裴愈自幼立志悬壶济世，却深知在这世道里，女子哪怕天赋再高，也难被真正视作医者。他看出阿萤在医学上的敏锐天分记忆力惊人，胆识过人，于是暗暗下定决心，要不惜一切代价，也要让阿萤成为这个时代最优秀的医师。时值时疾肆虐，宫中人心惶惶，内侍丞不幸染病身亡，本该按例入殓送往停尸房，裴愈却在极端矛盾与疯狂的信念驱使下，偷偷解剖尸体，为的只是给阿萤提供一具最真实的病理解剖对象，让她能从中摸索病理，寻找救人性命的线索。
阿萤原本只是想学医救人，从未想过踏入如此灰暗险恶的禁区。她虽然心怀恐惧，却又难以抑制对真相的渴求，只能硬着头皮跟随裴愈，一刀刀划开冰冷的躯体，观察脏腑变化，记录症状与病位的对应。很快，这件事被察觉异常的宋御医发现。宋御医经验老到，一眼便看出尸体被人破坏，震怒之下命人彻查。审问之际，裴愈本想一力扛下，却被阿萤抢先一步认罪。她知道毁坏尸体乃是大罪，更何况尸身还是宫中内侍，惹怒皇城权贵便是灭顶之灾。宋御医在震惊与失望之中，仍旧不愿将事情闹大，最终做出折中的决定——让阿萤离开太医署，以“逐出”来平息众怒。
这一决定传入裴愈耳中，立刻点燃他心底压抑已久的偏执与疯狂。他认为宋御医阻断了阿萤成为名医的道路，也否定了以解剖尸体来探究病理的可能。原本就对世俗礼法压制医学发展极为不满的他，在极端的思想驱使下，竟动起杀心，暗中设计害死了宋御医。他自以为这是为了“医学的未来”清除障碍，却没有意识到自己已经踏入无可回头的深渊。阿萤得知真相后，震怒、愤恨、悲哀交织在一起，她无法接受自己敬重的师者竟死于同伴之手，更无法原谅裴愈把救人之术扭曲成杀人的理由，于是痛下决心，再也不与裴愈相见。
然而，医者的本能与学者的好奇终究难以轻易熄灭。阿萤虽口口声声再不见裴愈，却仍忍不住独自前往停尸房，试图通过解剖尸体继续追寻时疾的秘密。遗憾的是，那具尸体死去太久，组织早已腐败，无法提供有效线索。就在她陷入无能为力的沮丧与愧疚中时，裴愈也不幸感染了时疾。他身为医者，很清楚自己的结局，反倒在病痛与绝望之中，看见了一条极端而决绝的“道路”——他要把自己变成那具“最新鲜”的尸体。
裴愈再次约阿萤见面。这一次，他不再谈情，不再争辩对错，只是满怀恳切与疯狂的执念，请求阿萤务必答应他一件事——一定要用最新鲜的病亡之躯进行解剖，记录全部时疾病理，为太医署、为未来的病患留下宝贵经验。话音未落，他当着阿萤的面自尽身亡，用最决绝的方式完成自己“医学实验”的最后一步。阿萤在巨大的震惊与悲痛中几乎崩溃，她恨裴愈的偏执，也恨这世道逼迫他走上这样的绝路，但她终究还是选择履行他临终的请求，在第一时间对裴愈的遗体进行解剖，把所见所闻一一整理成详细的病理记录。这些记录后来成为太医署研究时疾、改良方药的重要基础。
事后，李佩仪得知前因后果，不禁长叹世道不公。若这个世界对女子少一些偏见，若太医署不以性别为牢笼，裴愈也许根本不必枉杀无辜，更不用以自身性命为赌注，只为证明阿萤的价值与医学的意义。然而，世事已无法回头。阿萤完全接受了自己的罪责，无论是参与解剖、隐瞒真相，还是在裴愈的极端行为面前未能阻止，她都认为自己难逃其咎。被捕之后，她在狱中选择服下毒药，以死谢罪。庆幸的是，李佩仪赶到牢中，凭借娴熟医术，迅速用银针刺激穴位，让阿萤将毒药吐出，硬生生从阎王手里把她夺了回来。
这时，郭内侍奉旨到狱中宣诏，宣读皇帝对往事的重新审视与裁决。皇帝得知，裴愈在诊治时疾、探索病因上确有大功，于是特命将阿萤召入宫中觐见，打算亲自判定此案。李佩仪不放心阿萤，陪同她一同进宫。面见圣上时，阿萤丝毫不为自己辩解，主动承认擅自解剖、违反律法等重罪，恳请皇帝赐死，以平众怒。李佩仪则跪地为她求情，强调阿萤所作所为虽越律，却也是出于救人之心。朝中众臣议论纷，韦尚书却持强硬态度，认为近来宫中接连发生杀戮，人人自危，不严惩此例，难以以儆效尤，阿萤罪不可赦。
情势危急之际，萧怀瑾也站为阿萤求情。他直言太医署内多年来对女子的性别歧视，正是这般偏见，迫使夏十三等人为给阿萤争取学医机会而铤而走险，酿成连串悲剧。阿萤在这些事件中虽有参与，却从未亲手行凶，她的过错在于越律求真，而非以杀人为乐。皇帝沉吟良久，回想起时疾蔓延之时，正是阿萤、裴愈等人不顾礼法束缚，以医术为剑，驱散了这场瘟疫。天子最终做出不同于众人的裁决：念在驱逐时疾有功，命郭内侍着手修改太医署的制度，废除对女子的苛刻禁令，让有真才实学者皆可入署行医；而阿萤则被允许继承宋御医未竟之志，继续行医救人，不再以死谢罪。
阿萤听闻恩典，泣不成声，却仍有一事放心不下她叩首请求皇帝准许，将夏十三的骨骸送回故乡安葬。夏十三当年为她奔走呼号，想方设法为她争取学医之路，最终却因种种阴差阳错成为“罪人”。阿萤希望让他的灵魂落叶归根，回到生他养他的那片土地。皇帝沉思后应允此事，命内侍协助办理。于是，在恩典与悲痛交织之，这场因医学与偏见交织而引发的血案告一个段落。
不久之后，李佩仪与萧怀瑾一同护送阿萤，将夏十三与裴愈的骨骸带往万州慈善堂。这里是当年许多落魄之人最后的归宿，也是他们心为亡灵谋一席清净之地的所在。老先生见到裴愈的骨骸，仿佛看见了那个曾经意气风发、满口医理的青年，瞬间老泪纵横，心痛到几乎站立不稳。李佩仪与萧怀瑾在门外静静守候，觉得此处是阿萤与亡者告别的最后一方天地，不宜打扰。谁知正这时，有人慌慌张张跑来，急声说阿萤出事了。
几人心头一紧，连忙推门而入屋内原本挂在墙上的裴愈画像被取下，靠在一旁的墙角。阿萤静静躺在画像旁边，姿态安宁，仿佛只是睡着，却再也没有了呼吸。她身边留有一封遗书，字平稳而清晰，仿佛下此决心时心意已极为坚定。信中，阿萤提到自己平日整理的医案笔记都放在房间衣柜，让李佩替她取出，交给刘御医保存，用作太医日后行医、研习之用，以免自己这一身经验就此湮灭。至于她本人，则要去追随裴愈——那个人虽偏执疯狂，却曾为她赌上全部性命，她不愿让他在黄泉路上孤身一人。
李佩仪读完遗书，心如刀绞，却明白此刻再如何哭喊也唤不回阿萤的魂。她含泪取出一袋银钱交给慈善堂老师傅他好生埋葬阿萤，让她与裴愈合葬一处，也算在另一边重逢相守。她还满怀哀意地拜托老师傅，请再替他们重新绘制一幅画像——这一次，不是冷冰冰的肖像，而是让裴愈与阿萤并肩而立，仿佛生前那般谈笑论医。老师傅颤着手接过银钱，郑重点头，答应会替他们在画中留下一段永不褪色的团聚。
而在另一个世界，阿萤的灵魂终于穿越黑暗，来到一片宁静的林间。树影斑驳，夜风微凉，萤火虫像碎金一样在枝叶间闪烁。一个熟悉的少年身影站在树下，衣袂微扬，正是青年时的裴愈。他像多年前那样，笑着等待着她，那是他们尚未踏入血雨腥风之前的日子。那一夜，他们一起在树林里捉萤火虫，阿萤忽然说起自己没有真正的名字，只是一个被捡回来的孤女。裴愈听闻她是被婆婆在夏天捡到，便信手为她取名“夏萤”——夏夜之萤，虽小却自带光芒。如今岁月轮回，在生死之外，他们又回到了那一晚，仿佛世间纷争从未发生。
与此同时，李佩仪与萧怀瑾踏上归往西京的路。马车在蜿蜒山道上缓缓前行，两人一路沉默，心中都在咀嚼阿萤的生死。李佩仪望着远处天边，轻声感慨：阿萤离开西京，本该是为了重新开始，却终究是为了求死，为了用自己的方式画上一个句号。萧怀瑾在静默许久后，突然问她怕不怕死。李佩仪淡淡一笑，说自己当然怕，但更怕真相被永远埋葬。她要把命小心地留着，为的是查清当年灭门惨案的真相，只是她不敢确定，当那一天真正到来时，自己能否保得住这条性命。说到这里，她向萧怀瑾提出请求，希望他能陪她走趟平恩镇，拜访一位与那场惨案息息相关的故人。
两人辗转来到平恩镇，拜访的正是李佩仪的舅父伍思坪。伍思坪的府邸陈设奢华，局风水处处与西京巨贾宅邸相似，看上去早已不是普通退隐官员的样子。李佩仪自小遭遇灭门之祸，对这位舅父印模糊，唯有一些零散记忆。她从未见据说只有六岁的表弟。伍夫人以“小儿体弱多病，不便见客”为由，把人挡在门外。用膳时，伍思坪特意吩咐厨房准备了新鲜鲈鱼切片，看似殷勤款待，实则流露一丝生疏。萧怀瑾颇感意外，这位舅父竟对外甥女的喜恶一无所知。
李佩仪当众解释，自己自从当年家中遇难时落水险，自此对海鲜心生阴影，一闻鱼腥便恶心难耐。听她这样说，伍思坪略显尴尬，随口命人将鲈鱼切片端走，说是送去给小儿补补身子。伍夫人却神情微，目光闪烁，显然对这道吩咐极为抗拒，却又不敢公开反驳。萧怀瑾敏锐捕捉到其中不协调，借口衣服沾水要出门，暗中跟踪端鱼离开的佣人，发现所谓“小”被安置在一处极为偏僻的小宅院内，远离主屋，仿佛刻意与外界隔绝。
饭后，李佩仪干脆开门见山，向伍思坪询问旧事。她提起昔，提醒舅父当年本是太子府的红人，仕途看好，却骤然辞官来到这小小平恩镇隐居，是因何缘故。伍思坪见她直核心，脸色微变，却还是勉强应答。他猜到佩仪此行的真正目的，是想打听当年李家灭门案的真相，于是把事情归结为“时局动荡、朝局易位”，只说端王连连战败，早已气数将尽，几日前就疲态毕露之后爆发“狂症”也算意料之中，言语间模糊其辞，避重就轻。
李佩仪并未被这些搪塞蒙蔽，她又起一件细枝末节的小事——每年上元节，舅父都会给送新衣，可为何案发那一年却没有收到。伍思坪愣了一瞬，随即斩钉截铁地说那年也一样，是自己早早让人把新衣送到，让她穿上。正因为这句话，反而让李佩仪更加确定：发当天，自己并非像某些人口中所说的那样“不在府中”，而是实实在在穿着那件衣服待在家里。夜深时，屋内点上薰驱虫，淡淡的香味在空气中弥漫。怀瑾趁机向李佩仪提起，伍夫人对那盘鲈鱼反应异常，撤下的鱼片既不准给小儿，也不让仆人分，似乎藏着什么不能说的秘密。
李佩仪回想这两日观察，只觉伍思坪的言行与许多人过去的说法十分相似，连措辞都仿佛事先排练好一般，像是一张早编织完备的说辞之网，试图把当年的真相永远掩埋。第二天清晨，仆人阿旺照例去给伍思坪送洗漱用水，却主人竟横死在房中。他惊惶失措地找来众人，又问伍夫人昨夜是否听到动静。侍女慌忙解释，说老爷与夫人多年前就已经分房而睡，各住一处，互不打扰。消息传开府内一片哗然。
李佩仪与萧怀瑾意识到，这极有可能与李家旧案相关，便准备进屋勘察现场。阿旺虽惧怕势，却仍尽到提醒之责，告知已经报官，伍思坪的伤势位置极为难堪，伤在下体，按礼数女眷不宜直接观看，以免惹出话柄。李佩仪却毫不退缩，表示自己既然要追查真相，就不能被这些虚礼束缚。萧怀见她态度坚决，便想出折中的办法，用一块黑帕将她的双眼蒙上，由自己引着她进入屋内查看。如果日后有人再出言不逊，自己必追究到底。阿旺见状，连连保证不敢乱。
两人进入房中，空气中仍残留着淡淡的熏香与血腥气混杂的味道。萧怀瑾一边带着李佩仪，一边低声描述室内陈设：屋内布置极其讲究一处摆件都符合风水中聚财之道，连床榻、书案与衣柜的方向都经过精心考量，明显不是普通隐居之人的起居所。最刺目的那横梁上的尸体——伍思坪上半身趴在上，下体血肉模糊，血迹沿着梁柱滴落，洒满地板，死状怪异而羞辱，既像他杀，又处处留有“畏罪自尽”的假象。
很快，温与卿带赶到现场。听说李佩仪也在房中，他并未贸然闯入，而是在大厅等候，一方面顾及礼节，一方面也要稳定局势。随后，他重新验尸勘察了一。房中贵重物品完好无损，金银宝没有任何丢失的迹象，就连仆人们也无人受伤，这排除了单纯劫财杀人的可能。萧怀瑾觉得越发不对劲——昨夜雷雨交加、风声大作，可他们在客房里却几乎听不到雷声仿佛外界的动静被刻意隔绝。李佩仪回想起昨夜的香薰，灵光一闪，意识到香料极有可能带有麻醉或迷幻作用，用让人在不知不觉中沉睡，对外界的响动无所觉。
她当即让阿旺去取伍思坪专用的香薰，准备进一步检查成分与用途。随着这缕看似不起眼的香烟被再次点燃，隐藏在过去十多年时光里的迷雾也开始缓散开。灭门旧案、平恩镇的隐居、病弱的幼子、刻意隔绝的宅院、羞辱性的死法，一桩桩一件件，全都指向一个为复杂、血腥而黑暗的真相——而李佩早已别无退路，只能在这条追寻真相的道路上，继续走下去。