer告诉斯隆他认为西德妮就是内奸，因为她的测谎分数太高。斯隆勉强同意，同时坚持说他会“好好关照布里斯托”。

西德妮的新任务是到托斯卡纳偷Ineni Hassan的会计那里偷情报。曾帮助过SD-6的Hassan现在成了他们的眼中钉，斯隆想知道他的银行帐号，以便冻结他的财产。

西德妮动身后，斯隆给SD-4发了消息，要他们干掉西德妮。CIA截获了这条指令，沃恩立刻组织成员搭救西德妮 。杰克也得知了追杀令，并且在马歇尔的帮助下发现，斯隆有意用沃恩小组潜入的服务器发送这条消息，引诱他们出动。一番布署后，斯隆终于相信西德妮对SD-6的忠诚。

西德妮被带进刑讯室，但Russek却成为审问的对象，受到拷打最终被处死。斯隆向信任的西德妮透露从瑞士截获的情报，是Russek发给K-董事会的。西德妮不得其解，询问沃恩，他也是一样困惑。

圣诞节临近，沃恩送了西德妮一只古董画框，让威尔心生嫉妒，尽管他自己已与助手詹妮(Jenny)有了男女之情 ，而且西德妮也很清楚。

西德妮即将前往肯尼亚海岸线上的Semba岛，继续追踪Ineni Hassan的下落。SD-6相信，岛上一个造假者给他伪造了新的身份。西德妮经过调查后发现，Hassan做了易容手术，现在的名字叫Nebseni Saad。

西德妮没有向SD-6汇报真相，但斯隆已经掌握了事实。他派出杰克去Nebseni Saad藏身的古巴去干掉他。沃恩提出了计中计，杰克与Hassan达成交易，交出手头的客户名单，杰克佯装杀掉他，这样就可以避免SD-6的追杀 ，但是Hassan依然可以落入了CIA的掌心。

杰克在Ineni Hassan的命令下举枪对准了西德妮，他用眨眼的方式传递了莫斯密码的

讯息。两人同时发难，擒获了这个军火贩子。打晕了Hassan后，杰克拍下了他“死去的”照片，斯隆深信不疑。事实上，Hassan成了CIA的阶下囚。

古巴之行后，沃恩约见西德妮，告诉她研究了她母亲的书，发现了用Cyrillic代码书写的克格勃的指令，里面有许多多年前被害的CIA特工的名字。

斯隆简短布置了西德妮与迪克松的新任务。Hassan的一个同伴Minos Sakkoulas，取代了他在地下黑帮的位置。 Sakkoulas有一套名叫the Package的设计，西德妮必须到希腊从他的电脑里偷来这些数据。沃恩给了她一套假文件，以应付SD-6，真正的文件则交给CIA。他们再次讨论了Cyrillic密码，都认为杰克通敌过克格勃。西德妮不愿再深入调查，但沃恩把两人的谈话秘密录了音作为证据。

母亲也是克格勃的消息让西德妮难以接受，她告诉沃恩自己准备退出SD-6。与此同时，一群全副武装的人侵入SD-6，并控制了整栋大楼。西德妮来到大楼，杰克警告说，如果她打算退出，那么斯隆的上司Alliance一定会杀掉她。他们的电梯突然停运，杰克意识到是斯隆触发了一级防范预警系统。父女俩溜出电梯，来到地下室，他们发现暴徒将所有人扣为人质，这群人的头子叫McKenas Cole，是一名前SD-6特工，现在为另一个组织工作。McKenas拷打斯隆，要他打开SD-6的保险库。但是因为安全 系统已经开始运作，打开金库会引发爆炸。杰克告诉西德妮整栋大楼会被炸毁，在马歇尔的工作间有一个装置 ，可以控制保险库大门，即使Cole得到了密码也打不开大门。西德妮必须神不知鬼不觉地拿到这个装置。

威尔打算停止对SD-6的调查，但却在办公室椅子上一个信封里发现了另一条线索。