汽车人为了回复一个来自遥远星球的电话而降落，因而躲过了特拉坎人的攻击。特拉坎人受到邪恶的霸天虎电脑的压迫。这时，浪花爱上了霸天虎电脑防御小组的女成员阿拉娜。接下来，汽车人和霸天虎为电脑展开斗争，阿拉娜把汽车人带到了一个安全的海底城市。另一方面，浪花跳进变形金刚井中并重组自己的物质组成，变成了一个人形，以图获得阿拉娜的爱。威震天发现了海底城市，但是他由于接到霸天虎的求救信号而没有发动进攻。原来，阿拉娜给霸天虎电脑装配了新电线去攻击霸天虎，而浪花则引爆了储存的能量，被打败的霸天虎落荒而逃。特拉坎人得到了解放。对自己的人形感到失望的浪花重新恢复了机器人的形状，而阿拉娜则告诉他说那怕他们有所不同，但她依旧爱他。

闪电、大火车和红蜘蛛联合起来，冰封了威震天并免了他的职，因为被另外两人出卖，红蜘蛛也被冰封了。于是为了正做霸天虎的领袖，闪电和大火车你争我斗起来。闪电占了一个足球场作为自己的总部，而大火车则控制了一队机车。紧接着的炮击和洪水使整个城市陷入一片混乱。在闪电的命令下，建筑派包围了体育馆，并把汽车人引来困在里面。另一方面，由于洪水涌入地下室，威震天和红蜘蛛身上的冰融化了。他们发现霸天虎成员在为领导的位置而自相残杀，威震天制服了其他所有人。而汽车人此时也意识到了擎天柱叫大家别介入的命令是正确的了。

美军击败了一架俄军飞机，但几个汽车人却被犯罪集团的查利爵士抓获。查利是一个电子机器猎手，他想要擎天柱的作为战利品。擎天柱为了救其他伙伴，于是回应了查利的利诱，并来到查利的宅邸。在那儿他碰到了更多的障碍，到最后几乎要冲破所有障碍的时候，擎天柱中了圈套， 失手被擒机器蜘蛛黑寡妇放出的不锈钢网里。在接下来的战斗中，擎天柱设计使得黑寡妇用自己的毒牙钉住了自己的大腿，结果它给自己的毒液毒死了。至此所有的障碍装置都被毁了。擎天柱救出了汽车人，他们一起把查利送回俄国，成功地使地球免遭一场战争。

轮胎和录音机帮劳尔和他的朋友打败了一伙样貌奇怪的商人和家庭主妇。另外，建筑派在半夜里建起的一座摩天大楼也显得十分不合适。录音机得知这一切可能都是一个新组织舞派在背后搞的鬼，于是他展开调查。轮胎潜入舞派俱乐部，即听到一种高音调的声音，接着那些舞者就像水蛇一样向他围过来。劳尔冲进来救轮胎，并发现那种刺耳的声音是由声波制造出来的。劳尔发现了克服这种声音的办法，并且解放了被催眠了的赞助人。录音机和声波展开了一场声音的斗争，并毁掉了那个俱乐部。劳尔和汽车人追踪红蜘蛛到了摩天大楼——霸天虎的新总部。轮胎呼风唤雨，接着一场暴风雨解了所有被催眠的人，接着他们把红蜘蛛和声波打得落荒而逃。

为了抓住擎天柱，威震天抓了女汽车人的领袖――擎天柱的女拍档艾丽塔。擎天柱到塞伯坦上去救艾丽塔，但他也因此被抓了。艾丽塔用自己的特殊能力帮助擎天柱免受霸天虎的破坏，但也因此失去了大部分的能量。擎天柱把艾丽塔带到了钛师傅处，他解释说只有擎天柱才能救艾丽塔，因为他们俩的线路表是相似的。至此擎天柱才明白了钛师傅的真实身份。接着，擎天柱和艾丽塔救出了尾随他到塞伯坦的其他汽车人和女汽车人，并打败了霸天虎。选择留在塞伯坦上的女汽车人们欢送他们的拍档汽车人们，并祝他们在回地球基地的路上一路顺风。

阿丝特丽亚是一个可爱但却有点蠢的年轻姑娘，她被霸天虎绑架，最后是滑翔机救了她。滑翔机发现她原来是她父亲公司董事会的主席，她还有有一项特异功能，在她身边的机器都会突然坏掉，只有她知道她父亲远程能量转移的配方，于是霸天虎绑架了她，并把她带到了威震天的天空平台。纽摩斯企图强迫阿丝特丽亚说出配方，谁知却被她的特异功能害到无法工作。滑翔机飞上平台去找阿丝特丽亚，但却受到由平台制造出来的暴雨的袭击。阿丝特丽亚为了救滑翔机，把含有配方的项链扔进天空平台的机器中去使之停止工作。接着，滑翔机把她救了出来，并毁掉了霸天虎的天空平台。