弗兰茜告诉Sark，CIA相信威尔是被人陷害。Irina得知Sark的通知，但她不许弗兰茜杀掉威尔。弗兰茜催眠了威尔，烧掉了他视网膜上的第二替身的标记。

杰克怀疑威尔偷走了托斯卡纳突袭行动的录像带，于是以间谍罪逮捕了他。从威尔的东西里杰克发现了西德妮和沃恩在她住处外调情的数码录影。西德妮告诉受惊的威尔，视觉扫描显示他的眼睛里有蛋白质沉积，从而证明他就是第二替身。对于西德妮的提问，威尔无法作答，因为弗兰茜选择性地抹去了他的部分记忆。西德妮认为弗兰茜需要被保护起来。

在杀死Diane的炸弹引爆器上发现了威尔的指纹，迪克松来到CIA的监禁室审问威尔，愤怒之下险些闷死他。威尔很快被转送到监狱。Sark要弗兰茜杀掉威尔，以免身份暴露。

在CIA，心情沮丧的西德妮和沃恩交换意见。马歇尔开始收到绝密情报：Irina实践了自己的诺言，上传了替身的DNA。西德妮随即告诉威尔他的罪名被洗清，因为网上下载的DNA和他不匹配，而是一个Allison Georgia Doren的人。

西德妮在溜冰场上放松心情，Irina突然出现要她帮忙。西德妮出手但被Irina制服。Irina透露了自己的全部计划。斯隆拥有23件Rambaldi的手工艺品，CIA有24件。所有的手工艺品必须合在一起才有效用，所以她向斯隆建议他们联手打败12联盟，并对位于内华达州NSA实验室的CIA仓库发动突袭。她想让西德妮去抢苏黎世的一个仓库，斯隆的Rambaldi手工艺品全存在那里。

Sark和弗兰茜会面，他以Allison的名字称呼她，并说他们无法反向运行替身程序，因为Markovic的实验室被毁了。

威尔经过调查发现Allison Georgia Doren的名字赫然在“圣诞计划”之列，她被推测还是孩子时就死了，威尔与Doren的双亲联系后得知她的尸体没有经过身份认定。

在苏黎世，西德妮带领一组人突袭了仓库，但是他们没有找到Rambaldi的手工艺品，箱子里塞满了厨房用具。

住在香港一处安全屋的西德妮见到了沃恩，他说两年前的大火中威尔得以逃生，而她被确认“死亡”。现在的沃恩成了一名老师，受CIA派遣来接西德妮回国。她袭击了沃恩逃出

安全屋，与两名守卫的CIA特工展开搏斗，最后还是被沃恩制服。

西德妮在斯塔福德的海军医院醒来，见到了迪克松，他现在成了她所在特工小组的负责人。威斯叫走了迪克松，并告诉他特工斯科特-金斯利（Scott Kingsley）拿到了芯片，正在前往阿维尼翁的火车上。迪克松返回后告诉她，承蒙国家安全局高级长官罗伯特-林赛（Robert Lindsey）的允许，一年多来杰克始终独自一人。

火车到达里昂，一个枪手杀害了金斯利，拿走了芯片。CIA认为，芯片上是一种不易被发现的无人驾驶侦查机的示意图，可以用来发射生化武器。

西德妮见到了马歇尔和怀孕的Carrie。她告诉迪克松，自己被关在盟约组织巴黎基地时曾听说过金斯利的名字，他是最近8个被谋杀的CIA探员之一。林赛坚持要西德妮参加这次行动，她同意了，但提出条件要见父亲。

西德妮见到了戴着手铐的杰克，原来他因为违反命令，联络CIA第6号通缉要犯爱琳娜而受到指控。他力劝西德妮挽回她在CIA的清誉，并继续他对她失踪的调查。他说自己有证据，所以相信她还活着，他还说沃恩不值得她难过。

柏林，直升飞机吊走了一部电梯，里面困着两位CIA特工。看到西德妮没有被洗脑，杰克很满意，他劝她不要向CIA承认她杀了Lazarey。威斯帮助西德妮搬进了新家，他告诉她沃恩不愿回到CIA。

特工小组得知，前次的绑架事件是一个俄罗斯国家下属的盟约组织所为，如果他们的要求得不到满足，就会处死人质。西德妮自愿前往慕尼黑一家成人影院接头。迪克松通知她有一个治疗小组专门诊治失忆的人。杰克对她说，她被火化后沃恩把她的骨灰撒进了大海。

在电影院里，西德妮打开包，里面赫然是一颗CIA特工的人头，嘴里塞着一张纸条，要用萨克交换另一名特工。西德妮反对，但林赛说萨克不再有秘密了，他根据斯隆提供的情报认为他们想杀死萨克。

西德妮去找当了法语教师的沃恩。她想要他重回CIA，沃恩说，得知她的死讯后，他的情绪失控并开始酗酒，但他表示虽然很爱她，却毫不后悔自己现在的生活。杰克怀疑斯隆与西德妮的失踪有关，但他否认了。

一个火球从天而降，烧毁了莫斯科的Gorky公园。CIA，迪克松解释说，火球是一个坠落的卫星，差点激发俄罗斯的原子核反应。Echelon系统截获了萨克和Boris Oransky的对话，后者是制造卫星的法国公司的一名雇员，他和萨克讨论了“第二阶段”进行。迪克松派人跟踪萨克。西德妮认为应该逮捕他，但沃恩和劳伦都持反对意见。杰克告诉西德妮NSC掌握了一卷Lazarey被杀时图像模糊的录像，并再次告诫她不要承认。杰克和劳伦、马歇尔一起观看了录像，马歇尔要求72小时把图像处理得更加清晰。

墨西哥，西德妮乔装打扮，跟踪萨克和Oransky来到一家咖啡馆。Oransky把照片和密码交给萨克，还提到了“Medusa”一词。萨克离去后，西德妮被发现，Oransky趁乱逃走。

西德妮告诉威斯她想起在SD-6的时候听过Medusa。

西德妮和杰克看了录像带，Lazarey死前说出“Julia”这个名字。

几个人从法国传染病实验室偷走了四瓶埃博拉病毒，其中一人受到感染被抓获，劳伦和西德妮审问了这个名叫Laszlo Bogdan的人。他说盟约组织准备把病毒进行变异，他们小组的负责人叫Simon Walker，是个心狠手辣的自由杀手，他们还将执行第二次抢劫任务。迪克松决定派西德妮扮成安全专家打入Walker的小组进行跟踪。沃恩交给西德妮一支伪装成口红的追踪器。在塞维利亚化过装的西德妮与Walker接上头，他叫她Julia，并表示十分想念她。见过小组其他成员后，他们要考考她，让她去偷希腊王妃150克拉的钻石项链，Walker给她七分钟，西德妮成功完成任务。

在回国的飞机上，沃恩问他“Julia”的事，她没有回答，接着承认因为劳伦的关系她不能相信他。回到CIA，她考虑承认自己的罪行。