黄昏时分，太医院的药材备署处弥漫着药草与血腥交织的气味。李佩仪与萧怀瑾并肩而立，正对着夏十三冷静而逼问。他们把一路查访得来的推理，逐字逐句说给夏十三听——黄御医之死，并非意外，而是一场蓄谋已久的谋杀。按照他们的推断，那天夏十三推着载满药材的木车，特意走在药署门口最中间的路线上，逼得迎面而来的黄御医不得不避到靠墙一侧。墙檐下方悬着磨盘，原本用粗麻绳牢牢固定，却在那一瞬松脱坠落，将黄御医砸个正着。若非有人暗中操控，怎会如此巧合？他们怀疑，夏十三借推车晃动作掩护，事先动过麻绳的手脚，让磨盘恰在黄御医经过时坠落，杀人于无形。案发之后，夏十三却装出一副茫然无知的样子，既不惊惶也不慌乱，更没有表现出对“意外”事故应有的错愕，只在被问及与裴愈是否同乡时，淡淡承认自己也来自万州，却刻意强调二人几乎从未打过交道。
李佩仪与萧怀瑾对视一眼，心中都有了几分判断——在所有嫌疑人中，夏十三嫌疑最大。早前他们曾在药材备署见过夏十三切肉，那一块块油腻腥臭的兽肉被他剁得飞快，可他宽大的衣袖却干净得近乎刻意，连一点血点、油渍都未曾染上。这样的干净利落，不像是一个整日做粗活的普通药工，倒像是经常与血肉打交道，却懂得如何将痕迹掩藏得一干二净的利手。偏偏所有推断都只是合乎逻辑的猜测，并无一条能拿得出手的实证。就在他们尚无法给出定论时，黄御医的尸体已经被抬往停尸房。谁也没想到，真正令人胆寒的，不是砸死人的磨盘，而是随后发生在停尸房的一场“续命”之举。
停尸房阴气沉重，白布覆盖的一具具尸体整齐列放。负责看守的杂役原本只是例行检查，却在揭开黄御医尸布的一刻，几乎吓得魂飞魄散——原本仅是头部和胸口重伤的尸体，此刻竟被人从腹部开膛破肚，肠胃尽数外露，切口整齐，内脏摆放干净，就像被人当作解剖教材一般。杂役跌坐在地，双手发抖，结结巴巴地报了警。李佩仪与萧怀瑾闻讯赶到，面对这具被“再度加工”的尸体，神色尽皆冷沉。李佩仪伏身观察，发现刀口平整，深浅均匀，毫无迟疑错乱之迹，分明是出自一个对人体结构极为熟悉、且手法极为娴熟的医者之手。这样的人，在宫中并不多见。萧怀瑾立即下令，封锁停尸房，并调派更多侍卫换班巡守，以防尸体被人再度动手脚。而李佩仪却持不同意见，她认为尸体如今既已成为凶手的目标，就意味着尸体上还藏着不为人知的秘密，与其任其再遭亵渎，不如尽快按照礼制火化，让证据随火焚尽，也许反而能逼得凶手改变行事方式，露出新的破绽。
夜深时分，宫城寂静，只余远处更鼓声回响在重重宫墙之间。李佩仪翻来覆去睡不着，黄御医惨死、停尸房解剖一幕在脑海中反复浮现，那些精确到近乎冷酷的刀口，令她下意识地想起了某些人——太医署里，谁有这样的本事？谁又有这样的胆量？萧怀瑾叩门而入，见她眉间愁色未散，便干脆开门见山，问她是否已经开始怀疑裴愈。裴愈与夏十三同为万州人士，这一点在案发前似乎并不显眼，而在一连串诡异事件的映照下，却突然变得格外刺目：黄御医死，尸体遭解剖，嫌疑最大的夏十三又与裴愈同乡，夏十三本身更对解剖并不陌生。李佩仪想起自己对裴愈一向信任，如今却不得不把这份信任摆上案桌，任由理性横刀切割，心中难免五味杂陈。两人站到廊下，一同仰望宫墙上空的明月，谈案情，也谈人心，在重压之下偷得片刻难得的宁静。月色如水，却掩不住潜伏在夜色中愈发浓重的阴影。
翌日清晨，案情并未有任何缓和迹象。为查清万州背景，萧怀瑾与李佩仪商议后，当即决定派出五仁顾凌舟前往万州暗访。顾凌舟深谙打探之道，行前只带了少量随从，轻车简从避人耳目。抵达万州后，他从医馆、药铺一路打听，不断追溯裴愈入宫前的经历，最终在城郊找到了一处名为“仁济堂”的慈善医坊。那是穷苦百姓看病抓药的地方，也是昔年裴愈学医的起点。仁济堂的老医师一提到裴愈，竟是赞不绝口，说他少年时便医术出众、性情温厚，是慈善堂引以为荣的门生。更有甚者，堂内正厅墙上挂着一幅画像，上头绘着一名眉目清朗的男子，神情温润，落款赫然写着“裴愈”二字。这幅画，与宫中众人所熟悉的那位女太医裴愈，形成了近乎荒谬的对照。
老医师回忆起往事，语气中满是怀念。他说，裴愈自小便有医者慧根，诊脉辨症远胜同龄人。但更让他印象深刻的，并非裴愈本人，而是他曾带来的一名女娃。那女娃年纪不大，当年被裴愈从外头领回，衣衫单薄，眼神却明亮倔强。仁济堂历来不收女徒，可看她境遇可怜，老医师一时心软便破例留下。谁知这女娃与其他学徒截然不同，她对针线、家务毫无兴趣，却对血肉骨骼有着近乎痴迷的好奇心。她常趁人不备，在角落里解剖死鸟、野兽尸体，甚至偷偷观察尸体腐烂的过程，小学徒们被吓得连连躲避，长久下来，众人心生厌恶，只能劝她离开慈善堂。那之后，女娃不得不另寻栖身之所，但裴愈始终惦记着她，经常从慈善堂偷带些药材、干粮送去。直到某日，裴愈被选入宫中进太医署，双方从此音讯渐少。老医师说，裴愈多年未来信，最近突然有信从京城寄回万州，他才知这个曾经的少年弟子，在深宫中恐怕并不好过。
与此同时，宫城之中，恐惧正在蔓延。停尸房又接连传来噩耗：不止黄御医一人，陆续有几具尸体被人开膛破肚，同样刀口干净利落，内脏摆放仿佛一场精心设计的实验。尸体身份各异，却都有一个共同点——生前或多或少与太医署、内侍系统有过接触。阴谋之网似乎逐渐收紧，却又看不清中心所在。李佩仪已经无法再将此视作单纯的“尸体亵渎”案，她直接找到裴愈，当面质问。裴愈面对她的质疑，眼中闪过一瞬复杂情绪，很快便恢复了平日疏离克制的模样，只淡淡地说，自己一向只救人，不害人。她的语气礼貌，却透着一层生疏，仿佛刻意与李佩仪拉开距离，这种微妙的转变让李佩仪心中更添不安。她与萧怀瑾提起此事，两人尚在分析裴愈转变背后的含义，就收到来自万州的急报——顾凌舟的回信。
信中所述令两人大为震动：仁济堂中被视为“荣誉弟子”的裴愈，明明是个男子，画像为证，众口同声。而宫中太医署的入宫档案却清清楚楚写着“女子”，并且所有验身记录、身份审查，皆确认她以“女身”入宫。这种前后矛盾，已经不能用简单的记载差错来解释。裴愈究竟是谁？真正的裴愈，又在何处？为了进一步查证，他们悄然前往夏十三的住处。屋内陈设简陋，却意外整洁。床头几本翻得极勤的医书摊在一侧，书页边角因频繁翻阅而发黄卷曲，显然主人对医学有不俗兴趣。床下更藏着两把锋利匕首，刀锋微带干涸血痕，刀鞘却擦拭得一尘不染。李佩仪尚来不及细，便有内侍气喘吁吁地赶来通报——夏十三被人发现死于尚衣局，死状凄惨。
尚衣局中血光四溅，空气中弥漫刺鼻铁锈味。李佩仪与萧怀瑾匆忙赶到时，裴愈已先一步抵达现场。她双手染血，正俯身于夏十三的尸体之上，腹部被整齐切开，五脏六腑清晰可见。裴愈神情专注，仿佛置身的是医馆解剖台而非命案现场，她用指尖沾着夏十三的血，在一旁白帛上书写着什么。那是一份条理分明的记录：死者脏器受损情况、刀口方向与力道判断、死前可能受到的外力冲击……每一行字都工整凌厉，血液在纸上逐渐干涸，化作赤褐色的痕迹。裴愈写完，将那一页血书递给李佩仪，声音疲惫却平稳，嘱咐她将这份解剖记录交给太医署，作为对夏十三之死的说明与交代。话音未落，她便因连日操劳、体力透支，眼前一黑，当场晕倒。再次醒来时，冷硬的牢门取代了太医署的药架，她已被关进了大牢，成了众口指指的“凶手”。
在狱中，裴愈不再闪躲，她平静地承认，真正的“裴愈”并非自己，而是夏十三。她自称本名阿萤，是一个罪孽深重之人，内侍丞与黄御医皆死于自己之手。这一番自白听起来完美呼应了种种疑点，却也过于顺理成章，反倒让李佩仪心生警惕。如果阿萤真是怀着对裴愈的怨恨才入宫报复，为何要潜伏三年之久才动手？更何况，仵作复验夏十三尸体后发现，其腹部伤口由左向右、由浅入深，角度与力道都极像自我了结而非他杀。伤口边缘没有明显挣扎留下的反抗伤，与阿萤“行凶杀人”的供词大相径庭。种种迹象更像是夏十三自尽身亡，而阿萤仅是事后对尸体解剖，再次将真相埋入更深处。
为厘清真伪，萧怀瑾亲自前往尚衣局复勘现场。他仔细观察血迹飞溅的方向与停留位置，发现血迹主要集中于尸体周围，溅射轨迹呈半弧形，正好被一旁站立之人挡去一部分。若是凶手从正面刺杀，再行开膛之举，血迹不应如此集中；相反，这更符合死者自行割开腹部后倒地，旁人立于一侧进行“补刀式”解剖的情形。也就是说，夏十三极可能是自杀，而阿萤的行为，更像是在利用这具尸体完成某种故意为之的“解剖”。顺藤摸瓜，萧怀瑾又赶往太医署查阅出宫记录。另一名医工赵玉笛向他坦言，阿萤每隔十日左右便获准出宫一次，专往苏婕妤宫中诊视调理，每次她去，几乎都能遇见裴愈。两人表面谈论药理，实际上却常以药方为暗号互通消息。一张药方之中，某味药的增减、煎煮方式的微调，都可能暗藏他们不为人知的约定与谋划。
掌握这些线索后，李佩仪决定亲自提审阿萤。牢房阴冷潮湿，阿萤却坐得笔直，目光如炬。当李佩仪将一只从遗物中搜出的旧药囊放在她面前时，阿萤眼神微微一颤，这一瞬间的破绽胜过千言万语。药囊做工粗糙，却被人反复缝补，显然被珍重多年。沉默片刻后，阿萤终于开口，讲述埋藏在记忆中的过往。她说自己原本只是一个无名无姓的孤儿，被山村中的药婆婆捡回，从小跟着上山采药、熬煎汤剂。一次偶然的采药途中，她遇见了年少的裴愈。两人一来二去熟悉起来，阿萤发现，裴愈虽然出身清苦，却有一颗真正愿意救人的心；而裴愈则惊讶于她对人体构造的敏锐，甚至比自己更痴迷于那些血肉骨骼的奥秘。阿萤常带裴愈去看她“处理”的各种动物尸体，两人从伤口走向中推断生前遭遇，从骨骼形态推测生活习惯，这些在旁人眼中可怖的嗜好，对他们而言却是一种追求真相的途径。
后来，裴愈设法把阿萤带进慈善堂，希望她也能名正言顺地学医。可慈善堂终归是传统之地，女娃留在其中处处不便，她的性格又桀骜难驯，很快便与同门格格不入。再加上阿萤时不时闹出“解剖实验”，连老医师都难以承受舆论压力，只能劝她离开。阿萤被迫再次漂泊，裴愈却没有放弃她，仍然偷偷从慈善堂带药草、带书本给她，替她问诊，替她向人打探医术秘方。直至某日，一张药方改变了两人的命运。那是一剂配伍巧妙的方子，被路过的宋御医注意到。宋御医品评药方时看出了其中的不凡，开口赞赏，阿萤却没有承认这方子出自自己之手，只希望宋御医能记住一个名字——裴愈。她真心认为，裴愈才是更适合走上正途、入宫深造的人。
谁知裴愈却执意把机会让给她。面对宋御医的赏识，他不但一五一十说出药方真正的原主，还甚至以死相逼，坚持要求宋御医收阿萤为徒，带她入宫。宋御医被裴愈的真诚打动，最终决定破格带阿萤进宫，以“医工”身份在太医署借住研习。刚入宫时，阿萤年纪尚轻，又得到宋御医事事照拂，在旁人看来自然惹人嫉妒。有人暗地里编排她与宋御医的流言，有人当面讥讽她出身低贱、行事阴冷，却又得太医正首肯。宫中流言愈演愈烈，阿萤饱受冷眼，却仍咬牙坚持。直到一年后，一个令她又惊又喜的身影出现在宫门——裴愈竟也净身入宫，成了一名内侍太医。他甘愿舍弃男子之身，自阉入宫，只为能在她看不见的地方，为她挡去一些风雨。
自那以后，两人开始在深宫之中偷偷相会。裴愈白日履职，夜里借着为嫔妃诊诊小疾的名义，与阿萤在偏殿、回廊相逢，交换药方、交流心得，也彼此倾诉在宫中的种种不易。一次相会间，裴愈听闻有人在太医署中明里暗里欺负阿萤，有的砸她的药炉，有的偷换她调好的药剂，害她险些背上“误诊害人”的罪名。他虽性子温和，却一旦触碰到底线，便会不动声色地还以颜色，用看似“无意”的错配药方、延迟诊，让那些恶意之人遭到应有的报应。这些在外人看来，是偶发的医疗纰漏，在他心中却是精心权衡后的“公道”。然而，天有不测风云。某夜，丽妃偶然撞见两人在偏殿相会。丽妃一向嫉妒淑妃独得圣宠，手中缺的正是一个可以牵制对方的筹码，便以揭发阿萤与裴愈“私情”为要挟，命阿萤替她向淑妃宫中的药膳下毒，以此打击对手。阿萤不愿为虎作伥，断然拒绝，此举却把两人一起推向了更凶险的深渊。她没能答应的事，裴愈却默默接下，暗中开始筹划一场以毒为局的反击。至此，表面平静的太医院和后宫，暗流终于酿成了汹涌的血潮，而关于黄御医之死、夏十三自尽、尸体连番被解剖的一切，也不过是这场长期报恩与报仇纠缠之中的一环。