园子、茱蒂老师和小兰一同去便利店。遇见了正在那个便利店打工小兰的中学同学七川，他被怀疑偷窃了店里的商品。不过，老实的七川是不会做那种事的。

虽然并没有在现场，小兰她们是否能证明七川的清白？听到小兰在电话里介绍的情况，好象有三个奇怪的客人借用过便利店的厕所。但是，货物不见的那天，按规定只有七川值班。如果值班的那天只有七川一个人在的话，那么犯人可能很容易就能推论出……

毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…

从学校回来的路上，步美与柯南他们分手后径自往家走。她和一个走的很急的穿雨披的男人撞在一起，二人都跌倒在路上。那个男的把女生撞到了就闪，真是个冒失鬼。男子仓皇离去，可步美的手上却出现了一个“5”似的记号……

步美偶然遭遇的不速之客在逃。根据在她手上留下的痕迹，锁定了该人所乘车辆的车种，后紧急拘捕了3名嫌疑者。由于犯人可能持有沾血的钥匙，柯南推测钥匙孔里会有血，所以请求测试荧光反应。

柯南和小兰还有少年侦探团的成员一起到一个叫做鬼泽乡的地方观光。一行人是在夜里出发的，步美说她在那里看到了幽灵。