故事开始于宇宙深处，镜头慢慢转向了一个金属星球——赛普特恩。画外音开始讲述赛普特恩的历史： "几百万年以前，在一个名叫赛普特恩的星球上存在着智慧生命。但他们不是我们所熟悉的生命形态。在星球居住着有思维和感情的智慧机械体—变形金刚。变形金刚分为汽车人和霸天虎。残忍的霸天虎们唯一的目标就是彻底统治宇宙，他们计划要消灭热爱和平的汽车人。一场正与邪的战斗席卷了整个赛普特恩，丰富的资源几近匮乏。汽车人们在这性命攸关的时刻勇敢地选择为生存而战” 千斤顶和大黄蜂从一个地下出口爬了出来。他们发现了一些能量棒，并准备将他们送往基地（名为Iacon）。在路上，他们遭到了霸天虎红蜘蛛，惊天雷，闹翻天的阻击。他们尽力摆脱了敌人，回到基地。 此时此地，声波正在监视着汽车人基地Iacon，他放出激光鸟前去侦察。激光鸟窃听到了擎天柱，爵士，警车和开路先锋的对话，得知他们正准备实施一项能量搜寻计划。声波立即向霸天虎的领袖威震天报告。威震天决定跟踪汽车人，他委托震荡波在他离开时全权管理赛普特恩。 汽车人登上了他们的宇宙飞船方舟号(the Ark)出发了，霸天虎们也乘坐暴影号飞船紧随其后。途中，两颗小行星在方舟号前相撞，造成了大量的流星体，汽车人运用激光在流星碎片中剖开一条道路，霸天虎尾随不舍，暴影号的行踪被警车发现，汽车人想再次运用激光摆脱霸天虎，然而能量已经耗尽了。霸天虎把暴影号靠上来与方舟固定为一体，并攻进了汽车人的飞船。激战中飞船航向失去了控制，两艘船驶入了一地球的引力区，方舟带着所有汽车人和霸天虎急速进入大气层，他们坠落在一处火山脚下，变形金刚们开始漫长的沉睡。 四百万年过后，火山的一次爆发激活了方舟的主控电脑——显像一号，它放出一枚探测器调查这个星球的情况。探针发现了一架军用喷气机，并将影像传回飞船。显像一号修复了离它最近的一个变形金刚——闹翻天，并使他变形为一架喷气机。闹翻天把威震天的机体拖到显像一号前进行维修，然后两人把全体霸天虎都复原了，霸天虎们野心勃勃地决定洗劫这个星球的能源然后征服宇宙。离开方舟的时候，红蜘蛛向方舟开了一炮和依然沉睡的汽车人表示永别。方舟内，擎天柱的躯体受到震动，正好摔落在显像一号的修复光线下面。擎天柱也复活了！ 霸天虎们破坏了一个电站，并用站里的钢材建造新的基地。同时，红蜘蛛想要推翻威震天的野心变得越来越明显。 镜头再次转向方舟，擎天柱已经修复了所有的汽车人，同时命令探长和飞过山出发探察这个星球并搜寻霸天虎。他们发现了霸天虎的踪迹，探长准备返回向擎天柱汇报，但是飞过山却忍不住向威震天开了一枪。他没击中目标，反而引起了声波的注意，他放出激光鸟追捕偷袭者，探长被打落山崖，掉入山谷，飞过山逃回了基地。他带来了救护车返回救助探长。 惊天雷和照相机奉命调查汽车人的行踪，他们把一辆普通的汽车误认为是敌人。声波派出了机器狗发动袭击，霸天虎第一次与人类遭遇了。 钻井平台上，斯派克普拉.威特威奇和他的儿子斯派克正在工作，霸天虎突然来袭。他们抢夺原油并将其制成能量块。汽车人赶到出事地点予以阻止，霸天虎们带着能量块逃走了，但威震天在撤退之前破坏了原油平台使之下沉，汽车人和地球人全部落入水中，燃烧的原油覆盖着整个海面。擎天柱用尽全力拯救了斯派克和他的父亲。

泄漏的原油在海面上熊熊燃烧,钻井台即将沉入水中。为了救出被困的人类，开路先锋用他的重力屏障挡住了火势，千斤顶放出了冷冻泡沫熄灭大火，工人们全部获救了.斯派克普拉和他的儿子斯派克自愿帮助这些友好的异星来客熟悉地球的生活以表示感激之情。他俩跟着汽车人回到了方舟基地。夕阳照耀的山坡上，斯派克在日记上写着这些神奇的机器人的故事，他发现路边丢着一架小巧的卡带播放机（霸天虎的间谍声波），把它带回了基地随手放在一块仪表板上。 基地里，幻影、探长和开路先锋向斯派克展示着令人惊叹的变形技巧和个人专长，探长还带着他外出兜风。回到基地，斯派客正撞见声波和机器狗从显像一号中窃取资料。他赶忙按响了警铃。声波逃了出去，机器狗被汽车人当场捕获。 霸天虎基地，声波向威震天报告说舍曼大坝能出产大量能源，威震天的邪恶计划决定了。 轰隆隆钻入了大坝的河底开始制造巨大的潮汐，造成大坝的发电机超负荷运转。爵士和斯派克从显像一号中探知这一异乎寻常的潮讯，立即通知了擎天柱。霸天虎们不顾大坝即将崩溃的警告，疯狂地收集能量块。汽车人及时赶到和霸天虎开战。探长潜入水中找到制造潮汐的轰隆隆，与之展开搏斗。大黄蜂和铁皮利用激光挖掘水渠引开洪水。威震天和擎天柱在大坝顶上遭遇了，他们用流星锤和激光斧大战起来。 河边，轰隆隆跳出水面推倒了斯派克逃离，斯派克的喊叫声分散了擎天柱/柯柏文的注意力，使他跌下大坝，随即被爵士救起。斯派可见探长久久不出水面也跳了进去，并帮把他从石堆中解脱出来。幻影和鲁莽建议汽车人离开地球避免与霸天虎的战斗，但是擎天柱拒绝了，他决定要阻止霸天虎在这里胡作非为。 同时，霸天虎仍在到处抢夺能量。红蜘蛛擅自滥用一些能量块惹怒了威震天，他警告部下他们需要更多的能量离开地球。开路先锋、斯派克和他父亲出发去监视霸天虎的行踪，并且偷听到他们计划是首先袭击巴尔麻晶矿然后再攻占一个火箭发射基地。他们在赶回基地的途中被一群霸天虎阻击，幸好被及时赶到的横炮和飞毛腿所救。 汽车人部队赶到时，霸天虎们已经占领了矿山并开始收集水晶矿石。千斤顶制造了一颗炸弹准备炸毁矿山。斯派科普拉因有矿山工作的经验，当即与大黄蜂一同潜入了矿洞。他们安置好了炸弹，即将离去之时却撞见惊天雷和闹翻天。在外的汽车人久不见他们回来开始担忧，擎天柱不顾众人劝说决定亲自去救援。他停在洞口放出了小滚珠。正在这时，炸弹起爆了！巨大的冲击波将擎天柱推下了山崖……

在上一集里，擎天柱被爆炸的气浪推下了山坡。汽车人冲上前奋力将他扶起，使他的轮胎着地。与此同时，小滚珠从矿脉的爆炸中死里逃生，驶出了山洞。在大家的鼓励中，擎天柱努力地让自己恢复变形能力。汽车人齐心协力在废墟中挖掘，寻找着大黄蜂和斯派克普拉，幸运的是两人躲在一根梁柱下都毫发无损。 正当大家认为已经消灭了霸天虎/狂派，为了可以回塞伯坦/斯比顿故乡而欢呼雀跃的时候，霸天虎炸开了山顶，带着夺到的能量离去。铁皮不顾擎天柱的劝阻，明知己方的空中劣势，还试图阻击霸天虎，蓝霹雳紧跟其后，想阻止他冒险。闹翻天变成战斗机型跃至他俩身后射击，铁皮中弹坠入了小湖中，蓝霹雳将他拖了上来，与随后赶到的爵士等将其装入救护车一同驶回方舟基地。 方舟前，斯派克正写着日记。探长和幻影看管着笼中的机器狗。探长突然有了个好主意，他想制出一个火箭发射基地的全息图像来吸引霸天虎上钩，擎天柱同意了这个计划。探长假意在关机器狗的笼子前说起火箭基地然后让其逃脱。 威震天果然很满意机器狗的汇报，命令霸天虎准备出发。途中红蜘蛛妄图杀死威震天以取得领导权，结果反被他打倒。汽车人准备好了火箭基地全息像等待霸天虎的行动，没料到这个计划早被威震天识破。其霸天虎主力部队已前往真正的发射基地夺取火箭制造飞船。 霸天虎全部坐上了飞船并带上了满满一仓的能量块。擎天柱在汽车人中募集志愿者前去阻止威震天，所有的汽车人包括两个人类都志愿前往。 发射基地，双方发生一场混战。擎天柱打倒了威震天，然而机器狗从背后扑倒了他。霸天虎迅速撤退到火箭上，引燃了发射器。沮丧的汽车人站在地面上看着飞船无可奈何，擎天柱毫不犹豫的命令横炮将火箭推进器脱下来给他，想飞上去阻止飞船，没料到被击落了。正当大家想不出更好的办法时，他们发现幻影不见了。 飞船上，红蜘蛛又将枪口对准了威震天。此时幻影出现击中了飞船的控制中枢，红蜘蛛对幻影射击，反被威震天乘机射中。飞船失去了控制，向地球坠去。幻影及时跳出了舱门，打开了降落伞。霸天虎的飞船坠入了大海，同时汽车人欢庆着勇士的归来。 为了表示感谢，地球上的国家愿意帮助汽车人取得足够的能量回到故乡，汽车人开始修理方舟。在海底深处，霸天虎的飞船舱门打开，威震天出现了，他和他的霸天虎还活着……

在赛伯坦上和震荡波一起工作的霸天虎发明了一座太空桥。这座太空桥是用于星际间运输能量块的装置。当斯派克和大黄蜂经过时，太空桥正在进行测试，他们失足掉进河床上，因而被威震天抓住，威震天想利用斯派克做能量运输这项危险工作的引导员。幸而大黄蜂逃脱，最后还带领汽车人回来救斯派克，并阻止了能量体的运输。

斯派克的朋友切普是个残疾的电脑天才，他意外地被卷进了汽车人和霸天虎间的一场斗争里，因为他知道霸天虎想要的一种秘密能量的配方，而在家中遭到绑架。霸天虎企图从切普的脑中分离出这个配方，斯派克和汽车人救出了切普，并在切普的帮助之下打败了霸天虎。

擎天柱在与霸天虎的一次撞击中损坏了一个内部零件，其他的汽车人在切普的帮助下把太空桥运到了赛伯坦，他们在千斤顶的工作室内找到了一个替换零件。为了避免在这个陌生星球上遭到攻击，他们及时地返回，修好了擎天柱并把太空桥炸掉。