会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……

在现场目击黑衣男子犯罪的新一遭袭击昏迷，并被强灌不知名的药。醒来时竟变成一个小孩！于是暂时住到了女友兰的家里、这时小五郎接到了诱拐事件的委托……

新一身体变小后。偶像明星冲野洋子到侦探事物所来了。兰和柯南跟着小五郎一起去了洋子小姐的家。但是进入屋子后却发现尸体!?

柯南、步美、元太、光彦一行人去参观东都美术管的世界宝物展。无意中捡到一张带有暗号的纸条。不知宝藏在哪里、凭这个纸条4个人开始了寻找宝物的探险……

小五郎去京都准备参加朋友的婚礼。在新干线列车内柯南窃听了黑衣男子的对话、听见与他们将放有设定炸弹的箱子交给了与他们交易的人。并将在那个人不知情的情况下会引爆炸!这会是一班驶向地狱的列车吗？

小兰和园子去参加情人节派对。在皆川家开派对的中间，皆川克彦突然倒下身亡。