马歇尔还没来得及完成对Rambaldi立方体的分析，就被特别调查部的特工拿走。

西德妮注射了镇静剂后被送上飞机，见到了Kendall，他透露自己并非FBI，而是特别调查部的人，盟约组织伏击他的小组拿到了Rambaldi立方体。他说他知道西德妮失踪两年间发生的事，是她要自己保持沉默。Kendall说，被“埋葬”9个月后西德妮逃出了盟约组织之手，从罗马给他打来电话，说她被神经毒素所麻痹，从一辆卡车的后面目睹了自己的葬礼。拷打她的人Oleg Madrczyk，把西德妮的DNA注入了尸体的牙齿，造成身份被认错。随后她被送往圣彼得堡，在那里被称作Julia Thorne，而且被洗脑，为了证明自己愿意效劳，她杀死了一名盟约的犯人。

Kendall的讲述让西德妮大为惊骇，但他说圣诞计划训练使得她免于叛变，她杀死那个人也是为了保护自己，骗过盟约。联系上Kendall后，他建议她继续保持Julia Thorne的身份，以收集情报。西德妮回忆起看到沃恩和劳伦在一起的痛苦，但是为了安全她不能与他相认。西德妮以Julia的身份和Simon Walker搭档寻找Rambaldi立方体。她得知专家Lazarey就快发现他们想要的手工艺品。盟约命令她一旦Lazarey找到立方体就下手干掉他。但Kendall要她与之达成协议一同合作，所以她伪造了杀死他的假象。

在返回的飞机上，Kendall表示他相信，西德妮正是Rambaldi的“头号选择”，盟约控制她和立方体就是为了实现预言。

朝鲜的监狱里，西德妮和沃恩锁链缠身被带上火线前激情热吻。

背景：洛杉矶，CIA得知一个挂假名的国外经纪人帐户，用密码在股票名字里编写了一条情报：一名高级的盟约官员Leonid Lisenker想要叛逃。西德妮和沃恩扮成审计师去朝鲜去接应他。

沃恩打球的晚上，劳伦请西德妮出去吃饭，但他警告她不要和西德妮来往。稍后劳伦与盟约的特工Zisman秘密会面，和他谈了暗杀西德妮与沃恩的计划，劳伦犹豫后通知他他们将在多佛的机场登机，盟约特工给飞行员下了毒。飞机上沃恩的疏远态度和以后不愿再合作的话让西德妮十分生气。这时飞行员中毒身亡，飞机失控，西德妮与沃恩设法操纵飞机逃开了导弹追踪。飞机坠毁后两人得以逃生并躲开了朝鲜军队的搜捕。他们抢了一辆吉普，去接叛逃高官，西德妮承认了与威尔的关系。

杰克怀疑坠机是盟约所为，迪克松不顾违命愿意携小组相助，斯隆主动提出帮忙但杰克拒绝了，他联系到爱琳娜，得到指示去西德妮的寓所，在那里杰克见到了爱琳娜的姐姐Katya，她证实了西德妮活着的消息，表示愿意帮忙营救，并提出条件要他干掉斯隆。

CIA，特工小组讨论了叛逃盟约的Lisenker那里得来的情报，他把一张微型磁盘藏在查默尼克斯一间不容易突破的度假木屋中，磁盘上名叫Doleac日程记录了六个盟约组织的详细内幕。西德妮和沃恩要装成钻石走私犯去雅典，寻求犯罪专家Toni Cummings的帮助，度假屋的保安系统正是他设计的。在杰克的反对下，西德妮让迪克松把沃恩换成了威斯。

杰克去见斯隆，后者原谅了他Katya事件。斯隆说爱米莉的离去给他留下了做再多善事也难以填补的空白，杰克建议他继续保持双重间谍的掩护。西德妮告诉CIA精神病学家Arnett博士，自己无法忘怀“精神伴侣”沃恩。

萨克告诉劳伦他知道她杀了他的父亲，还知道她也是盟约特工。他提议他们联手干掉六个盟约组织的负责人，偷到各自总部的钥匙，然后和盟约组织在圣彼得堡的总头目谈判，要求得到更大的权力，否则就把钥匙交给CIA。

雅典，西德妮和威斯诱使Cummings交出了木屋安保系统的示意图，但她告诉他们，根本无法通过那些致命的障碍。马歇尔开始工作。斯隆告诉心理专家，一个关于杰克父女两人的秘密让他难以摆脱。

难以入睡的沃恩瞪着父亲的表，正停在他遇到西德妮的时候。沃恩离去后，劳伦的电话响起来。在CIA，迪克松给小组下达了新任务：菲律宾的恐怖组织闪剑弄到了一个等离子炸药的二代炸弹，正在运往欧洲。CIA从温哥华的一个数字存储设施跟踪到闪剑的传输。西德妮和沃恩去租下该设施的保管空间，并搜寻船运的详细档案。迪克松补充说，小组里的某人可以把这条情报通知给盟约组织。

西德妮和沃恩扮成天文学家来到设施所在地，偷偷下载了船运情报和等离子炸药的精确所在。把情报传给马歇尔的过程遭到病毒的破坏，沃恩和西德妮也遭到设施工作人员的袭击，但那人被神秘射杀。两人驾车追赶，杀手逃脱。回到洛杉矶后马歇尔告诉他们只收到63%的数据，需要12个小时才能推算出剩余部分。西德妮记起前一天正是沃恩父亲的忌日，劳伦的电话打断了两人的谈话。

苏黎世，斯隆向Barnett道歉并请她出去吃饭。她同意了，但“只是出于职业原因”。她认为他从间谍向人道主义者的转变非常难得，追问他的秘密，惹恼了斯隆，两人不欢而散。

马歇尔的文件显示，炸药在里斯本的一艘利比里亚货船上。沃恩和西德妮上船后再次遭到袭击。

造弹专家Daniel Ryan炸毁了贝尔法斯特的一家银行，作为向盟约递交的一张名片，他的炸弹有“不可能拆除”之名。如果不能在48小时内与盟约达成交易，他将在美国再制造一起爆炸事件，以引起其他恐怖组织的注意。CIA得知盟约将在贝尔法斯特的一家酒吧约见他，他们派出了威斯和西德妮。

假扮成盟约特工的西德妮为了获取Ryan的信任，假意从前来绑架他的CIA手中救出了他。Ryan在CIA的大楼里醒来，屋内布置得与他将和盟约接头的酒店客房一模一样，这个计谋差点败露，但Lisenker出现为西德妮做了担保。Ryan接受了协议，并提出细节由萨克负责，他虽然没见过萨克，但知道他是盟约在北美的负责人。

沃恩装成萨克到来，Ryan告诉他具体计划将在一架由罗马飞往巴黎的航班上，由一个认识他的同伙交给他，只要那个人一见到萨克，第二次爆炸就会取消。CIA匆忙发布了公告，迫使萨克登上那班飞机，沃恩也在飞机上。但是那个同伙没有出现，也就是说Ryan想让萨克坐上这班飞机是另有企图。

劳伦的父亲Reed参议员来监看萨克受审。他要杰克他们必须问出萨克在盟约内拍档的身份，劳伦不同意对萨克施刑。

运送萨克去多佛空军基地的飞机在非洲的沙漠迫降，西德妮和威斯登机后发现飞行员和警卫都冻僵而死，萨克不知去向。萨克绑架了迪克松的两个孩子，并要求他们在48小时内完成不可能的任务：释放5名国际罪犯。迪克松要特工们找出内奸。马歇尔经过分析飞机上的录音，得知萨克逃跑前与某个“爱人”通过电话。CIA们跟踪他到了亚利桑纳州的诺盖尔斯。西德妮、沃恩、威斯和迪克松没找到孩子，反而落入陷阱，险些被炸死。

马歇尔从美国联邦航空局的数据库中发现，萨克的飞机是从瑞士Barnett博士的IP地址被泄露。杰克立即逮捕了斯隆。迪克松回到家后发现孩子安然无恙，盟约现在要求释放10名犯人。迪克松任命杰克担任组长，他私下告诉西德妮盟约的条件是假的，他们其实想要一件内华达沙漠里黑洞工事的Rambaldi物品。西德妮同意帮他把东西取回来。