爷爷和岛上居民正在造一条船，海尔兄弟他们也在盖小房子。海面大退潮，人们为了捡鱼虾而浑不知海啸就要到来。海尔兄想了个办法，成功地带领大家逃到高处，躲过了海啸。

海尔兄弟在岛上发现远处的海上驶过一艘奇怪的游艇，大家一起赶去营救，没想到船却失去了控制，被小岛吸了过去。原来那里是一个磁铁岛，大家被困在岛上，连救援的直升机也不能靠近。最后海尔兄利用电磁铁的原理，成功逃离了磁力岛。

离开小岛的海尔兄弟们又继续向前行驶，却又碰上了传说中的鬼船，海尔兄带着克鲁德爬上船去看个究竟，原来这只船已经被制造毒品的犯罪团伙占领，而此时克鲁德和警方派来的缉毒队长也被绑架。海尔兄逃离幻境后，将海水引入船舱制造混乱，将二人救出，警方赶到将犯罪分子一网打尽。

大家来到了科摩多岛，克鲁德在无意中发现了一个龙蛋，而且龙蛋破壳而出，成了一只小科摩多龙，并且把克鲁德当成了妈妈。岛上有偷猎者活动，大科摩多龙受到枪伤，土著人误以为是海尔他们干的，眼看要兵戎相见，土著人看到了爬在克鲁德帽子上的小科摩多龙，开始对海尔他们顶礼膜拜。

克鲁德找到偷猎者的急救箱，给大科莫多龙包扎好了伤口，大科莫多龙发现了偷猎者的踪迹，最终偷猎者们得到了应有的惩罚。大家坐上偷猎者的热气球离开了科莫多岛。

乘坐着热气球的海尔兄弟开始了空中旅行，爷爷还向孩子们讲起了热气球飞行原理。由于要帮助水中受袭的鲸群，大伙动用了热气球上的沙袋，使得热气球上升太快，遭遇冷气流，一起空救开始了。最后大家成功地摆脱了大气泵的威胁，感慨看似平静的天空其实并不平静。