正当凶手自己承认时，有个声音说“凶手不是他!”——而说话的竟然是消失多时的工藤新一!他指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手!可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……

少年侦探团到米花图书馆看书，正好遇到来搜查失踪的馆员玉田的目暮警部。在馆内没有搜到玉田，少年侦探团夜里偷偷潜入寻找玉田。充满诡谲的图书馆中到底隐藏什麼秘密？正当他们无意中发现图书馆管长的阴谋，准备揭发其罪行时竟遭到追杀……这会是江户川柯南的最后一个案件吗？

小五郎被冲野洋子推荐参加高尔夫球比赛。为此小五郎特地一大早到高尔夫球场练习。练习中突然有爆炸声，旁边练球的公司职员被炸死了……

柯南、小兰与毛利小五郎一起去赏樱花，却因故借宿在一间寺庙里。寂静的寺庙中，传说有妖怪--雾天狗出没。果然，庙寺的住持，隔天被发现吊死于房中，由于死亡的方式非一般凶手所能做到，更使整个案情陷入迷雾。古老的传说加上鬼怪悬疑的寺庙，其中到底有何不为人知的秘密……

柯南与小兰、小五郎在悠闲散步时听到了惨叫声，赶去声音传来的公寓看时，却发现井本氏已经在阳台上死了……

满天堂公司制作了“毛利小五郎 推理之馆”的游戏并由小五郎监制，同时邀请参加在米花饭店召开的新作发表会。热闹的会场突然发生爆炸，并且有人当场遇害，柯南亲眼目睹爆炸过程，且无意间发现追查已久的黑衣组织成员也涉案其中。满目疮痍的会场，烟雾弥漫，柯南能拨开迷雾查出真相吗？