承恩宫命案余波未平，皇帝将此事全权交由淑妃处理。李佩仪依令前往淑妃宫复命之时，正巧碰上在此小憩的韦贤妃。寒暄未久，李佩仪便提起王玉书生前行迹，直言有人目睹她曾偷赴韦贤妃名下的承恩宫，与一名男子密会。闻言，韦贤妃神色愕然，自称对此毫不知情，只略带委屈地解释，自己一直嫌承恩宫风水不佳，多次奏请皇帝拆除重建，本以为不过是晦气之地，从未料到竟会在那儿丢了一条人命。李佩仪细细追问，言辞锋利，句句似在敲打，仿佛要从韦贤妃的每一个眼神与停顿中揪出破绽。韦贤妃听着，心中不悦却不好明言，只能笑里藏针地岔开话题。
见李佩仪步步紧逼，韦贤妃遂将话头转向最近在宫中闹得沸沸扬扬的“孤男寡女同处一室”流言。她语带调侃，又似无意试探般，问起那夜的详情。李佩仪并不避讳，坦然说明当时有人提前在屋内放了熏香，意图让人迷失心智，但她与萧怀瑾识破阴谋，以银针放血化解药性，才未至失礼犯规。韦贤妃听得惊讶，连声称奇，感叹这般心思恶毒。淑妃却听得眉心微蹙，对宫中谣言甚为不满。毕竟李佩仪自幼在自己膝下长大，像影子一样跟随左右，可谓披星戴月才熬到今日的位置，如今名声却轻易被流言抹黑。韦贤妃察言观色，见淑妃面色沉冷，知道再多停留难免尴尬，便识趣地起身告辞，提前回宫避嫌。
待韦贤妃一走，淑妃的神色缓和下来，却愈发替李佩仪忧心。她担心闺阁清誉一旦受损，纵然查明真相，也难以完全挽回，便低声表示，会亲自向皇帝请旨，替李佩仪与萧怀瑾赐婚，用名正言顺的婚事堵住悠悠众口。李佩仪却淡淡摇头，表示自己从不在乎外界评论，若皇帝真要训斥，她也认了，只是不愿淑妃为此受牵连。说话间，她忽又想起此前在承恩宫留下的几处疑点，临行前随口问起，韦贤妃名下是否还有一位皇子。淑妃告诉她，韦贤妃确有一子，名为信王李铮，不久前奉旨负责重修承恩宫。李佩仪心中一凛，线索似乎瞬间串联起来。她告辞离宫，回到内谒局便吩咐五仁暗中查访，追根究底。
与此同时，朝中另一头，萧府也并不宁静。萧文渊得知萧怀瑾与李佩仪“共处一室”的传闻，勃然大怒，厉声斥责他不顾大局，轻则毁了名节，重则可能牵连全府性命。萧怀瑾被骂得一头雾水，又不服气，忍不住追问李佩仪真实身份，究竟有什么来历，竟让人人避之不及。萧文渊却闭口不答，面沉如水，只是一再告诫他日后务必远离李佩仪，不可再有牵扯。萧怀瑾愈发不解，反而激起逆反之心，当场表示要入宫面圣，请求皇帝赐婚，以示清白。此话一出，萧文渊脸色更青，气得几乎拔剑相向。
然而事与愿违，李佩仪已经循线找上萧府。为免出更多闲话，萧文渊干脆把萧怀瑾关在屋内，自己出面接见。见面之时，他先行一步拜请萧怀瑾假病在家，以休养为由不上值，又暗示李佩仪最好与萧怀瑾保持距离，免得再招口舌。出乎他意料，李佩仪却平静地告知，淑妃已打算入宫劝说皇帝赐婚，两人不久后就是名正言顺的未婚夫妻，再无需畏惧流言。此言一出，萧文渊更是如坐针毡。
李佩仪见他反应过激，索性开门见山，询问是否因为自己身世成谜，萧家才不敢轻易结亲。她提及萧怀瑾身上常用的那一种香薰，十五年前自己曾闻到一模一样的气味。虽然许多旧事已模糊不清，但那年落水被人救起的经历却终身难忘。她十分确定，救她的人绝不止萧怀瑾一人，当时水雾迷蒙间还能隐约看到萧文渊的身影。萧文渊却矢口否认，坚称从未涉入其事。李佩仪不再绕圈，冷冷放话：若他什么也不肯说，那自己恐怕很快就要以萧府儿媳的身份住进来，到时候总有法子查个明白。萧文渊闻言怒火中烧，却又有所顾忌，不敢完全撕破脸。
为了探清对方心思，李佩仪在言语间暗暗试探，推断朝中能让萧文渊如此忌惮的人屈指可数，只要一一排查，必有答案。情急之下，萧文渊终于失了分寸，脱口而出辱骂李佩仪是“天煞孤星”，言辞刻薄刺耳。正在门外偷听的萧怀瑾吓得心头一震，一脚踹开房门，将李佩仪护在身后，强行带她离开。待两人走远，府中气氛仍凝重如冰，许多埋藏多年的秘密在那一瞬间摇摇欲坠。
离开萧府后，道上的氛围一时有些尴尬。李佩仪侧头询问萧怀瑾刚才究竟听到了多少。萧怀瑾沉默片刻，只说出了萧文渊那句恶毒诅咒，却刻意隐瞒了关于“利用萧怀瑾”的指责。李佩仪倒也不避讳，坦然承认，自己确实有意借萧怀瑾之名来拨动某些人的神经——她从不否认自己会利用一切可用之人和局势，只为尽快查明真相。坦白之语叫人一时无言，萧怀瑾心中五味杂陈，却又莫名加深了对她的信任。
案情另一端，杜知行也并未闲着。他耗费心力追查王玉书妆造中遗留之物，终于搞清那并非寻常脂粉，而是来自各地的自然材料，或为草药，或为香料，皆经过细致挑选。进一步查证又发现，王玉书随身携带过一种称为“闭气”的药物，此丹可令人短暂气息微弱，如同假死。结合承恩宫案发前后的种种迹象，杜知行推断，那位采女极有可能与信王李铮私下谋划，欲借“假死”脱身出宫，再同游山河、访名川。如今风声鹤唳，想弄清真相，唯有亲赴信王府一探究竟。萧怀瑾却主张分头行动，认为自己一人前往承恩宫暗查更为便捷，不必处处束手束脚。
五仁在一旁看在眼里，总觉得哪里不对。往常无论查案还是探访线索，三人几乎形影不离，可眼下皇帝已着意筹划赐婚之事，照理说萧怀瑾该更殷勤才是，他却刻意与李佩仪保持距离，连眼都刻意躲闪。李佩仪同样察觉异常，却一时摸不着头绪，只得将疑惑压在心里，把精力继续放在案件上。
此时的教乐坊，琴声却寂寥了许多金阿好与一位伙伴闲聊时，难掩唏嘘，感慨自从王玉书被选入宫中、升作采女后，信王李铮便极少再来教乐坊论乐。往日里他与王玉书对坐论曲，常谈乐律妙意，教乐坊因他二人来往而热闹非常，如今却只剩满室冷清。众人嘴上不提，心中却都知道，这段人尽皆知又不被允许的情愫，既令人羡慕，又令人胆寒。
为求查明前因后果，李佩仪亲自来到信王府，与李铮正面交谈。她开门见山，询问他是否对王玉书心生仰慕，甚至有逾矩之情。李铮连忙垂目，称自己身为皇子，不敢妄生非分之想，更不敢僭越宫规，只是偶尔讨论乐理，点到为止。正在这时，侍妾静荷端着两盘蔗汁入内，说是解渴消暑。李佩仪默不作声，趁机在其中一盘中洒入少许“殒香散”，想借此试探李铮反应。李铮刚欲举盘入口，静荷忽然娇呼一声，脚步一歪，端盘向前一送，蔗汁应声碎落满地，场面乱作一团。
以旁人眼光看去，这不过是侍妾失手犯错的小插曲，然而李佩仪盯着静荷微妙的眼神与动作，心中却已起疑。她看得清楚，静荷那一跪一扑，分寸拿捏得恰到好处，分明是故意出手阻止李铮饮下蔗汁，且对“殒香散”的气味极为敏感。李佩仪不动声色，随意问了几句，静荷表面战战兢兢，言辞却小心到近乎刻板，明显在刻意掩藏。李佩仪明白此刻尚未掌握实证，不宜逼问过甚，以免惊动背后真凶。她收起试探，暂别信王府，径直前往教乐坊寻找金阿好，希望从旧人旧事中找出突破口。
谁知她赶到时，金阿好恰好外出。一位熟识的琴师告诉她，往日李铮常来教乐坊，与王玉书一道论乐，琴声歌声连日不断，自从王玉书入宫，教乐坊反倒安静许多。李佩仪听后，心中已有猜测：以金阿好对王玉书的情义，多半不会坐视不管，很可能亲自带着阮琴前往信王府质问。想到，她不再耽搁，立刻折返赶往信王府。
此时信王府内的书房中，金阿好果然正与李铮面对面。她将阮琴横置膝上，说是要替旧友再奏曲《千山渡》，以寄怀念。乐声初起，曲调层层递进，本应清越婉转，金阿好却在关键一节故意弹错音律。李铮得皱起眉头，下意识脱口而出：“若是王书听见，定要说你胡乱改曲。”话一出口，他才惊觉失言，急忙改口称“王采女”，试图掩饰。可这微妙的一瞬已经足够，金阿好眼底光芒一敛，心中所有猜尽数落定。
她缓缓停下指尖，目光冷得如同冬夜冰川。曾经那些柔软的记忆，教乐坊里三人合奏的笑声，统统在此刻化作利刃。她从发间拔出早已藏好的匕首，毫无预兆地朝李铮腹部刺去。动作决绝，仿佛早已在心中排练千百次，只待这一刻拔刃。血光乍现之际，府中侍卫惊呼四起。
幸而李佩仪及时赶到，飞身上前制住金阿好，使没能补刀。李铮虽血流不止，却并未伤及要害，被太医及时救治后，性命无虞。案情陡然升级，金阿好旋即被押入大牢。李佩仪随后前往狱中探望，她没有立即斥，只静静坐下，给足对方倾诉的机会。金阿好红着眼眶，缓缓吐露真相：她曾偶然发现，李铮随身携带一个香囊片，那是王玉书亲手赠予之物，做工致、香味独特，不可能认错。由此，她断定信王正是让王玉书怀孕的那名男子，也是间接将王玉书逼上绝路之人。一想到挚友为情所惑，最后却孤身枉死，金阿好中怨恨翻涌，终至拿起匕首替她讨还公道。
案发之后，韦贤妃也不得不亲自前来过问。她进府尚未见李佩仪，静荷便急忙跪上前请治罪，说自己未能看护好李铮，才酿成今日之祸。韦贤妃垂眸看了静荷一眼，心中明镜似的——她早知李佩仪在查承恩宫旧案，哪怕静荷再有本事，也可能撼动整个局势。她并未当场苛责，只轻声叮嘱几句，示意静荷退下，态度既不溺爱也不冷酷。
尽管心底波涛汹，韦贤妃仍强迫自己维持镇定神色，装作从未见过，淡淡说道不过是寻常器物。李佩仪似笑非笑，解释说，灯上残表面已用拓印之法采下指纹，只要与中仆妇逐一比对，便能确认是谁点燃了这盏长明灯。她并不指望韦贤妃会亲自动手布置这等私会场所，却要借此逼出隐藏在暗处的人。果然，静荷听到此话也坐不住，立刻跪地认下，说是自己一人所为。
静荷低头陈述过往，语气既羞愧又扭曲。她承自己一直暗暗倾慕信王李铮，却清楚两人天差地别，纵有千般情意，也不敢妄想一步越界。直到有一次偶然，她撞见李铮与王玉书在承恩宫密会，见到信王眼中掩饰不住的柔情，心里的嫉妒与不甘同恶藤疯长。她没有揭发，而是选择替两人保守秘密，替他们收拾痕迹，以为只要沉默忍耐，总有一天李铮会注意到她的存在。
然而时间越久，静荷越焦虑。她发现李铮对王玉书日益放松警惕，幽会频繁，行迹大胆，稍有不慎就会招来非议，使信王声名尽毁。出于对李铮的占有欲，或许也掺杂一丝以为是的“保护”，静荷心中的念头渐渐扭曲，最终生出杀机。她开始精心布局，勾连承恩宫的布置与王玉书的行程，试图借“意外”令王采女香消玉殒为只要除掉王玉书，信王身边的位置终有一日会轮到自己。为此，她甚至主动请求韦贤妃将自己派到李铮近前服侍，表面上是体贴细心的侍妾，实则时时窥伺时机p>
静荷原本以为，李铮与王玉书不过是寻常的幽会与私情，尽管在宫中这等往来已属冒险，却尚在她能接受的范围之内。然而某一次偶然的机会，她在为李铮收拾衣物时，从他的衣袋中摸到了一枚闭气丹。那丹药颜色古怪、药香微冷，绝非普通滋补之物。静荷在宫中侍奉多年，耳濡目染之下，对某些禁药多少有所了解，当即意识到事情远超她想象。闭气丹能使人假死或致命，多用于铤而走险之举，她很快联想到李铮与王玉书近日愈发频繁、且愈加隐秘的接触，心中骤然一凉，意识到两人极可能在密谋一场关乎生死的大事。静荷既忧心事败后牵连无数性命，又惧怕一旦真相大白，李铮的名誉与前途将被彻底毁掉，在矛盾、惶恐与不安中，她做出一个近乎本能又极其危险的决定——悄悄在太医开的药方中动手脚，企图以此打乱他们的计划，甚至用另一种方式保护李铮。她自以为不过是轻微改动，不至酿成惨剧，却不知这一小小举动，已在冥冥之中，将所有人推向不可挽回的深渊。
案情被揭开时，李佩仪并不轻易被静荷的说辞说服。她从小在宫中长大，深知宫女们虽身分低微，却因伺奉各宫主子进出频繁，多少掌握一些自由周旋的余地，对宫中消息与权力流向也绝不算全然蒙昧。要说静荷没有窥见任何内幕，她并不相信。然而给嫔妃下药却是死罪，非同小可，纵然宫女在后宫有时充当耳目与探子，胆量再大，也不一定敢亲自涉险到这种程度。就在众人各怀心思、互相试探之际，韦贤妃再也坐不住了。她情绪激动，语气坚决，表示静荷既已犯下重罪，就该按律处置，绝不能因自己身为主子而包庇。话虽如此，她心中却更担忧李铮的处境，罗织罪名也好、推卸责任也罢，当下最要紧的，是先弄清儿子的状况。李佩仪察觉韦贤妃急切掩饰的情绪，不但没有顺势退让，反而在关键时刻出面阻止，让金阿好抱着那张曾经由韦贤妃亲手赠予王玉书的阮琴款款走入大堂。那阮琴形制素雅，音色清越，本是两人情谊的见证，如今却被当作事实的引线。金阿好只在殿停留片刻，便退到殿外候命，殿内气氛却因此变得更加沉重。李佩仪顺势继续追问，揭开另一层隐秘：原来当初正是韦贤妃发现李铮同王玉书之间的秘密后，将静荷派往李铮身边，名为侍奉，实则监视。得知儿子与一名妃嫔情愫暗生，她不仅亲自出面阻止两人继续往来，还在争执中听李铮亲口说出——王玉书已经有孕。
这个消息如同一记惊雷，令韦贤妃几乎当场失了方寸。一旦这件事被皇帝得知，后果将不堪设想：无论孩子究竟是谁的血脉，子被牵连、家族蒙羞乃至牵动朝局，都是极有可能的局面。韦贤妃在宫中打滚多年，深知皇权和血统象征着什么，她一想到若皇帝怀疑王玉书肚中胎儿来历明，便会顺藤摸瓜查到李铮头上，连带她多年来苦心经营的地位与声望也将毁于一旦，心中愈加惶恐。出于这种惧，她决定亲自前往含凉殿劝说王玉书手。含凉殿素以清幽著称，花影摇曳，水声淙淙，原是宫中少见的宁静之地。韦贤妃入殿时，王玉书正对着窗外的天空发呆，神情安然得近乎冷淡。面对韦贤妃极力劝阻，她却丝毫不为所动。王玉书坦言，自己从未真正属于这座宫城，她一生追求的，是能自在游历山水、远离争权利的自由。她与李铮心意相通，早就做下打算，宁肯以极端的方式脱身，也不愿在深宫内墙中困守至死。韦贤妃急得几乎要失态，只能用宫规与后宫礼来威胁她，提醒王玉书，嫔妃即便香消玉殒，尸身也要先停放在灵鹫宫数日，期间例行祭奠、守灵，若这当中任何异样，立刻会引来怀疑和审查。有不慎，就可能因一处疏漏酿成大错，连累她与李铮一起葬送。即便听清这些可怖的后果，王玉书仍旧坚持己见，她反问韦贤妃：与其苟且偷生，日日提心吊，不如为自己的选择承担代价。韦贤妃望着她平静而倔强的侧脸，生出一种既愤怒又心虚的感觉——因为她很清楚，真正害怕面对后果的人，其实是自己。
自那日之后，韦贤妃心绪愈发混乱。她暗中发现王玉书已经开始频频请御医诊脉，表面上是例行保胎之举，实则她察觉到其中另有安排。宫中医深谙各种药理，一旦被王玉书说服配合，完全有可能利用药物伪装成假死之状，将她悄然送离皇宫。韦贤妃在惊惧之下打起了别的主意，她悄悄设法买通其中位御医，将王玉书原本准备使用的闭气丹，偷偷换成了殒香散。两者皆有致命之效，却在药性、发作方式与留下的痕迹上不同。韦贤妃以为，只要过程由自己掌控，就扭转局势，既断绝王玉书出宫的可能，又能把一切打扮成“意外”。等王玉书香消玉殒之后，她再以“服用剂量过大”的说辞敷衍过去，将此事归咎于王玉书一孤行、草率行事。她甚至想好如何哄骗李铮——告诉他，是王玉书在绝望中自行服药过量，才不治身亡，将所有因果推回到玉书本人身上，既隔断儿子追查真相念头，又让他把愤怒与悲恸消化在心底。然而她没有想到，这场精心安排的谎言终究会破裂。那日在大厅里，当韦贤妃以自以为周密的口吻重述当年的经过时，躲在暗处着对话的李铮再也压抑不住怒火与悲伤，踉跄着起身冲堂中，声音嘶哑却异常清晰：他痛斥韦贤妃亲手害死王玉书，断绝了他们仅存的希望，并发誓这份仇恨将永远刻在心里。
事实是，王玉书从进宫起，心思便极为单纯，与那些早已习惯在后宫沉浮中算计的人截然不同。她不热衷于银饰珠翠，也不痴迷于皇恩爱，只在空闲时翻看山水图册，或者让绘声绘色地讲述宫外的江湖市井、山川湖海。她向往的是远行，是真实的风、辽阔的水、未知的道路。这份天真的渴望深深打动了李铮。对自小困在宫墙之的他来说，王玉书所憧憬的世界，是他从未亲眼见过却又日夜想象的广阔天地。他起初不过是略感好奇，渐渐却变成一种以言说的仰慕。两人交谈愈多，他对玉书的情意便愈深，先是羡慕她不向命运低头的勇气，再是怜惜她被困深宫的无奈，以至于后来念及她的笑颜，已远远胜过对任何荣华富贵的向往。直到某一日，李铮听闻王玉书被皇帝临幸的消息，仿佛晴天霹雳。他明知如此是宫中常态，却仍感到一种抑制的痛楚和挫败——在这后宫中，任何情感在皇权面前都显得渺小而苍白，而他对王玉书的倾慕，也在那一刻被撕得支离破碎。他纵然身为皇子，却对的命运毫无掌控之力，这份无力感让他陷入漫长的郁郁与自责之中。
自那以后，李铮几乎不再刻意接近王玉书，只是在偶然路过含凉殿，会找个合适的理由入殿一趟，远远看她一眼，看她是否过得安稳，有没有遭人冷落或苛待。他把这种短暂的相遇当作一种默默的守护，只要能悄悄确认她还在，还活着，便觉得心中稍慰。直到有一天，王玉书主动与他见面，在幽静的殿中软声告知，她已经怀有身孕。她没有显得特别惊喜，只是有一种既清醒又沉着的坚定，她坦率地向李铮提出请求——希望他能帮自己假死出宫。她说这话时，眼中并无对皇权的畏惧，也不恨意，只是单纯地想保护腹中无辜的孩子，给自己和未出生的生命一条活路。谁料这一幕被静荷误以为是二人秘密幽会，甚至猜测孩子的父亲是否另有其人。消息辗转传韦贤妃耳中，她因心急如焚，根本没有耐心弄清胎儿的具体月数，也没有细问其中缘由，立即断定是王玉书引诱李铮，以腹胎儿要挟，意图攀附皇子、改变自身地。她全然忽略了一个更简单却至关重要的事实——王玉书只被皇帝临幸过一次，便怀上了属于皇帝的血脉。这个误判，成为此后所有悲剧的起点。
当错综复杂的真相逐渐被理清摊开，众人面前呈现的，已不再是一桩简单的意外或私情，而是一连串基于误会、恐惧与保的连锁悲剧。李佩仪在这场审理追问中，始终保持着清醒的克制，她明白一旦“谋害皇子”之名成立，韦贤妃不仅自身难逃重责，更会撼动整个朝局。韦贤妃固然罪责难辞，可在这座宫城里，任何罪名一旦过重，就会引发更多无辜者葬。于是，她在紧握证据与维护秩序之间，做出了一个折中的、甚至可以说是残忍而务实的选择——她主动编撰了一套更“安全”的故事版本：王玉书心不安于宫，屡屡向韦贤妃恳，愿以服用闭气丹假死离宫。韦贤妃碍于情分与怜悯，犹豫再三后答应帮她成全，却不料王玉书服药剂量把不当，终致身亡。这一说法既解释了闭丹的存在，又巧妙地把责任模糊化。至于胎儿身份，反正王玉书的尸身早已被毁，宫中再难查证，只能任由真相被尘封在烟火与礼仪之下。
案子至此，已不再仅是宫闱秘辛，而是牵扯到太多生死与良心的取舍。金阿好看清前因后果之后，萌生了一个决的念头。她辞去了教乐坊的职务，不再为宫中宴饮演奏，只为替王玉书实现生前未竟的心愿——把她所热爱的音乐、向往的自由，带更远的地方去。李佩仪得知此事，便将那张阮琴送到她手中。阮琴原是韦贤送给王玉书之物，如今被李佩仪转赠给金阿好，既是告慰亡者，也是为活人留下一份念想。既然韦贤妃已经找到了一个看似无懈可击的借口来遮掩罪责，那么就趁借这个借口，顺道保下金阿好的性命——她在此事中虽有参与，却更多是被裹挟与利用。如果所有真相都可以被改写，如果人命可以轻易牺牲与交易，那至少还应留下一点点不那么彻绝望的余地。尽管如此，对于这份“最终定论”，李佩仪心底仍是异常不满。她清楚地知道，自己亲手协助完成的是一场对历史与事实的修饰与妥协，它能换来一时的平静也证明在这宫墙之内，人命本就可以被随意践踏，而正义往往要让位于权衡利弊的算计。
事件之后，李对待这座府邸、对待过往的一切，都再恢复从前的平静。他不愿继续留在府中享受身为皇子的优渥生活，因为每一处熟悉的角落，都仿佛映照着王玉书香消玉殒的阴影。他对静荷的情意并非全然不知，早在许多细节中，他便察到这位宫女对自己怀有一份隐秘而克制的仰慕。然而在真相揭开后，所有感情仿佛都被时间和命运错位了——母亲以溺爱的名义，行的是操控与遮掩之实，结果亲断送了王玉书的性命；静荷自以为为了保护他而篡改药方，却间接推波助澜，使原本就偏离的局势更加失控；他自己则逃避与犹疑中，一次次错过挽回的机会如今静荷被“赏”到府上，按理说他可以随意差使，甚至享用她的一切忠心与奉献，但在他眼里，这份“赏赐”更像是一纸判决，让所有人都无法真正得到解脱。静荷跪哭求，希望他留下，也希望能以余生赎回那些被误解的心意。她哀痛欲绝，明知自己在这场悲剧中难辞其咎，却仍乞求一个重新的可能。李铮终究还是摇头，他不再奢谈情爱与未来，只沉声表示自己必须离开。离开这片被鲜血与谎言浸染的土地，也许远赴边塞，去荒凉之地看尽风沙，将这一切连同自己的悔恨都埋在无边戈壁之中。
韦贤妃在这场风波之后，不仅没有立刻遭到严惩，反而因表明意整治后宫、肃清风气，而暂时保住了颜面与地位。皇帝为示恩宠，仍时常召她一同进膳，似乎要以这种方式证明后宫安稳如昔。某日，皇帝与韦贤妃车经过漫水桥，桥下水光潋滟，按理说是极具诗意的地方，却在瞬息之间变成噩梦。原本安静栖息在附近树梢上的一群鸦不知为何突然惊起，如黑云般涌向车辇韦贤妃团团围住。尖锐的鸟啼声此起彼伏，宛如厉鬼嚎哭，一只接一只的乌鸦张狂扇翅，拼命啄向她的面部与颈间。侍从与宫人猝不及防，等到好不容易将乌鸦驱散，韦贤妃的脸已被啄得血肉模糊，皮肉翻卷，满是触目惊心的抓痕。此事惊动了宫中众人，议论纷纷。淑妃闻讯后并未立即下结论，而是命李佩仪彻查缘由。李佩仪从不相信单纯的“天谴”，她先询问韦贤妃当日所食之物与所穿服饰细节。宫女五仁回禀，那日韦贤妃事后嫌气异常，回府后立刻吩咐人将那身衣裳烧掉，不留丝毫痕迹。李佩仪顺藤摸瓜，来到浆洗房查问相关衣物的去向，恰见芳生正低头劳作，神情看似平静透着一种决绝的冷意。那一刻，她便明白了一切。
芳生与王玉书曾有一段深厚交情，她亲眼见证王书自宫门初入、到心愿破灭，再到香玉散的全过程。对于这样一个原本只想自由、却被宫墙层层束缚，最终惨死于阴谋中的人而言，任何口头的惋惜都显得苍白至极。芳生心中的恨意，在漫长压抑中逐渐凝成一股执拗的决心——她无法撼动皇权，也不能改变既成的事实，那么至少要让酿成这一切的凶手付出代价。她在韦贤妃的衣物饰品上动了手脚，引来乌鸦成群围攻对方在众目睽睽之下遭受面容尽毁的惩罚。与王玉书失去性命、孩儿连出生的机会都没有相比，韦贤妃的皮肉之苦根本不值一提。这是一种带着悲凉的报复弱者在无奈之下做出的唯一反击。李佩仪对芳生的做法并不赞同，却也无法真的生出责怪之心。她明白，在这样的宫廷里，法律与规往往保护的是权势者，而非真正无辜的人。考虑到此事若深挖下去，势必又是一场腥风血雨，她便决定草草结案，将真相埋在自己心中。淑妃本就无意继续追究，听了她汇报，也就顺水推舟将案子作罢。之后的安排，仿佛是命运对众人做出的冷漠判决：李铮被派往西北，镇守一片荒之地，从此远离繁华宫城；韦贤妃失后精神渐趋失常，时而癫笑、时而惊惶，终日在自己的回忆与幻影中沉沦；静荷心怀愧疚，最终以自戕谢罪，为自己无意之举导致的连环悲剧画上血色句点。至先前提及的赐婚一事，暂时被搁置不再提起。风波平息后，李佩仪依旧是皇帝最疼爱的县主，身份尊贵如旧，但心底对这座皇宫的理解，已经再也回不到前那般单纯。
在这一连串纠葛之后，李佩仪与萧怀瑾相约去燕子楼饮酒。燕楼里灯火摇曳，丝竹悠扬，与宫中礼乐相比更显自在不拘。酒过数巡，萧怀瑾提起数日前在萧府偷听到的一番对话，语气既带玩笑又隐含认真。李佩仪没有回，她坦率承认，那日自己确实说了不少伤人的狠话，其实是因为萧文渊先出口不逊，她一时气不过才顺势反击，却没料无形中又给萧怀瑾添了许多麻烦。她略带歉意却仍保持倔强，不愿轻易认输。萧怀瑾却淡淡一笑，说朋友之间本就该彼此牵扯、互相亏欠，若是一生都井水犯河水，倒像是素不相识的路人，怎么配称作“朋友”二字。这一番话令李佩仪心中微动，她抬眼望向台上，恰逢子楼的乐伎们正在合奏《千山渡》。同首曲子，曾在宫中大宴时被演奏过，无论技艺如何精湛，当时听来总觉得带着一股压抑的庄严。而此刻在燕子楼，曲声随酒气与笑语飘散，音符似乎远离墙，反而多了几分真切的韵味——仿佛只有在不必时时规避礼法、无需顾忌尊卑的场所里，音乐才能真正回归它本来的模样让她更深刻地意识到，宫外与宫内，看只隔一道城墙，却是截然不同的两重世界。
与此同时，皇宫之中依然灯火辉煌，歌舞升平，仿佛从未真正被那些暗流与血腥所撼动。大病初愈的丽渐渐恢复了往日的妩媚姿容，甚至比病前更显娇艳动人。她巧笑倩兮，与皇帝对于殿中，一同合奏曲目，仿佛要用这一曲琴音证明后宫安稳无虞，帝心依旧眷恋柔情。乐声婉转之际，宫人们屏息静候，一切看上去都像是一幅被精心描的太平画卷。直到丽妃忽然面色一白，指尖轻颤，下一瞬便当着众人的面口吐鲜血，溅落在瑰丽的衣襟与玉案之。殿内刹那间由欢声笑语转为大乱乐声戛然而止，宫人们慌忙上前扶拭。皇帝亲自命人将丽妃送回府邸诊治，御医们如临大敌，进出匆匆。没人知道这突如其来的变故，是病根未除，还是新轮漩涡的开端。宫墙依旧高耸，礼乐依然不绝，却在暗处涌动着新的波澜。前一段冤屈似乎刚刚落幕，下一场风或许又已悄然成形，在无数人尚来不察觉的时候，重新卷起命运的尘沙。
丽妃薨逝之日，本应香火缭绕的寝殿却寂静如寒潭。皇帝震怒又忧惧，亲点李佩仪入宫查明死因。宫中传言丽妃素来体弱，却能多年保持娇美容颜，如今骤然病发，不治身亡，难免让人怀疑另有隐情。宋御医因未能挽回丽妃性命，自觉失职，在金銮殿上连连叩首请罪。皇帝面色阴沉，命他协助李佩仪彻查此案，如若有半分隐瞒，必定从重究办。朝堂上下人人噤声，暗潮却在静默之中悄然翻涌。
李佩仪入丽妃寝殿查验，第一眼便觉怪异——偌大的殿中竟没有一盏点燃的灯烛，连残蜡都不见踪影。她问起随侍宫女，宫女战战兢兢地回禀，说丽妃素来极重容貌，认为油烟、烛烟易损肌肤，自入宫以来几乎不用蜡烛，夜间只在侧殿昏灯下小坐，大多早早就寝。李佩仪走到妆台前，见案上摆满各式脂粉瓶罐，粉膏色泽温润，气味清淡，配制极为考究，显然不是普通脂粉。宫女悄声道，这些都是丽妃精心调配的驻颜秘方，配方外人无从知晓。李佩仪心中一动，吩咐侍从五仁将各类脂粉、小瓶药膏一一小心收好，准备带回细查。
走到龙床前，帷帐仍留余香，却掩不住死亡的冷意。床侧放着一盏雕工精细的铜灯台，灯芯早已熄灭，灯罩却扣得密不透风。李佩仪伸手抚过灯台表面，察觉底座略有松动，便轻轻一掀，竟在暗格里发现一小包深色药丸，用油纸层层包裹。她蹙眉思索，照理宫中太医给嫔妃配药，多以汤剂为主，丸药虽也有，却需严格记录处方来源。这些药丸既无处方，也不经登记，自然可疑。她起一粒观之，药色温润，并无异味，却越发让人不安——若真掺了慢性毒药，外观往往难以辨别。她当即将药丸封存，命人送往太医院化验，不准旁人私自触碰。
当天，太医院中诸医聚拢，按规矩验看药材成分。化验结果很快呈上，不过是一方常见的补益之剂——逍遥丸，用于调理肝郁血虚、补充气血，配伍药材皆是寻常之物。负责检验的太医再三确认，药中并无剧毒成分。疑云未解，五仁却从另一头带回了新消息——据内侍悄悄透露，丽妃病发之前一周，有位名叫裴愈的女医工前来送过一批药物，自称是按丽妃嘱托特别调制。李佩仪闻言，立刻赶往太医署。
太医署内书卷药架鳞次栉比，一片药香之中夹杂着纸墨气。宋御医告知，裴愈因办事不谨，被罚在药库角落伏案抄写医书。李佩仪走近，只见裴愈衣着朴素，目光沉静，握笔之手因长久劳作有些发红，却不显惶恐。李佩仪问她，为何擅自给丽妃开药，按大晟朝规制，女医工只能代抓药、记方，未经许可不得私拟药方，更不可私自入宫送药。裴愈起初沉默，片刻后才坦言：自己曾随宋御医一起为丽妃诊治，对其体质颇为熟悉，又曾在丽妃汤药配方上略作调整，让她气色好转。丽妃觉得有效，便暗中让裴愈根据自身用药经验，调配一款用于驻颜、又能调理气血的药丸，这事原是她们二人之间的秘密。
裴愈说得详细，药丸配伍与太医院验出的逍遥丸成分相符，皆是补益之用，并无一味烈性毒物。她咬定自己绝没有害人之心，更不信此药会致命。李佩仪细看裴愈神色，虽有惧意，却无作伪之态。正踌躇间，裴愈忽然想起，几日前丽妃还曾当众夸赞过一瓶娘家郑夫人所送的人参丸，自那之后便开始每日服用。裴愈脸色一变，结结巴巴道，若是那人参丸中混入了黎芦一类药材，再与逍遥丸同服，极有可能在体内发生药性相冲，化生为毒。黎芦本非寻常医家会用之物，但一旦错用，与补益药搭配，轻则伤身，重则致命。
案情有了新的方向，李佩仪连夜与宋御医一起，将推断呈报于皇帝。她陈述得条理清晰：丽妃之死，源于多方疏漏——宫中对外来药物缺乏严格查验，太医署对医工行为监管不严，又无专人核对药物相互之间的禁忌。虽有失职，却难以判定其中必有谋害意图。皇帝在震怒过后，终究也明白丽妃之死更像一场意外的悲剧。念及宋御医多年为宫中诊治有功，只罚其三个月俸禄，以儆效尤，而裴愈则交由宋御医按署中规矩处置。宣旨完毕，众臣退散，金銮殿内只余回声在高墙间回荡。
离殿之后，李佩仪看出宋御医在奏对时刻意为裴愈说话，言辞间处处为她开脱。她终于忍不住在御道旁停步，开口追问缘由。宋御医沉默良久，才轻声道出往事：多年前，他外出采药时在山间遇到因疫病流离的孤女，家人俱亡，只剩她一人抱着一小包药草蜷缩在破庙里。那女孩便是裴愈。她自幼跟药农父亲识药辨草，对药性异乎寻常敏锐。宋御医将她带回太医署，名义上为学徒，实际上待如半个女儿。裴愈在药材炮制、配伍上屡有独到之处，曾多次在用药之时为宋御医指出疏漏救过病人性命。这次丽妃之事，他固然有监管不严之责，却更不忍看这个曾经救人无数的孩子被当成替罪羔羊。
几日后，太医署里人声稍歇，李佩仪特意前来寻裴愈，想借此案之机系统学习药理，以备日后查案之用。药库内药柜林立，抽屉上标着密密麻麻的药名。两人正对照药材辨认药性时，宋御医带着医监黄御医进来抓药。黄御医递上一张处方，说近日宫中多起风寒时疫，许多宫人咳嗽发热不退，他拟了数方药，想多备些桂枝汤，给轻症病患服用以祛风散寒。裴愈接过处方，扫了一眼药味，随即抬头问道：这些病人的症状是否完全相同？有高热不退、咽喉肿痛、倦怠乏力等表现？她提醒道，即使都是“风寒”，也未必都适用桂枝汤，体质不同，病机也会不同，若误用，轻则不效，重则反复缠。
黄御医面色一沉，显然对一个医工质疑自己的用药极为不快。他冷冷道，自己行医多年，自有分寸，让裴愈管依方抓药，莫要逾矩多言。说罢处方往桌上一放，拂袖而去。宋御医原想在旁调和，却见二人都固执，各执一词，只得暂且不表态。出了太医署，黄御医与同僚小声嘀咕，说裴愈名声已污害死丽妃却还敢在药案上指手画脚，多亏宋御医卖力相救，才捡回一条性命，否则早成尸首。话虽压低，却仍被路过的李佩仪听得清清楚楚。
她最看不惯这种背后嚼舌的人，当即拦在两人前方，语气平静却毫不客气地道：若真有证据证明裴愈害死丽妃，可以直接向她这个负责查的人举报，宫中自有律法裁断；若只是捕风捉影的流言，便不要拿别人的性命当谈资。黄御医自知理亏，又不敢得罪这位皇帝倚重的女官，只得连声赔笑作揖退。此事过后，太医署内虽仍暗流汹涌，却无人再当面提起裴愈“害妃”的闲话。
裴愈闻知此事，中感激，便亲手缝制了一枚药香囊送李佩仪。香囊外表朴素，绣工却很细致，内中装的并非寻常香料，而是少量辛温解表、清气化浊的中药，如薄荷、苍术、藿香等。裴愈解释说，近日宫所谓“风寒”病症来得古怪，她怀疑并非单纯受凉，而更像季节交替时蔓延的一种时疾，传染极快，症状相似却不相同。若常佩此香囊，虽不能真正防疫可稍清头目、驱散湿浊，聊胜于无。李佩仪将香囊系在腰间，心中对这位女医工的谨慎与用心更添几分好感。
不出所料，数日之后宫中时疾便以肉眼可见的速度蔓延开来。起初只是几名内侍、宫女咳嗽发热，各处殿阁接连有人病倒。掖庭局被临时改成诊治病患的偏殿，每日需向患病宫人发放药物和食物，医署与内廷忙得几乎人仰马翻。就在这个风声鹤唳的刻，负责配发药物的内侍丞却突然离奇失踪。有人说他畏病潜逃，有人说他私吞药物被人抓住把柄，种种传言在惊中迅速扩散。
消息传到佩仪耳中，她立刻与萧怀瑾一道赶往内侍丞的住处查探。房门半掩，屋内昏暗，桌上的茶盏还残留着未饮尽的茶水，仿佛主人只是暂时离开。床边却整齐着一双靴子，鞋口朝外，像是仓促间来不及穿上便离开了。李佩仪心中一凛，这种迹象常出现在夜半有人急召之。萧怀瑾仔细查看四角，眼光最终落在柜。他轻推柜门，只见一具僵硬的尸体倒在柜内，面色青白，头顶血迹斑斑——正是那失踪的内侍丞。
尸体头部有一道明显破口，血迹从伤流下，染红了衣领和地板。李佩仪环顾四周，很快注意到桌上的铁制茶壶握柄处也沾着未干的血痕，壶身略有凹。她推断，凶手应是与内侍丞发生争，情急之下抄起茶壶，重重砸向其头部，当场致命。时值偏殿内病患众多，药物紧缺，内侍丞身兼分配之权，极易与人结怨。她猜想，凶手极可能偏殿诸多病患之中。李佩仪原本打算亲自逐一盘问，却被萧怀瑾拦住，担心她出入病患聚集之地，极易感染时，两人你来我往争执几句，最终还是决定一前往，以便彼此照应。
偏殿之内，十数位病患或卧或坐，咳声此起彼伏，空气中弥漫着药味和病气。李佩仪原准备先核对名单，再逐个问询没想到话还未说完，殿内便有数人忍不住站起，抢着承认是自己杀了内侍丞。有人说内侍丞克扣药物，有人说他偏偏向近侍，自己久求药不与，怨气积难平。众口一开，几乎人人都能说出一段受其苛待的经历，仿佛每个人都怀有杀意，又都愿意把自己当成这个“凶手”。一时之间，真凶反在层层“主动认罪”中淹没。
情形一度陷入混乱，李佩仪只好先退到殿外，与萧怀瑾商量对策。正说话间，一名形容枯的老病患蹒跚着跟出来，自称姓柴，人都喊他“老柴”。他咳嗽着行礼，一开口便说：杀死内侍丞的人就是自己。原来，自从感染时疾被送入偏殿，起初药食尚算按时发放，随着病患人数增多，内侍愈发畏惧染病，便逐渐减少出入病房的次数，由原本一日数次缩减为勉强一日一次，时常隔日才发，许多病人因得不到及时医治与食物，病情加重甚至殒命。老柴身无亲友，靠这点施舍苟延残喘，几次饿得眼前发黑。
那日夜深，老柴在挨不住饥饿，心想内侍丞房中定还有些吃食或干粮，便悄悄摸了过去，想趁人熟睡时翻找一点果腹，不料却惊醒了内侍丞对方怒声喝斥，威胁要立刻唤来守卫，以偷盗罪论处。老柴又饿又怕，慌乱之中随手抓起床头的铁茶壶，朝对方头上砸去，只求把人砸晕，自己好逃房去，却不曾想一击之下，血流如注，内侍丞当场倒地，再无气息。他看着地上的尸身，吓得腿软，只能仓皇将其拖衣柜，勉强关上门，自己再混回偏殿装作什么都没发生。
说到这里，老柴咳得几乎说不出话来。他知道自己命不久矣，这场误杀终究是他的罪过，不愿让其他无辜病患替他担责。李佩仪看眼前这个骨瘦如柴、双眼浑浊的老人，心中难言复杂：他确实错手杀人，却也的确被逼到绝境，既是加害者，也是制度与疫裹挟下的牺牲者。她最终决定将他自殿中单独隔离出来，安排在一间清净的空屋里，既防止他在临终前被情绪激动的病人围攻，也给他留下最后一点体面。
老柴知道自己的身体撑不了多久，只求件事——请李佩仪将不用的炭盆、被褥尽量送往偏殿，让那些还活着的人在夜里不要冻得太难过。那晚，他咳嗽愈发剧烈，寒热交替，最后一次床上翻身时吃力不支，重重摔到地上，气息断绝。偏殿中无人再见到他，只在清晨传来一个生命悄无声息离去的消息。
几天后，时疾愈演愈，竟连深居宫中的小皇子也未能幸免，开始发热、咳嗽，连御医轮番诊治也不见明显好转。皇帝这才真正意识到，此病非寻常风寒，已经蔓延到无法只靠太医例方压制的地步。朝堂之上，他面色铁青，却又无计可施。李佩仪见状，斗胆进言：此时与其固守旧方，不如广开言路，从民间、军中乃至各地医者使用的验方中收集方剂，再由御医逐一筛查可行性，择善而用，也许能在乱局中寻得一线生机。皇帝明知这种做法颇有“病急乱投医”之嫌，却也别无他法，只得下旨，命各处呈报能治此类时疾的药方，交由御医会同太医署定。至此，一场关系到整个皇城安危、也考验着人性与医者良心的大局，才刚刚真正开始。
太医院内药香缭绕，宫门却被沉重的阴云笼罩。时疾肆虐已有时日，小皇子高烧不退，群医束手，唯有新近被允试药方的裴愈敢于开出一剂与众不同的方子。他细细诊过试药宫人刘甲的脉象，谨慎斟酌每一味药材，自信这副药方虽猛却不致命，足以为小皇子探明生机。药汤入口，刘甲初时只觉胸腹微热，尚能自行行走，裴愈亦暗自松了一口气，岂料不过数个时辰，刘甲忽然腹痛如绞，口吐黑血，竟在众目睽睽之下气绝当场。刘御医原本就对裴愈颇多不满，见状幸灾乐祸，当庭冷笑讥讽，指责他根本无意救治小皇子，只是借机逞能。郭内侍性子焦躁，眼见试药宫人一命呜呼，再顾不得多问，怒令内侍将裴愈押送内谒局听审。裴愈被带走前仍反复强调药方断无性命之虞，坚称另有隐情，可刘甲尸身却已被迅速送往火房焚烧，连解剖验看一线机会都被抹去，他只能咬紧牙关，将希望寄托在尚存的蛛丝马迹上。意识到唯一可能留下药性痕迹的，便是刘甲生前用过的碗筷与药盏，他只得前往求助最信得过的人——内谒局女官李佩仪，请她想办法在禁令森严之下，将那套碗筷设法寻回，以待日后查验。
此时，宫城另一隅的内谒局却同样暗流涌动。萧怀瑾因公入宫，与内谒局有事商议，天色尚未全黑，便被告知李佩仪“身子不适，已早早安歇”。他心下微疑，亲自走到她房门前轻声唤门，却不见回应，只隐约听到里头传来一阵接一阵压抑不住的咳嗽声，干涩而急促，显然已经被时疾染上。他再也按捺不住，敲门之声渐急，言语间难掩焦虑。房中李佩仪强撑着从床上起身，披衣下床，脚步虚浮，刚走到门边便眼前一黑，身子一软，整个人向前栽去，被门外守候的萧怀瑾一把接个正着。她脸色惨白，唇无血色，呼吸间尽是病气，倒在他怀中的一瞬，空气仿佛凝固，二人皆愣住。回过神来后，一丝尴尬才姗姗而来，李佩仪急忙挣开，扶着门框喘气，踉跄着退回房内，隔着木门与他相对无言。
门板之间隔开了礼数，却隔不开忧虑与牵挂。李佩仪靠在门后，气息尚未平稳，仍勉力言笑，轻描淡写地将自身病情一笔带过，却开始为身后之人筹谋后路。她语气平静，却字字如诀别，叮嘱萧怀瑾若自己终究挺不过这场时疾，务必要替她为杜知行养老送终，那是她欠下的情、担下的责，不容有失。她又提起跟随自己多年的侍女五仁，说这丫头性情耿直，吃苦耐劳，早就看出她对顾凌舟情意暗生，只是身份局限，难以启齿。若自己真有不测，望萧怀瑾代她做个主，将五仁许配给顾凌舟，算是成全二人，也了却自己的挂心。门外的萧怀瑾听在耳中，心里发紧，明白她这是把身后之事一一托付，将来路看得比自己性命还重。他不愿接受这样的预设，更不愿承认她病情严重到需要交代后事，索性打断她的安排，只道不许再说这种话，然后转身快步离去。
他一路赶到掖庭局，想为她再求一线生机。可时疾暴发以来，掖庭局诸御医皆被召往各处诊治，宫中人手严重不足，只剩些宫人照例值守。萧怀瑾求药求诊，宫人们却只能按规矩，翻出几包陈年的柴胡给他，说是用于退烧止咳，聊胜于无。他明知这点药根本不算对症，仍是接了下来，匆匆赶回内谒局，将药包整整齐齐放在李佩仪房门前，连敲门都不敢，唯恐打扰她休息。夜风渐起，院中一派冷静寂寥，他独自走到院中阴影处，铺开粗糙的竹席，用自己并不擅长的卦法占卜，问李佩仪今夜凶吉。平日里自诩理性，最不信这些虚无之事的他，此刻却一遍遍重新起卦，只盼结果能稍吉兆。屋内的李佩仪听着门外动静，等了许久见没人敲门，才轻手轻脚拉开门缝，瞧见门前那包草药，又见院中灯影下萧怀瑾盘膝而坐，眉心紧锁正草草摆弄着铜钱与蓍草。她心中忽地一暖，原来这个向来不屑神怪之人的倔强理性，也会为了她的安危，在黑夜里成笨拙的迷信。
接下几日，宫城内外仍被时疾笼罩，可内谒局的小院却成了另一场较量的战场。裴愈每日按时前来为李佩仪把脉，诊视她病势起伏，再据脉象加减药方。他明知之前刘甲之死已令自己置身风口浪尖，却仍坚持以同一原方为基，稍作权衡调剂，用以印证药性。为了彻底洗清嫌疑，李佩仪没有丝毫缩，主动同意“以身试药”，每一剂药都由她亲自服下。裴愈立于床侧，看着她喝下一碗又一碗苦药，指尖按在她脉上时，比以往任何时候都要专注，每晚都随警惕她可能出现的任何不良反应。这种近乎拿命做赌注的尝试持续了数日，病势却在药力的循序推进下稳中有转：高热退，咳嗽缓和，神志也清朗起来。等她终于能下床行走、面色红润时，裴愈知道，这副药方并非凶药，刘甲之死必有另因。
而这几日里，萧怀瑾几乎没在内谒局出现。他一早便宫，奔走于市井与宫外医坊之间，调查刘甲往日病史，走访与刘甲相熟的杂役和旧识，甚至翻阅旧籍，只为寻找那段命的因果。待到李佩仪完全康复，众方携手进宫面圣，将前后原委一一道出。李佩仪坦然立于殿中，向皇帝说明：她所服之药与刘甲试用时的药方完全一致，剂量无异，她如今完好无损，可见药方本身并无致命之处。随后，裴愈与萧怀瑾被召入殿中对。萧怀瑾呈上自己多日来的调查结果：刘甲早年便患有严重胃疾，此番被选为试药者时，竟无人提前申报此病史；裴愈当时诊脉，也在短时间内察觉他的胃脉虚弱，但因药制度规定只能用一名试药者，且时疾紧迫，不容拖延，他只能在权衡之下依旧开药。刘甲胃气本就衰竭，再承受烈性药，自然远比常人更难承受，最终药效反，导致悲剧。
这一番说辞虽然不能完全抹消刘甲之死的阴影，却足以证明药方并非单纯的“毒药”。皇帝深思片刻，终究以皇嗣性命为重，决定依旧此方救治小皇子。御前决断落定，小皇子随即开始服药，病情也在数日后逐渐见好。李佩仪在殿外候命之时，心中既庆幸自己康复，也有余悸地回想那几日以身试药的惊险。她暗暗感激萧怀瑾那夜里焦急到去占卜的愚举，也叮嘱他从此务必心，不要再贸然与病患近身相处，以免被传染。萧怀瑾却无暇多作感怀，他顺着刘甲死因的线索继续深查，逐渐发现试药名单背后另有推手——刘甲正是被黄医选定的试药宫人，而这位黄御医，对愈早就积怨已久。
太医署中，裴愈因诊治高明、屡出奇效，在众多御医间声名鹊起，甚至被人传得近乎“神医”，锋芒盖过许多资历更的医者。黄御医对此颇为不平，表面上仍与他保持同僚礼数，内心却对这位后辈忌恨非常。萧怀瑾入署当面质问何在众多试药宫人中偏偏选中了身患疾的刘甲，黄御医却轻描淡写地以“抽签抓阄”搪塞，说是依规随机选定，毫无私心。他语气笃定，似无破绽，谁料萧怀瑾早有准备，当场取出一张当日签所用的纸条，浸入钒石水中。随着药水浸润，纸面上竟缓缓浮现出暗藏的字迹，昭示着“刘甲”之名早已被预先写定。黄御医却仍咬死不承认，更辩称纸条被人动过手脚，自己不过是受人蒙蔽。更要命的是，刘甲尸体早已焚毁，连重新验尸的可能都全数断绝，线索到此戛止，众人一时也无法拿出决定性的证据。
就在众人焦头烂额之时，太医署又爆出骇人惨案。裴愈前往署中寻访自己师父宋御医，准备请教几味材的配伍，推门而入，却看见师父整个人趴在桌前的脸盆上，头颅浸没在药汤之中，一动不动。盆中药液仍有余，屋内却寂静无声。裴愈大惊失色冲上前去将宋御医扶起，只见他脸色泛白，双眼紧闭，早已失去气息。闻讯而来的李佩仪和萧怀瑾立刻赶到，查看现场情况。裴愈强压悲痛，解释宋御医素有眼疾，每晚睡前都习惯用药汤熏蒸双眼，以缓解疼痛，他也曾帮忙调配熏蒸所用的药方。盆中药物成分与往日无异，按理说断不会致命，宋御医的死来得太突然，且姿势诡异，令人生疑。
萧怀瑾将裴愈单独叫到院中，问他最后一次见师父的时间与情形。裴愈回忆，那是前一晚戌时初刻，他和宋御医在房中随意闲聊，提及最近为时疾调整方剂之事，期间虽然有意见不合，却不至于大吵。正说着话，外头有人来唤宋御医，说有要事相商，宋御医便起身出门。他当时并未在意，只以为是太医署中例行事务，没想到竟成了人最后一次相见。尸身送往仵作处检验后，仵作复验宋御医全身，发现他眼部充血明显，推断是因长时间劳累，再加上疾未愈，导致卒中突然发作，昏厥后跌盆中溺亡，并未发现他杀痕迹。这个结论让案情瞬间变得扑朔迷离。
黄御医却在此刻跳出来添火。仵作刚作出判断，他便急忙赶到现场，声称昨曾听见宋御医与裴愈在屋中争执不休，怀疑两人因药方一事起冲突，暗示裴愈极有可能为了维护自己名声，干预了御医的药物，甚至害死恩师。裴愈听愤然否认，说自己与师父日常虽多辩论，甚至时常拌嘴，但那不过是医者求证之常事，他绝不可能为了区药方置师父性命于不顾。此时，小皇子的病势已经明显好转，苏婕妤心怀感激，在殿前为裴愈请功。出人意料的是，黄御医也在御前主动替裴愈美言，说他医术众，应当重赏，仿佛一夜之间与那嫉恨早已烟消云散。只是待回到太医署，他立刻与刘御医躲在偏房里窃窃私语，辞阴冷，提起裴愈时满是讥讽：“就他再得意半个月，到时候有他哭的时候。”偏巧裴愈此刻正隔壁抄录方剂，耳力又好，将这番话逐字收入耳中，心中愈发觉得事情不对劲。
第二日清晨，波再起。黄御医慌张地闯入内谒局，面色惨白、步履踉跄，指名道姓地控诉裴愈要害死他。他说自己一早醒来刚下床就发现枕边放着一只血淋淋的头老鼠，吓得魂飞魄散，认定这是裴愈在暗中警告，若他不闭嘴，就要步刘甲与宋御医后尘。李佩仪和萧怀瑾闻讯赶去，仔细查看那只死老鼠的尸体迹，发现其颈部伤口参差不齐，更像是被黄鼠狼一口咬断，而非人力刻意切割，只是尸体被摆放在床边，才显得格骇人。更耐人寻味的是，黄御医在慌之中口不择言，说漏了“是自己害死刘甲”的话，仿佛心中有鬼。待被带去内谒局对峙，再被质问时，他又立刻翻口，否认曾过此言，让人捉摸不透他的真实立场。不久之后，黄御医前脚刚离开内谒局，后脚就有人传来噩耗——他倒在路旁，当场身亡。
出事地点在尚衣局附近值守内侍夏十三恰巧推着小车经过，远远看见有人倒地不起，近前一探才发现竟是黄御医，吓得当场大喊出了人命。李仪和萧怀瑾再次火速赶赴现场，此时黄御已然断气，脸上仍带着惊骇未散的表情。两人细查周围，询问尚衣局内侍有无目击者，结果只得一片茫然。太医署的两名医工自称一整天都在附近活，搬运药箱与器具，却均表示未曾看到可疑人影或听到任何异样响动。李佩仪抬头望向屋顶，发现上方有一只犁耙意横放，旁边堆着几块沉重的磨盘。根据现场痕迹推断，极有可能是有人利用犁耙为杠杆，撬动磨盘，使之从高处坠落，砸中路过的黄御医，造成致命一击，然后再偷偷收拾现场，将犁耙随手一搁，伪装意外。机关简单却阴毒，显然不是一时冲动之举。
噩耗传回太医署，刘御医仿佛受到了巨大惊吓，慌慌张闯进众人视线，高声指控裴愈，“他早要害死所有人！”众人一时哗然。李佩仪冷静追问缘由，刘御医这才道出另一层隐情：自从小皇子病情好转，皇帝龙颜大悦，黄御医为了讨好裴愈，也在圣前多立些功劳，当着满朝文武的面夸下海口——声称裴愈只需半个月，便能彻底攻克这场时疾。此言一出，同替裴愈立下军令状，若到期无法完成届时问罪之时，裴愈必将成众矢之的。而刘御医笃定，目前药方效果有限，只能救治皇子皇妃等要紧之人，距离“攻克时疾”尚远，黄御医这番邀功，几乎将裴愈架在火上烤。
在这样的压力之下，裴愈被允许大规模开方用药，在皇族中试用后成效确实显著，小皇子渐康复，后宫几位皇妃、嫔御的病亦有所缓解。只是这份“恩典”并未延及底层宫人。用于治疗时疾的药材皆为珍贵之物，药引复杂、采集艰难，库存远不够支撑普及全宫。那些倒在偏殿与冷中的小宫女、内侍和粗使之人依旧因为得不到救治而一个接一个死去，每日送往火房的尸体从未间断。裴愈对此深感愧疚尝试在有限时间里翻阅古籍，想从较为的药材中寻找替代，研制一味既能压制时疾又不至于成本高昂的新方，可太医署内外纷扰不断，质疑与暗算接踵而至，他被一次又一次卷入调查和问罪之中，连静心来研药抄方的时间都被挤压得所剩无几。时疾仍在肆虐，宫中众人的命运，也在一场场看似偶然、却疑点重重死亡之中，被一只无形的手越搅越乱。
黄昏时分，太医院的药材备署处弥漫着药草与血腥交织的气味。李佩仪与萧怀瑾并肩而立，正对着夏十三冷静而逼问。他们把一路查访得来的推理，逐字逐句说给夏十三听——黄御医之死，并非意外，而是一场蓄谋已久的谋杀。按照他们的推断，那天夏十三推着载满药材的木车，特意走在药署门口最中间的路线上，逼得迎面而来的黄御医不得不避到靠墙一侧。墙檐下方悬着磨盘，原本用粗麻绳牢牢固定，却在那一瞬松脱坠落，将黄御医砸个正着。若非有人暗中操控，怎会如此巧合？他们怀疑，夏十三借推车晃动作掩护，事先动过麻绳的手脚，让磨盘恰在黄御医经过时坠落，杀人于无形。案发之后，夏十三却装出一副茫然无知的样子，既不惊惶也不慌乱，更没有表现出对“意外”事故应有的错愕，只在被问及与裴愈是否同乡时，淡淡承认自己也来自万州，却刻意强调二人几乎从未打过交道。
李佩仪与萧怀瑾对视一眼，心中都有了几分判断——在所有嫌疑人中，夏十三嫌疑最大。早前他们曾在药材备署见过夏十三切肉，那一块块油腻腥臭的兽肉被他剁得飞快，可他宽大的衣袖却干净得近乎刻意，连一点血点、油渍都未曾染上。这样的干净利落，不像是一个整日做粗活的普通药工，倒像是经常与血肉打交道，却懂得如何将痕迹掩藏得一干二净的利手。偏偏所有推断都只是合乎逻辑的猜测，并无一条能拿得出手的实证。就在他们尚无法给出定论时，黄御医的尸体已经被抬往停尸房。谁也没想到，真正令人胆寒的，不是砸死人的磨盘，而是随后发生在停尸房的一场“续命”之举。
停尸房阴气沉重，白布覆盖的一具具尸体整齐列放。负责看守的杂役原本只是例行检查，却在揭开黄御医尸布的一刻，几乎吓得魂飞魄散——原本仅是头部和胸口重伤的尸体，此刻竟被人从腹部开膛破肚，肠胃尽数外露，切口整齐，内脏摆放干净，就像被人当作解剖教材一般。杂役跌坐在地，双手发抖，结结巴巴地报了警。李佩仪与萧怀瑾闻讯赶到，面对这具被“再度加工”的尸体，神色尽皆冷沉。李佩仪伏身观察，发现刀口平整，深浅均匀，毫无迟疑错乱之迹，分明是出自一个对人体结构极为熟悉、且手法极为娴熟的医者之手。这样的人，在宫中并不多见。萧怀瑾立即下令，封锁停尸房，并调派更多侍卫换班巡守，以防尸体被人再度动手脚。而李佩仪却持不同意见，她认为尸体如今既已成为凶手的目标，就意味着尸体上还藏着不为人知的秘密，与其任其再遭亵渎，不如尽快按照礼制火化，让证据随火焚尽，也许反而能逼得凶手改变行事方式，露出新的破绽。
夜深时分，宫城寂静，只余远处更鼓声回响在重重宫墙之间。李佩仪翻来覆去睡不着，黄御医惨死、停尸房解剖一幕在脑海中反复浮现，那些精确到近乎冷酷的刀口，令她下意识地想起了某些人——太医署里，谁有这样的本事？谁又有这样的胆量？萧怀瑾叩门而入，见她眉间愁色未散，便干脆开门见山，问她是否已经开始怀疑裴愈。裴愈与夏十三同为万州人士，这一点在案发前似乎并不显眼，而在一连串诡异事件的映照下，却突然变得格外刺目：黄御医死，尸体遭解剖，嫌疑最大的夏十三又与裴愈同乡，夏十三本身更对解剖并不陌生。李佩仪想起自己对裴愈一向信任，如今却不得不把这份信任摆上案桌，任由理性横刀切割，心中难免五味杂陈。两人站到廊下，一同仰望宫墙上空的明月，谈案情，也谈人心，在重压之下偷得片刻难得的宁静。月色如水，却掩不住潜伏在夜色中愈发浓重的阴影。
翌日清晨，案情并未有任何缓和迹象。为查清万州背景，萧怀瑾与李佩仪商议后，当即决定派出五仁顾凌舟前往万州暗访。顾凌舟深谙打探之道，行前只带了少量随从，轻车简从避人耳目。抵达万州后，他从医馆、药铺一路打听，不断追溯裴愈入宫前的经历，最终在城郊找到了一处名为“仁济堂”的慈善医坊。那是穷苦百姓看病抓药的地方，也是昔年裴愈学医的起点。仁济堂的老医师一提到裴愈，竟是赞不绝口，说他少年时便医术出众、性情温厚，是慈善堂引以为荣的门生。更有甚者，堂内正厅墙上挂着一幅画像，上头绘着一名眉目清朗的男子，神情温润，落款赫然写着“裴愈”二字。这幅画，与宫中众人所熟悉的那位女太医裴愈，形成了近乎荒谬的对照。
老医师回忆起往事，语气中满是怀念。他说，裴愈自小便有医者慧根，诊脉辨症远胜同龄人。但更让他印象深刻的，并非裴愈本人，而是他曾带来的一名女娃。那女娃年纪不大，当年被裴愈从外头领回，衣衫单薄，眼神却明亮倔强。仁济堂历来不收女徒，可看她境遇可怜，老医师一时心软便破例留下。谁知这女娃与其他学徒截然不同，她对针线、家务毫无兴趣，却对血肉骨骼有着近乎痴迷的好奇心。她常趁人不备，在角落里解剖死鸟、野兽尸体，甚至偷偷观察尸体腐烂的过程，小学徒们被吓得连连躲避，长久下来，众人心生厌恶，只能劝她离开慈善堂。那之后，女娃不得不另寻栖身之所，但裴愈始终惦记着她，经常从慈善堂偷带些药材、干粮送去。直到某日，裴愈被选入宫中进太医署，双方从此音讯渐少。老医师说，裴愈多年未来信，最近突然有信从京城寄回万州，他才知这个曾经的少年弟子，在深宫中恐怕并不好过。
与此同时，宫城之中，恐惧正在蔓延。停尸房又接连传来噩耗：不止黄御医一人，陆续有几具尸体被人开膛破肚，同样刀口干净利落，内脏摆放仿佛一场精心设计的实验。尸体身份各异，却都有一个共同点——生前或多或少与太医署、内侍系统有过接触。阴谋之网似乎逐渐收紧，却又看不清中心所在。李佩仪已经无法再将此视作单纯的“尸体亵渎”案，她直接找到裴愈，当面质问。裴愈面对她的质疑，眼中闪过一瞬复杂情绪，很快便恢复了平日疏离克制的模样，只淡淡地说，自己一向只救人，不害人。她的语气礼貌，却透着一层生疏，仿佛刻意与李佩仪拉开距离，这种微妙的转变让李佩仪心中更添不安。她与萧怀瑾提起此事，两人尚在分析裴愈转变背后的含义，就收到来自万州的急报——顾凌舟的回信。
信中所述令两人大为震动：仁济堂中被视为“荣誉弟子”的裴愈，明明是个男子，画像为证，众口同声。而宫中太医署的入宫档案却清清楚楚写着“女子”，并且所有验身记录、身份审查，皆确认她以“女身”入宫。这种前后矛盾，已经不能用简单的记载差错来解释。裴愈究竟是谁？真正的裴愈，又在何处？为了进一步查证，他们悄然前往夏十三的住处。屋内陈设简陋，却意外整洁。床头几本翻得极勤的医书摊在一侧，书页边角因频繁翻阅而发黄卷曲，显然主人对医学有不俗兴趣。床下更藏着两把锋利匕首，刀锋微带干涸血痕，刀鞘却擦拭得一尘不染。李佩仪尚来不及细，便有内侍气喘吁吁地赶来通报——夏十三被人发现死于尚衣局，死状凄惨。
尚衣局中血光四溅，空气中弥漫刺鼻铁锈味。李佩仪与萧怀瑾匆忙赶到时，裴愈已先一步抵达现场。她双手染血，正俯身于夏十三的尸体之上，腹部被整齐切开，五脏六腑清晰可见。裴愈神情专注，仿佛置身的是医馆解剖台而非命案现场，她用指尖沾着夏十三的血，在一旁白帛上书写着什么。那是一份条理分明的记录：死者脏器受损情况、刀口方向与力道判断、死前可能受到的外力冲击……每一行字都工整凌厉，血液在纸上逐渐干涸，化作赤褐色的痕迹。裴愈写完，将那一页血书递给李佩仪，声音疲惫却平稳，嘱咐她将这份解剖记录交给太医署，作为对夏十三之死的说明与交代。话音未落，她便因连日操劳、体力透支，眼前一黑，当场晕倒。再次醒来时，冷硬的牢门取代了太医署的药架，她已被关进了大牢，成了众口指指的“凶手”。
在狱中，裴愈不再闪躲，她平静地承认，真正的“裴愈”并非自己，而是夏十三。她自称本名阿萤，是一个罪孽深重之人，内侍丞与黄御医皆死于自己之手。这一番自白听起来完美呼应了种种疑点，却也过于顺理成章，反倒让李佩仪心生警惕。如果阿萤真是怀着对裴愈的怨恨才入宫报复，为何要潜伏三年之久才动手？更何况，仵作复验夏十三尸体后发现，其腹部伤口由左向右、由浅入深，角度与力道都极像自我了结而非他杀。伤口边缘没有明显挣扎留下的反抗伤，与阿萤“行凶杀人”的供词大相径庭。种种迹象更像是夏十三自尽身亡，而阿萤仅是事后对尸体解剖，再次将真相埋入更深处。
为厘清真伪，萧怀瑾亲自前往尚衣局复勘现场。他仔细观察血迹飞溅的方向与停留位置，发现血迹主要集中于尸体周围，溅射轨迹呈半弧形，正好被一旁站立之人挡去一部分。若是凶手从正面刺杀，再行开膛之举，血迹不应如此集中；相反，这更符合死者自行割开腹部后倒地，旁人立于一侧进行“补刀式”解剖的情形。也就是说，夏十三极可能是自杀，而阿萤的行为，更像是在利用这具尸体完成某种故意为之的“解剖”。顺藤摸瓜，萧怀瑾又赶往太医署查阅出宫记录。另一名医工赵玉笛向他坦言，阿萤每隔十日左右便获准出宫一次，专往苏婕妤宫中诊视调理，每次她去，几乎都能遇见裴愈。两人表面谈论药理，实际上却常以药方为暗号互通消息。一张药方之中，某味药的增减、煎煮方式的微调，都可能暗藏他们不为人知的约定与谋划。
掌握这些线索后，李佩仪决定亲自提审阿萤。牢房阴冷潮湿，阿萤却坐得笔直，目光如炬。当李佩仪将一只从遗物中搜出的旧药囊放在她面前时，阿萤眼神微微一颤，这一瞬间的破绽胜过千言万语。药囊做工粗糙，却被人反复缝补，显然被珍重多年。沉默片刻后，阿萤终于开口，讲述埋藏在记忆中的过往。她说自己原本只是一个无名无姓的孤儿，被山村中的药婆婆捡回，从小跟着上山采药、熬煎汤剂。一次偶然的采药途中，她遇见了年少的裴愈。两人一来二去熟悉起来，阿萤发现，裴愈虽然出身清苦，却有一颗真正愿意救人的心；而裴愈则惊讶于她对人体构造的敏锐，甚至比自己更痴迷于那些血肉骨骼的奥秘。阿萤常带裴愈去看她“处理”的各种动物尸体，两人从伤口走向中推断生前遭遇，从骨骼形态推测生活习惯，这些在旁人眼中可怖的嗜好，对他们而言却是一种追求真相的途径。
后来，裴愈设法把阿萤带进慈善堂，希望她也能名正言顺地学医。可慈善堂终归是传统之地，女娃留在其中处处不便，她的性格又桀骜难驯，很快便与同门格格不入。再加上阿萤时不时闹出“解剖实验”，连老医师都难以承受舆论压力，只能劝她离开。阿萤被迫再次漂泊，裴愈却没有放弃她，仍然偷偷从慈善堂带药草、带书本给她，替她问诊，替她向人打探医术秘方。直至某日，一张药方改变了两人的命运。那是一剂配伍巧妙的方子，被路过的宋御医注意到。宋御医品评药方时看出了其中的不凡，开口赞赏，阿萤却没有承认这方子出自自己之手，只希望宋御医能记住一个名字——裴愈。她真心认为，裴愈才是更适合走上正途、入宫深造的人。
谁知裴愈却执意把机会让给她。面对宋御医的赏识，他不但一五一十说出药方真正的原主，还甚至以死相逼，坚持要求宋御医收阿萤为徒，带她入宫。宋御医被裴愈的真诚打动，最终决定破格带阿萤进宫，以“医工”身份在太医署借住研习。刚入宫时，阿萤年纪尚轻，又得到宋御医事事照拂，在旁人看来自然惹人嫉妒。有人暗地里编排她与宋御医的流言，有人当面讥讽她出身低贱、行事阴冷，却又得太医正首肯。宫中流言愈演愈烈，阿萤饱受冷眼，却仍咬牙坚持。直到一年后，一个令她又惊又喜的身影出现在宫门——裴愈竟也净身入宫，成了一名内侍太医。他甘愿舍弃男子之身，自阉入宫，只为能在她看不见的地方，为她挡去一些风雨。
自那以后，两人开始在深宫之中偷偷相会。裴愈白日履职，夜里借着为嫔妃诊诊小疾的名义，与阿萤在偏殿、回廊相逢，交换药方、交流心得，也彼此倾诉在宫中的种种不易。一次相会间，裴愈听闻有人在太医署中明里暗里欺负阿萤，有的砸她的药炉，有的偷换她调好的药剂，害她险些背上“误诊害人”的罪名。他虽性子温和，却一旦触碰到底线，便会不动声色地还以颜色，用看似“无意”的错配药方、延迟诊，让那些恶意之人遭到应有的报应。这些在外人看来，是偶发的医疗纰漏，在他心中却是精心权衡后的“公道”。然而，天有不测风云。某夜，丽妃偶然撞见两人在偏殿相会。丽妃一向嫉妒淑妃独得圣宠，手中缺的正是一个可以牵制对方的筹码，便以揭发阿萤与裴愈“私情”为要挟，命阿萤替她向淑妃宫中的药膳下毒，以此打击对手。阿萤不愿为虎作伥，断然拒绝，此举却把两人一起推向了更凶险的深渊。她没能答应的事，裴愈却默默接下，暗中开始筹划一场以毒为局的反击。至此，表面平静的太医院和后宫，暗流终于酿成了汹涌的血潮，而关于黄御医之死、夏十三自尽、尸体连番被解剖的一切，也不过是这场长期报恩与报仇纠缠之中的一环。
裴愈自幼立志悬壶济世，却深知在这世道里，女子哪怕天赋再高，也难被真正视作医者。他看出阿萤在医学上的敏锐天分记忆力惊人，胆识过人，于是暗暗下定决心，要不惜一切代价，也要让阿萤成为这个时代最优秀的医师。时值时疾肆虐，宫中人心惶惶，内侍丞不幸染病身亡，本该按例入殓送往停尸房，裴愈却在极端矛盾与疯狂的信念驱使下，偷偷解剖尸体，为的只是给阿萤提供一具最真实的病理解剖对象，让她能从中摸索病理，寻找救人性命的线索。
阿萤原本只是想学医救人，从未想过踏入如此灰暗险恶的禁区。她虽然心怀恐惧，却又难以抑制对真相的渴求，只能硬着头皮跟随裴愈，一刀刀划开冰冷的躯体，观察脏腑变化，记录症状与病位的对应。很快，这件事被察觉异常的宋御医发现。宋御医经验老到，一眼便看出尸体被人破坏，震怒之下命人彻查。审问之际，裴愈本想一力扛下，却被阿萤抢先一步认罪。她知道毁坏尸体乃是大罪，更何况尸身还是宫中内侍，惹怒皇城权贵便是灭顶之灾。宋御医在震惊与失望之中，仍旧不愿将事情闹大，最终做出折中的决定——让阿萤离开太医署，以“逐出”来平息众怒。
这一决定传入裴愈耳中，立刻点燃他心底压抑已久的偏执与疯狂。他认为宋御医阻断了阿萤成为名医的道路，也否定了以解剖尸体来探究病理的可能。原本就对世俗礼法压制医学发展极为不满的他，在极端的思想驱使下，竟动起杀心，暗中设计害死了宋御医。他自以为这是为了“医学的未来”清除障碍，却没有意识到自己已经踏入无可回头的深渊。阿萤得知真相后，震怒、愤恨、悲哀交织在一起，她无法接受自己敬重的师者竟死于同伴之手，更无法原谅裴愈把救人之术扭曲成杀人的理由，于是痛下决心，再也不与裴愈相见。
然而，医者的本能与学者的好奇终究难以轻易熄灭。阿萤虽口口声声再不见裴愈，却仍忍不住独自前往停尸房，试图通过解剖尸体继续追寻时疾的秘密。遗憾的是，那具尸体死去太久，组织早已腐败，无法提供有效线索。就在她陷入无能为力的沮丧与愧疚中时，裴愈也不幸感染了时疾。他身为医者，很清楚自己的结局，反倒在病痛与绝望之中，看见了一条极端而决绝的“道路”——他要把自己变成那具“最新鲜”的尸体。
裴愈再次约阿萤见面。这一次，他不再谈情，不再争辩对错，只是满怀恳切与疯狂的执念，请求阿萤务必答应他一件事——一定要用最新鲜的病亡之躯进行解剖，记录全部时疾病理，为太医署、为未来的病患留下宝贵经验。话音未落，他当着阿萤的面自尽身亡，用最决绝的方式完成自己“医学实验”的最后一步。阿萤在巨大的震惊与悲痛中几乎崩溃，她恨裴愈的偏执，也恨这世道逼迫他走上这样的绝路，但她终究还是选择履行他临终的请求，在第一时间对裴愈的遗体进行解剖，把所见所闻一一整理成详细的病理记录。这些记录后来成为太医署研究时疾、改良方药的重要基础。
事后，李佩仪得知前因后果，不禁长叹世道不公。若这个世界对女子少一些偏见，若太医署不以性别为牢笼，裴愈也许根本不必枉杀无辜，更不用以自身性命为赌注，只为证明阿萤的价值与医学的意义。然而，世事已无法回头。阿萤完全接受了自己的罪责，无论是参与解剖、隐瞒真相，还是在裴愈的极端行为面前未能阻止，她都认为自己难逃其咎。被捕之后，她在狱中选择服下毒药，以死谢罪。庆幸的是，李佩仪赶到牢中，凭借娴熟医术，迅速用银针刺激穴位，让阿萤将毒药吐出，硬生生从阎王手里把她夺了回来。
这时，郭内侍奉旨到狱中宣诏，宣读皇帝对往事的重新审视与裁决。皇帝得知，裴愈在诊治时疾、探索病因上确有大功，于是特命将阿萤召入宫中觐见，打算亲自判定此案。李佩仪不放心阿萤，陪同她一同进宫。面见圣上时，阿萤丝毫不为自己辩解，主动承认擅自解剖、违反律法等重罪，恳请皇帝赐死，以平众怒。李佩仪则跪地为她求情，强调阿萤所作所为虽越律，却也是出于救人之心。朝中众臣议论纷，韦尚书却持强硬态度，认为近来宫中接连发生杀戮，人人自危，不严惩此例，难以以儆效尤，阿萤罪不可赦。
情势危急之际，萧怀瑾也站为阿萤求情。他直言太医署内多年来对女子的性别歧视，正是这般偏见，迫使夏十三等人为给阿萤争取学医机会而铤而走险，酿成连串悲剧。阿萤在这些事件中虽有参与，却从未亲手行凶，她的过错在于越律求真，而非以杀人为乐。皇帝沉吟良久，回想起时疾蔓延之时，正是阿萤、裴愈等人不顾礼法束缚，以医术为剑，驱散了这场瘟疫。天子最终做出不同于众人的裁决：念在驱逐时疾有功，命郭内侍着手修改太医署的制度，废除对女子的苛刻禁令，让有真才实学者皆可入署行医；而阿萤则被允许继承宋御医未竟之志，继续行医救人，不再以死谢罪。
阿萤听闻恩典，泣不成声，却仍有一事放心不下她叩首请求皇帝准许，将夏十三的骨骸送回故乡安葬。夏十三当年为她奔走呼号，想方设法为她争取学医之路，最终却因种种阴差阳错成为“罪人”。阿萤希望让他的灵魂落叶归根，回到生他养他的那片土地。皇帝沉思后应允此事，命内侍协助办理。于是，在恩典与悲痛交织之，这场因医学与偏见交织而引发的血案告一个段落。
不久之后，李佩仪与萧怀瑾一同护送阿萤，将夏十三与裴愈的骨骸带往万州慈善堂。这里是当年许多落魄之人最后的归宿，也是他们心为亡灵谋一席清净之地的所在。老先生见到裴愈的骨骸，仿佛看见了那个曾经意气风发、满口医理的青年，瞬间老泪纵横，心痛到几乎站立不稳。李佩仪与萧怀瑾在门外静静守候，觉得此处是阿萤与亡者告别的最后一方天地，不宜打扰。谁知正这时，有人慌慌张张跑来，急声说阿萤出事了。
几人心头一紧，连忙推门而入屋内原本挂在墙上的裴愈画像被取下，靠在一旁的墙角。阿萤静静躺在画像旁边，姿态安宁，仿佛只是睡着，却再也没有了呼吸。她身边留有一封遗书，字平稳而清晰，仿佛下此决心时心意已极为坚定。信中，阿萤提到自己平日整理的医案笔记都放在房间衣柜，让李佩替她取出，交给刘御医保存，用作太医日后行医、研习之用，以免自己这一身经验就此湮灭。至于她本人，则要去追随裴愈——那个人虽偏执疯狂，却曾为她赌上全部性命，她不愿让他在黄泉路上孤身一人。
李佩仪读完遗书，心如刀绞，却明白此刻再如何哭喊也唤不回阿萤的魂。她含泪取出一袋银钱交给慈善堂老师傅他好生埋葬阿萤，让她与裴愈合葬一处，也算在另一边重逢相守。她还满怀哀意地拜托老师傅，请再替他们重新绘制一幅画像——这一次，不是冷冰冰的肖像，而是让裴愈与阿萤并肩而立，仿佛生前那般谈笑论医。老师傅颤着手接过银钱，郑重点头，答应会替他们在画中留下一段永不褪色的团聚。
而在另一个世界，阿萤的灵魂终于穿越黑暗，来到一片宁静的林间。树影斑驳，夜风微凉，萤火虫像碎金一样在枝叶间闪烁。一个熟悉的少年身影站在树下，衣袂微扬，正是青年时的裴愈。他像多年前那样，笑着等待着她，那是他们尚未踏入血雨腥风之前的日子。那一夜，他们一起在树林里捉萤火虫，阿萤忽然说起自己没有真正的名字，只是一个被捡回来的孤女。裴愈听闻她是被婆婆在夏天捡到，便信手为她取名“夏萤”——夏夜之萤，虽小却自带光芒。如今岁月轮回，在生死之外，他们又回到了那一晚，仿佛世间纷争从未发生。
与此同时，李佩仪与萧怀瑾踏上归往西京的路。马车在蜿蜒山道上缓缓前行，两人一路沉默，心中都在咀嚼阿萤的生死。李佩仪望着远处天边，轻声感慨：阿萤离开西京，本该是为了重新开始，却终究是为了求死，为了用自己的方式画上一个句号。萧怀瑾在静默许久后，突然问她怕不怕死。李佩仪淡淡一笑，说自己当然怕，但更怕真相被永远埋葬。她要把命小心地留着，为的是查清当年灭门惨案的真相，只是她不敢确定，当那一天真正到来时，自己能否保得住这条性命。说到这里，她向萧怀瑾提出请求，希望他能陪她走趟平恩镇，拜访一位与那场惨案息息相关的故人。
两人辗转来到平恩镇，拜访的正是李佩仪的舅父伍思坪。伍思坪的府邸陈设奢华，局风水处处与西京巨贾宅邸相似，看上去早已不是普通退隐官员的样子。李佩仪自小遭遇灭门之祸，对这位舅父印模糊，唯有一些零散记忆。她从未见据说只有六岁的表弟。伍夫人以“小儿体弱多病，不便见客”为由，把人挡在门外。用膳时，伍思坪特意吩咐厨房准备了新鲜鲈鱼切片，看似殷勤款待，实则流露一丝生疏。萧怀瑾颇感意外，这位舅父竟对外甥女的喜恶一无所知。
李佩仪当众解释，自己自从当年家中遇难时落水险，自此对海鲜心生阴影，一闻鱼腥便恶心难耐。听她这样说，伍思坪略显尴尬，随口命人将鲈鱼切片端走，说是送去给小儿补补身子。伍夫人却神情微，目光闪烁，显然对这道吩咐极为抗拒，却又不敢公开反驳。萧怀瑾敏锐捕捉到其中不协调，借口衣服沾水要出门，暗中跟踪端鱼离开的佣人，发现所谓“小”被安置在一处极为偏僻的小宅院内，远离主屋，仿佛刻意与外界隔绝。
饭后，李佩仪干脆开门见山，向伍思坪询问旧事。她提起昔，提醒舅父当年本是太子府的红人，仕途看好，却骤然辞官来到这小小平恩镇隐居，是因何缘故。伍思坪见她直核心，脸色微变，却还是勉强应答。他猜到佩仪此行的真正目的，是想打听当年李家灭门案的真相，于是把事情归结为“时局动荡、朝局易位”，只说端王连连战败，早已气数将尽，几日前就疲态毕露之后爆发“狂症”也算意料之中，言语间模糊其辞，避重就轻。
李佩仪并未被这些搪塞蒙蔽，她又起一件细枝末节的小事——每年上元节，舅父都会给送新衣，可为何案发那一年却没有收到。伍思坪愣了一瞬，随即斩钉截铁地说那年也一样，是自己早早让人把新衣送到，让她穿上。正因为这句话，反而让李佩仪更加确定：发当天，自己并非像某些人口中所说的那样“不在府中”，而是实实在在穿着那件衣服待在家里。夜深时，屋内点上薰驱虫，淡淡的香味在空气中弥漫。怀瑾趁机向李佩仪提起，伍夫人对那盘鲈鱼反应异常，撤下的鱼片既不准给小儿，也不让仆人分，似乎藏着什么不能说的秘密。
李佩仪回想这两日观察，只觉伍思坪的言行与许多人过去的说法十分相似，连措辞都仿佛事先排练好一般，像是一张早编织完备的说辞之网，试图把当年的真相永远掩埋。第二天清晨，仆人阿旺照例去给伍思坪送洗漱用水，却主人竟横死在房中。他惊惶失措地找来众人，又问伍夫人昨夜是否听到动静。侍女慌忙解释，说老爷与夫人多年前就已经分房而睡，各住一处，互不打扰。消息传开府内一片哗然。
李佩仪与萧怀瑾意识到，这极有可能与李家旧案相关，便准备进屋勘察现场。阿旺虽惧怕势，却仍尽到提醒之责，告知已经报官，伍思坪的伤势位置极为难堪，伤在下体，按礼数女眷不宜直接观看，以免惹出话柄。李佩仪却毫不退缩，表示自己既然要追查真相，就不能被这些虚礼束缚。萧怀见她态度坚决，便想出折中的办法，用一块黑帕将她的双眼蒙上，由自己引着她进入屋内查看。如果日后有人再出言不逊，自己必追究到底。阿旺见状，连连保证不敢乱。
两人进入房中，空气中仍残留着淡淡的熏香与血腥气混杂的味道。萧怀瑾一边带着李佩仪，一边低声描述室内陈设：屋内布置极其讲究一处摆件都符合风水中聚财之道，连床榻、书案与衣柜的方向都经过精心考量，明显不是普通隐居之人的起居所。最刺目的那横梁上的尸体——伍思坪上半身趴在上，下体血肉模糊，血迹沿着梁柱滴落，洒满地板，死状怪异而羞辱，既像他杀，又处处留有“畏罪自尽”的假象。
很快，温与卿带赶到现场。听说李佩仪也在房中，他并未贸然闯入，而是在大厅等候，一方面顾及礼节，一方面也要稳定局势。随后，他重新验尸勘察了一。房中贵重物品完好无损，金银宝没有任何丢失的迹象，就连仆人们也无人受伤，这排除了单纯劫财杀人的可能。萧怀瑾觉得越发不对劲——昨夜雷雨交加、风声大作，可他们在客房里却几乎听不到雷声仿佛外界的动静被刻意隔绝。李佩仪回想起昨夜的香薰，灵光一闪，意识到香料极有可能带有麻醉或迷幻作用，用让人在不知不觉中沉睡，对外界的响动无所觉。
她当即让阿旺去取伍思坪专用的香薰，准备进一步检查成分与用途。随着这缕看似不起眼的香烟被再次点燃，隐藏在过去十多年时光里的迷雾也开始缓散开。灭门旧案、平恩镇的隐居、病弱的幼子、刻意隔绝的宅院、羞辱性的死法，一桩桩一件件，全都指向一个为复杂、血腥而黑暗的真相——而李佩早已别无退路，只能在这条追寻真相的道路上，继续走下去。