霸天虎在纽约市庞大的地铁隧道和排水系统中偷偷建立了一个地下基地，接着他们困住了擎天柱并使他失常。他们还将帝国大厦变成了他们的总部，给纽约的市民发出最后通牒：如果不答应霸天虎的条件，就要看着这个大城市毁灭，斯派克和汽车人成功地救出了擎天柱并重新组装了他，然后他们一起打败了威震天和霸天虎，并拯救了纽约这个著名的城市。

自从邪恶的霸天虎用不稳定的能源污染了汽车人的能源供应后，汽车人就变得邪恶起来，开始攻击世界主要的防御中心，而且他们看起来似乎是一心要搞破坏。汽车人的狂乱行为都是受威震天控制的，这样他就可以强占地球新轨道上的太阳能站，有了这个霸天虎就所向无敌了。当然，斯派克和斯派克普拉没有受到影响。另外，爵士和大汉因为外出执行侦察任务而幸运地逃过此劫，斯派克普拉在霸天虎启动太阳能站前想出了解决方法把不稳定的能源去掉，但这个任务必须冒很大的险。

一次汽车人在威震天的新的能源储存站中发动了一场对付霸天虎和机器昆虫的战斗，幻影在这次战斗中受损，他发誓要让霸天虎和机器昆虫相互敌对，他潜入到机器昆虫的总部偷了一些能源块，并故意留下线索陷害霸天虎，当他把偷来的能源块放到霸天虎的储存站时，飞过山发现了他 并把他的恶行告知了擎天柱。同时，幻影的计划生效了，机器昆虫向霸天虎发起了行动要夺回他们的能源块。在行动过程中，幻影被炸弹的脑硬化弹击中。当汽车人赶到时，他们发现幻影已经神经错乱，并且站到了机器昆虫的一边。但他们的到来却促使了两派恶势力再次联合，汽车人成功地毁掉了储存站，抓住了幻影并使他恢复了本来的自己。自此，他不仅对汽车人更加忠心，也开始对飞过山忠诚了。

千斤顶新发明了一个静止器，这项发明能暂时停止分子运动。在汽车人观察这个发明时，铁皮发现有个女孩在门口观察他们，他以为她是霸天虎派来的间谍，于是打算赶走她。后来，威震天带着他的部队潜入，打败了汽车人，并带走了静止器。铁皮觉得非常懊恼，并积极从服务队中退出来。另一方面，千斤顶担心霸天虎会让他发明的装置不停地工作。少了铁皮的汽车人全体出动去抢回装置，但他们遭到了霸天虎的伏击、之前出现过的那个女孩卡莉觉得自己对汽车人现在的困境有责任。她个人单枪匹马几乎快要成功毁掉霸天虎的总部时，却失手被擒。这时，汽车人被静止器冰封了。后来还是铁皮救了卡莉，并和她一起解救了他的伙伴们，最后，他终于意识到汽车人还是需要他的。

应切普的要求，汽车人们答应参加了一个慈善汽车秀，并进行一场表演赛。但他们不知道他们正被激光鸟和声波监视着。威震天带着刚刚研发出来的“司达坦（stasitron）”潜入竞技场，不让汽车人变回原形，切普和斯派克赶回汽车人总部，并碰到了落在后面的其他汽车人，在那里，切普利用他的电脑天分想出了对付“司达坦（stasitron）”的办法。结果，在一个险峻的山边，切普给了霸天虎着实的一击，并帮助汽车人变回人身以及打败了霸天虎。

威震天及霸天虎在海底发现了失落已久的大西洋城，他们和那里的国王纳吉尔结成了个联盟，一起统治地球。汽车人的一支部队发现了霸天虎和大西洋城的联盟，但这时千斤顶却被抓住了。随后大西洋城岛升出了地面，进入波托马克河流域，接着占领了华盛顿。国王纳吉尔用千斤顶来做实验并研发了一种光线麻醉枪，把汽车人给麻醉了。机器恐龙被召集来拯救汽车人，他们毁掉了麻醉枪。随着麻醉枪的消失，汽车人也都恢复了正常。汽车人和机器恐龙联合起来一起打败了他们的敌人，大西洋城最终也沉入了海底。