机器恐龙开始对老是执行汽车人的命令感到厌烦，后来在一场与霸天虎的战争中差点坏了大事。于是他们逃走了。不久后，所有的汽车人都开始失常，原因是汽车人所必须的一种必要元素——塞伯坦素在快速地消散，汽车人的力量越来越弱，情况还在一直恶化。他们发现霸天虎在用太空桥运输塞伯坦素，在地球上诞生的机器恐龙用不上塞伯坦素。他们被派去阻止这次运输，机器恐龙展开了攻击，进入太空桥并被传送到塞伯坦上。可是到了塞伯坦上的机器恐龙根本不愿回到地球上。在毫无办法的情况下，斯派克和卡莉只好通过太空桥到塞伯坦去把机器恐龙和一部分塞伯坦素带回来。可当卡莉和斯派克刚踏上塞伯坦，他们就遭到了震动波的攻击。

卡莉和斯派克避开了震荡波的攻击后遇上了飞标。飞标告诉他们，其他的机器恐龙被霸天虎捉住并被带到机械星球的塞伯坦素堆中去。他们三人排除重重困难到了古塞伯坦文明的废墟。在那他们遇到了更多的困难险阻，到最后还被霸天虎的守卫抓获。他们也被送到塞伯坦素堆去，在那他们还遇上了其他的机器恐龙，但机器恐龙现在已经成了霸天虎的奴隶了。卡莉悄悄地重组了他们，并在太空桥刚打开时带上足够的塞伯坦素离开。震荡波试图阻止他们进入太空桥，但失败了。卡莉一行人赶回地球，他们带回的塞伯坦素及时挽救了汽车人。

由于录音机在播放一场音乐会，汽车人错过了接收信息的好时机以致于让霸天虎偷走了一个强大的信息通信器装置。宇宙飞碟和收音机发现霸天虎在月球上的一个基地，威震天就把通信器安装在这个基地上，并把它的信号调得更强。就在这时他们被抓了。很快，地球上所有的无线电信号都受到干扰，接着又引发了台风、地震和海啸等自然灾害。威震天要地球上的能源储备来交换电波的正常。大力金刚带着斯派克、卡莉、滑翔机和受损的擎天柱成坐火箭到了月球，并与威震天和大火车展开斗争。在斗争中，录音机成功地使通信器超负荷，并清除了地球上的电波干扰，另一方面，大力金刚和恢复了的擎天柱把霸天虎打得落荒而逃。

在英格兰之战中，红蜘蛛、喷气机、轰隆隆和狗被神奇地送到了中世纪，斯派克、滑车和战戟也尾随而至，黑骑士维真把霸天虎当作拥有神奇力量的全副武装的骑士，并招募他们来对付他的敌人红骑士亚星铃。红蜘蛛答应了，并暗地里打算自己统治这个古代世界。但是在一次比武大会中输给了汽车人后，红蜘蛛就绑架了亚星铃的女儿纽梅，并要求亚星铃向他投降以换回女儿，汽车人成功营救了纽梅。后来纽梅和维真相爱了。这促使了两大骑士的联合，最后时间旅行装置又重新把斯派克和其他变形金刚都送回了现在，而红蜘蛛必须面对的是愤怒的威震天。

巨浪在一个美丽的河谷发现了一个金礁湖。他意识到任何机器人只要拥有了这个金礁湖就会变得天下无敌。他害怕金礁湖极其周围的河谷会成为霸天虎争夺的对象，于是他决定不告诉任何人。但是很快的，霸天虎也发现了这个湖并跳入湖中，这使得他们变的刀枪不入。在接下来的一次 小战斗中，霸天虎轻易地打败了汽车人。他们打败了大力金刚并抓获了感知器和浪花。为了弥补他的错失，巨浪救出了汽车人。他们和其他的汽车人在金礁湖边集合，并给他们添上金礁湖里的金漆。霸天虎又发动了攻击，但是这次他们刀枪不入的本领被证明只是暂时的，现在实力得到增强的汽车人很快就击退了霸天虎。威震天为了不让汽车人得到金礁湖，就把它给毁了，巨浪留了下来见证这个尚未成熟的河谷的毁灭。

在土星的卫星泰坦星上发生了一场冲突，发生冲突的双方分别是高级牧师杰罗和反对派领袖塔拉利亚。宇宙飞碟击落了大火车，并降落在泰坦星上。杰罗宣布宇宙飞碟就是天神，但大火车却自称是主要的神，并且在其他霸天虎“神”的帮助下储存了泰坦星上的能源水晶体。塔拉利亚悄悄地在宇宙飞碟身上安装了一条偷听线，结果发现他跟地球上的擎天柱联系上了。擎天柱派出了大力金刚、感知器和爵士去营救宇宙飞碟，但是霸天虎抓住了塔拉利亚相要挟。在大力金刚的帮助之下，爵士和感知器解救了被邪恶的牧师压迫的当地居民，他们还揭穿了霸天虎的身份。霸天虎落荒而逃，泰坦星上于是开始建设新的文明，而宇宙飞碟也恢复并与汽车人一起回到了地球。