霸天虎在北极地区的地下冰层中发现了一块巨大而中空的水晶柱。他们在这块水晶柱中挖隧道，企图从地心汲取热能。但这一举动会使地球被完全冷却下来。在挖掘新隧道时，威震天发现了捷火------赛伯坦的科学家，他已经被埋葬于此数百万年了。捷火复活后极不情愿地加入到霸天虎的队伍中。当汽车人来到北极地带与霸天虎进行对抗时，捷火逐渐认清了他真正的身份所属，并帮助汽车人击败了霸天虎------尤其是他的“老朋友”红蜘蛛------但是为了重新埋没水晶柱和隧道，他只好引发雪崩，最后也被埋没在绵绵的冰雪中了。

在汽车人火山总部的切摩斯发现了一个前人所不知的房间，这里有许多恐龙骨化石，千斤顶和救护车建造了三个能变形成恐龙骨的变形金刚。同时，为了获得无限的电力资源，霸天虎占领了一个巨大的瀑布系统。当机器恐龙完成时，它们简单的头脑却发生了错误。这三个机器发起狂来。考虑到他们太危险了，擎天柱命令把它们关闭并永不开启，当汽车人赶去瀑布阻止霸天虎时，他们遭到了埋伏。千斤顶不顾擎天柱的命令，改进了恐龙机器，而这次的改进取得了实际性的成功，从而帮忙解救了汽车人赶走了霸天虎。

在秘鲁的安第斯山脉上，著名的“能量水晶”被改造成为一种具强大毁灭性的武器。然而，这块水晶实在太强大了，它不仅毁坏了武器的机件，还迫使霸天虎攻击当地的村庄以求新的机件。汽车人赶来阻止他们，捷火试图说服被包围的惊天雷脱离霸天虎并加入汽车人，却失手被擒，并被红蜘蛛所伤。在一名当地女孩的帮助之下，斯派克展开了营救，而捷火在惊天雷的帮助下也赶走了霸天虎并毁掉了能量水晶。

切普用天文望远镜追踪到一块巨大的陨石正坠向地球。他和汽车人到陨石坠落的地方搜集碎片用以研究。后来，威震天研究那些守卫陨石的机器恐龙的程序，利用它们的弱点来改变它们对汽车人的忠心。另一方面，汽车人发现那些碎片是易爆的，当他们返回到陨石撞击地区的地方去处理陨石时，却发现陨石已被霸天虎偷走了。机器恐龙竟出奇地攻击擎天柱，并把它带到霸天虎那里，霸天虎此时正在从陨石汲取能量。千斤顶建造了两个新的机器恐龙，用它们打败了原来的几个，并解救了擎天柱。当汽车人领导人冒着生命危险去救其中一个机器恐龙时，所有的机器恐龙都深受感动并团结起来，与汽车人一起打败了霸天虎。

邪恶的科学家阿科威尔博士和威震天及霸天虎合作，利用他的思想控制装置发明了一支人类奴隶兵。威震天计划利用现存的太空桥技术把塞伯坦送入地球的轨道。因而产生的吸力而造成了巨大的自然灾害——如地震，火山爆发等。而人类奴隶兵则趁机把能量搜集进能量块。然而汽车人 变形金刚无法像对待霸天虎那样对待人类奴隶兵。斯派克普拉是被霸天虎抓获的人类之一，因而他被套上了思想控制装置。他背叛了汽车人，甚至几乎毁了他们。他的儿子斯派克为他的行为感到痛苦可迷惑，在上集的高潮部分，塞伯坦逐渐靠近地球，而自然灾害也开始了。

汽车人们全副武装地去阻止地球上的自然灾害，甚至连机器恐龙都来帮助保护陆地免受海啸的破坏。汽车人得知斯派克普拉被派到塞伯坦去阻止汽车人拯救地球。斯派克恳求擎天柱让他与几个汽车人去解救他父亲。他们偷偷潜入霸天虎在塞伯坦上的总部，发现了思想控制装置的设计。正在这时，他们被斯派克普拉发现了，他发起狂来想要按警钟通知霸天虎！