假斯隆启动Rambaldi的Mueller装置杀害了意大利神父Kampinski，并偷走了Rambaldi的Vespertine文件中提到的灭绝兰花。斯隆召集特工，要他们找回兰花，并抓到冒名顶替他的人。

为了引出假斯隆，特工们设下圈套，假装在巴黎拍卖Vespertine文件。迪克松和沃恩追赶一个偷文件的男子，从一辆卡车里抓住了假斯隆。在盘问假斯隆时，他提出让西德妮和他联手消灭世界上的恶人，并利用兰花萃取液，打造出和谐培养的共存世界。

马歇尔指出假斯隆的大脑模式和斯隆相同，他回忆起在SD-6时有一个大脑铭记的项目，由SD-6高级官员Calvin McCullough负责。

沃恩和迪克松在布宜诺斯艾莉斯找到了McCullough，他承认是他让假斯隆认为自己是真正的斯隆。但是假斯隆背叛了他，没有把兰花交给他。McCullough随后服毒自杀。

一个军事组织潜入DSR窃走了Rambaldi手工艺品。同时，Sophia告别西德妮和纳迪亚返回里斯本。

APO总部，杰克反对沃恩向西德妮求婚。这时一队CIA特工前来搜查他们的办公室。纳迪亚被控修改DSR的安全系统，一位特工发现了Sophia送她的项链里有窃听器。

杰克和斯隆意识到几次任务失败都是Sophia捣的鬼，杰克认为她就是埃伦娜（Elena Derevko），会去找拉兹罗-德里克（Lazlo Drake），让他把所有的Rambaldi制品组合起来，完成最后的预言。

纳迪亚想起一年前和斯隆在中国时遇到过德里克。他拒绝告诉斯隆知道的情报，因为斯隆还缺一件：生命之球，他说纳迪亚是唯一能找到它的人。他们来到地下洞穴，生命之球放在一个四周全是玻璃地板的箱子里。纳迪亚碰到球体时，看见了可怕的毁灭场面，于是拒绝把球交给斯隆。他急不可待亲自上前，结果被碎裂的地板刺伤。纳迪亚精心照料他直到恢复健康。

杰克回想起在维也纳，误以为爱琳娜指使刺杀西德妮而向她开枪，后悔不已。迪克松称他看见了爱琳娜，西德妮表示不相信，杰克说自己杀死的是据他以为是爱琳娜的人。

马歇尔报告发现了埃伦娜的同伙Lucien Nisard在为盟约工作。同时他们得知Rambaldi的Mueller装置在俄罗斯的Sovogda制造了恐怖事件，特工小组认为是斯隆和埃伦娜所为。唯一的解救办法就是让一直被姐姐囚禁的爱琳娜解除装置，他们需要从Lucien Nisard嘴里得出她的下落。

在伊比沙岛，沃恩和西德妮找到Nisard，逼问爱琳娜的事，他承认埃伦娜复制了另一个爱琳娜，同时透露真正的爱琳娜在危地马拉。

杰克、爱琳娜、纳迪亚、沃恩和西德妮来到满目疮痍的Sovogda。

APO，马歇尔和威斯利用黑井指令协迫俄罗斯部长交出卫星的密码，他们很快发现埃伦娜在向卫星发送数据。CIA特工Brodien提醒西德妮一行人，Rambaldi装置发射出的亚音频频率会改变饮用水，一旦出现症候就不可逆转。Brodien判断出装置仍在运行中，震中位于Oransky大楼，他们决定用最快的交通工具--地铁。

埃伦娜得知APO特工小组来到，斯隆主动要求领人伏击，她要他把纳迪亚带回来，加入他们的组织。

斯隆杀死了埃伦娜的人，等在站台，杰克不相信他的借口，取得了小组的控制权。马歇尔报告，埃伦娜利用俄罗斯的卫星向全世界发射Rambaldi频率。如果网络一连通，所有人都会受到感染。爱琳娜说他们必须从大楼楼顶关闭装置。