受园子的邀请，到轻井泽游玩的柯南、兰、小五郎，因为在森林中迷了路，所以决定在山里的一轩家借宿。在那里，与白天遇见的网球教练明石宽人再次相遇。但是，在那天夜里，却发现了宽人的父亲岩夫上吊的尸首…在轻井泽玩的时候柯南他们在森林中迷路了，就住在了网球教练明石宽的家里。

但是就在那天晚上，柯南和小兰却发现了明石宽的父亲吊死在家里。警察虽然推断是自杀，但柯南还是从附近的线索里将凶手的真面目揭露出来 。但是，在关键时刻柯南却因为感冒不能发声了…

如果能阻止想要暗杀藤枝干雄的那个人的话，就能得到1千万日元的报酬，接受了这件事情的委托的小五郎，在事件解决之前居然用掉了800万日元。但是他并没有解开事件的谜题，所以分居中的妻子妃代替他去了委托人那里。在那里，刚好遇见了柯南的母亲工藤有希子…为了阻止那些企图暗杀藤枝干雄的人，妃英理去访委托人的家拜访，却在那里意外的遇上了柯南的母亲工藤有希子。

但是在看监视录象中，干雄却被杀了。虽然家中各人各有着微妙的差别，但却都有不在场的证据。在这其中，柯南在父亲工藤优作的暗示基础上揭开了事情的谜底。

有希子带柯南和少年侦探团到东都现象所去看"假面超人2 at THE MOVIE"的试映会，试映的柯南他们，在影片制作完成之前呆在制作人员穗岛的家里。然后，杀人事件发生了……观看《假面超人》的试映的时间被推迟了，在洗印员穗岛的公寓借睡着的柯南一行人。

还有同时在那里借睡的作为营业的古村被刺杀了。但是，奇怪的谁都没有听见犯人的声音。屋子里杂乱到连落足的地方都没有，加上关上电灯后漆黑一片。通过现场的状况，警察想要强行押走穗岛…