柯南等少年侦探团成员无意中发现了阿笠博士40年前收到的女孩子写来的明信片。当时，小学6年级的阿笠博士与一位害怕狗的女孩子相遇，并成为好友。但是，她匆匆留下一张写有：“每10年的11月24日在留下美好回忆的地点相见吧”的明信片后，就突然搬家了。偶然间发现今天刚巧是40年后的11月24日。柯南等人决定以明信片为线索，让阿笠博士和初恋的女孩子再次相见…

柯南及少年侦探团等人，决定为帮助阿笠寻找初恋少女，而挑战40年前留下的明信片上所写的数字暗号。大家推理认为暗号所隐藏的少女等待博士的回忆地点应该是东京动物园。虽然在园内反复寻找，但都以认错人告终。离日落只有大约1小时了，大家对2人的再次重逢死心时。阿笠却回想起少女的头发是金色的…

某日清晨，柯南等人正在观察4只青虫时，看到有警车在附近停靠，为打探消息，随即赶往现场。根据高木刑警的叙述得知，独自生活的一位老人被杀了。利用午休时间，高木等人来到学校。据说昨晚，有个少年刚巧目击了犯罪经过，随即来寻找那名少年。高木虽然找到了那名目击者圭一，但是圭一却不承认看到过犯人…

小五郎和柯南在服装租赁店遇到了化装的木岛、石川及中村。3人都是为前往一位叫梅田的女性家里参加化装派对。随后，小五郎和柯南在归途中，偶遇前方驶来的警车上的目暮警长。原来是发生了梅田被勒死后宝石被盗的案件。作为第一发现者的那3个人，说到达公寓的时候，刚好看到有个男人跑出来的证言。之后，拿走梅田宝石的男人被找到了，白川被确保…

小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人。但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…

放学后，兰发现自己的鞋柜里有封情书。之后走出校门的兰与园子，还忽然遇见了柯南。后来，柯南与和警察在一起的远野百合子打了招呼。随即，1年前死了丈夫的百合子，吐露出了空宅子里有入侵者的事。 然而，百合子家里的衣橱中的钱，被人取出一次后又归还了。询问了详情的柯南，推理出犯人是与百合子或她丈夫相识的熟人…