西德妮与沃恩谈天时提到自己快毕业了，想退出情报组织。Kendall拒绝了她的辞呈，并补充说作为普通公民的她不能再见到母亲。希望女儿脱离CIA的Irina则表示，如果她再留在CIA就不再见她。

Sark在长滩水族馆绑架了数学家Neil Caplan一家三口，把他们送往瑞士，在那里斯隆给Caplan看了Rambaldi手稿，解释了自己30年来在这上面花费的心血。

西德妮准备毕业时，斯隆打来电话表示祝贺。他承认知道她和杰克是双重间谍，并且利用他们脱离了12联盟。他警告西德妮不要坏他的事。CIA，Kendall告诉西德妮，斯隆绑架Caplan是为了利用他从Rambaldi的作品中制造出武器。她意识到打击邪恶的斗争没有尽头，开始重新考虑辞职要求。

西德妮告诉迪克松他的罪名洗脱，并请他加入CIA。但是他觉得受到利用，不想再见到她。回到家迪克松向妻子坦白了一切，并发誓以后决不再欺骗她，她表示，如果他进入CIA就会离开他。

沃恩在银行地下室解除C-4炸药，西德妮开着斯隆的车和他离开了银行，路上她告诉斯隆他是CIA的要犯。得知炸弹被解除后斯隆从车上跳上另一辆卡车，甩掉了西德妮。在CIA，

Kendall和西德妮为斯隆争执起来，谁也不服谁。

沃恩在西德妮家里接到Weiss的电话，结果发现了藏在墙里的的窃听器，录有先前的对话。在CIA马歇尔说他在SD-6时就做好了窃听器，可以定期把内容转发到接收器，所以被沃恩发现。杰克要马歇尔通过反向程序找出通话的内容传给了谁。

瑞士，Caplan的实验完成，新产品也准备好了，Sark准备对它进行测试。斯隆飞往坎大哈，与帕坦军阀Ahmad Kabir会面，说服他成为自己邪恶计划的同谋。

西德妮家中，弗兰茜想与她好好谈谈，说她们最近越来越生疏了，但西德妮接到沃恩的电话后很快离去。弗兰茜意识到窃听器被发现了，她打电话给Sark，后者指示她在洛杉矶找一个替死鬼，所以她杀了水管工并嫁祸于他。

一架电梯从40楼坠落，里面的三个人全部身亡。Sark撬开门从其中一人身上搜得钱包，这人是俄罗斯的军火商，名叫Yuri Karpachev。Kendall告诉杰克Karpachev是Irina的联络人之一。

Irina告诉杰克Karpachev的钱包里有保险柜的钥匙，斯隆相信里面放有Rambaldi原稿，其实没有。她说Karpachev 把它卖给了曼谷一个叫Ilya Shtuka的男人。她建议要想拿到手稿要和Shtuka会面，她希望这次会面能引出斯隆，只要他一被捕，西德妮就可以退出CIA了。

西德妮受命和特工分析家Mitchell Yager见面，他正在调查沃恩。沃恩未经同意擅自与外国警探联系，还与前克格勃刺客Vladimir Prokrowski晤面。Yager向西德妮施压，要她检查沃恩的手提电脑，因为他可能下载了被禁止的译码程序Xenon。

同时，Kendall犹豫不定，是否让Irina和斯隆联络，杰克表示他会护送她前去，用原稿为饵等斯隆上钩。杰克让他放心，并说如果Irina再欺骗他自己知道该怎么做。马歇尔在Irina的肩膀里植入了跟踪装置。

Irina与Shtuka在曼谷的夜总会接上头，他告诉自己用手稿换来了在香港的毒品交易权。Irina干掉了他，杰克护着她杀出重围，两人一起飞往香港，设法拿到手稿。

尽管西德妮抗议连连，沃恩的徽章还是被摘掉，正式接受调查。杰克告诉西德妮Irina逃走且背叛了他们。心碎的西德妮来到Irina住过的牢室，迪克松前来安慰她，她给他看了Irina留下的耳环，并表示宁愿她死了。

在斯隆的飞机上，他和Irina讨论了他们的计划，Irina去德国的基因数据库盗取文件，斯隆则前往托斯卡纳与爱米莉会合。斯隆对西德妮的关心激怒了Irina。在托斯卡纳，斯隆买下一栋别墅让爱米莉大为吃惊。

CIA，杰克接受了Kendall的任务，鉴于他对Irina比较熟悉，他被派去执行抓捕她和斯隆。杰克透露，通过Irina身上跟踪装置，他们可以在12小时确定她的方位。

在打靶练习时沃恩劝西德妮不要参加这次行动，说她不应该追踪自己的母亲。西德妮要他放心，自己开枪时决不会有任何犹豫。

迪克松的子弹击中了爱米莉，他向西德妮道歉，并说他已经提出辞职要求。四处躲藏的斯隆复仇心切，不再对探索Rambaldi感兴趣，他告诉Irina只想知道谁杀了他的妻子。

在CIA，因为缺少其他线索，焦虑不安的西德妮向Elsa Caplan提议用催眠术，Elsa愤怒地拒绝了，并为西德妮认为她没有尽力帮助寻找丈夫Neil而难过。Irina给了Neil一个从1000万人身上提取的DNA加密数据库，指望他能找到一个特别的人物。

西德妮在整理情报时注意到，三个打到Caplan家的电话时间很不正常，经过追查，发现是一名与俄国SVR情报组织有牵连的记者Gregory Ivanov，对他进行监视后，西德妮发现他刚刚收到一份传真，内容是“最后阶段”。Elsa承认，Ivanov是她的上司，她嫁给Caplan就是为了监视他。她在他的手臂里植入了氰化物药丸，传真的意思说药丸已被激活，42小时后她的丈夫就会丧命。她告诉西德妮她真的爱上了Caplan。

在Diane的葬礼上，沃恩注意到悲痛的迪克松在偷偷服药，他告诉西德妮，迪克松应该多休息一段时间再回来工作。

Sark建议斯隆去巴拿马城，心烦意乱的斯隆拒绝了，但给了他一个号码，让他有需要的时候打。斯隆承认杀死Diane是一个错误，他准备离开休息一下，让Sark代为负责。

CIA，马歇尔介绍了Rambaldi的作品，在他15世纪的绘画作品中，Rambaldi画出了一个名叫巴拿人的DNA素描，这个人的DNA正是破解他手稿第94页上某些灾难事件预言的密钥。其中一桩将于48小时内发生，且与Di Regno有关，西德妮和迪克松受命去巴拿马城找到他并带回来。但他们到得太晚，Di Regno已经死了，而且心脏也被人挖走。他们发现他也有一个Rambaldi纹身，西德妮还找到一只乳胶手套，上面留下的指纹属于一个名叫Emilio Vargas的杀手。