毛利侦探事务所来了三个委托人。要求调查失踪的著名的系统工程师板仓，三人是不同游戏公司的职员，受板仓委托开发各自不同的软件。小五郎根据三人发来的邮件里的画像，找到了宾馆的房间，但是，和委托人一起去的时候发现板仓已经死亡了。小五郎的调查对象电玩系统工程师板仓死亡。

目暮警官断定这是一起伪装心脏病发作的杀人事件，把小五郎的3名委托人作为了嫌疑对象。但是，没有证据。为了得到有可能记载黑暗组织线索的被害者日记MO，柯南急于解决事件。

系统工程师板仓可能与黑色组织有关。柯南得到了他留在MO上的日记，到阿笠博士家的电脑上打开日记。日记中详细记载了板仓与黑色组织接触的经过。

板仓屈从组织的胁迫，同意买给对方正在开发中的系统程式，并知道他为交付的日期所迫。柯南考虑冒充板仓氏参与交涉。

柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。

步美有个朋友答应送给她豪华的七段装饰人偶，因此步美约柯南等人来到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水贵与古董鉴定师三重芳春也来到这户人家，希望主人能转让一幅价值数千万的壁画。女主人观野节子和继母弥生拒绝了2人的请求，但就在主人外出后，那幅壁画失窃了。