博士为了让侦探团去寻宝，带大家去了年轻的时候死去的伯父的别墅。为了找到博士藏起来的宝贝，少年侦探团们依靠房间里隐藏的暗号逐渐解开了谜题。

博士准备的玩具被某个人破坏了。柯南开始解开别墅中另外隐藏着的暗号。然后找到了意见隐藏的房间，进去看时……

柯南为了在同学会上表演木偶剧，去雾之丘的旅馆排练。在那里孩子们一个一个消失了。步美和元太俄也消失了，终于柯南也消失了只剩下光彦一个人。

平次和和叶去鸟取县的武田家的途中迷路了。在那里遇到了一样是去武田家的外国人罗伯特。小五郎也因为偶然接到了委托坐车去的时候正好碰到，大家一起去了武田家。

到了武田家的时候，一个叫根岸的男子已经死亡，希望他们能找到凶手，当天晚上委托人武田信一也被吊死了。听到了关于蜘蛛神的传说后，小五郎和平次去勘查现场。另一方面找东西的和叶和小兰在去仓库的途中，小兰回房间的时候，和叶被气枪袭击，在仓库的房间里被绳子吊了起来。

柯南和平次看穿了利用传说中的蜘蛛神的说法犯罪的手法。然后，三年前自杀的美沙的真正的理由是……