明珠战战兢兢来到武英殿，当场李玉囚禁在里面，明珠预感到事情不秒，二十一年前，索额图就是在这里把鳌拜一举抓获，当年的场景还历历在目，没想到现在他也却沦落于此，索额图带人亲自看守明珠，明珠气得咬牙切齿。明党官员聚集一起商讨对策，科尔坤坐立不安，只等着明珠回来，没想到却等到了陈廷敬和郭秀，陈廷敬拿出汤福慧招认的官员们的画像，首先把科尔坤抓起来，陈廷敬明确声明朝廷只追究明珠的罪行，其他人不予追究，还当场把他们的画像都全部烧毁。
余中堂担心科尔坤供出自己，他吓得六神无主，郭秀单独把他叫到一边，声称康熙正在审讯明珠，如果明珠把罪责都推到他身上，他将在劫难逃，余中堂拼命狡辩。陈廷敬连夜突审科尔坤，他口口声声称和明珠没有任何关系。
余中堂借口累了想出去走走，郭秀下令把他囚禁起来，等到明珠的审讯结果出来再放他走。科尔坤拒不认罪，还极力撇清和明珠的关系，陈廷敬向他讲明利害关系，科尔坤只好交代余中堂和明珠有瓜葛。索额图苦苦规劝明珠认罪，可他还是一意孤行。就在这时，宫里传出消息，贵妃娘娘驾崩了，明珠心中暗喜，康熙要准备国丧，肯定无暇顾及他，眼看六个时辰已到，明珠大摇大摆走出武英殿，索额图也不阻拦。
明珠安然无恙从武英殿出来，郭秀得知这个消息，立刻把余中堂抓到都察院，同时陈廷敬也把科尔坤关进大牢，想看过明珠的口供再治他们的罪，科尔坤的心理防线彻底崩塌，全部招认了所有罪行。明珠安全回来，明党官员误以为他全部招供，都纷纷指责他背信弃义，明珠才发现自己上了陈廷敬的当，他苦等六个时辰都没有见到康熙，显然是陈廷敬在假传圣旨，就是借此机会威逼科尔坤和余中堂招供。随后，陈廷敬亲自带来康熙的圣旨，把明珠抓进都察院大牢。康熙为皇贵妃举行了隆重的国丧，还让史官为她立传，并昭告天下，陈廷敬把科尔坤和余中堂的证词交给康熙，康熙不知道怎么处置明党的官员，陈廷敬提议全部清除，启用被明珠打压的官员接替他们，康熙为了朝政平稳，决定留下余中堂，陈廷敬和郭秀商议决定先斩后奏，坚决除掉余中堂，绝不能养虎为患。
郭秀当着文武百官参奏明珠结党营私的罪行，还列出了科尔坤和余中堂相互勾结买官卖官，康熙被逼无奈，只好当场下旨，把明珠革职法办，把科尔坤，蔡毓荣和余中堂流放宁古塔，让其他涉案官员回家自省。下朝以后，康熙狠狠教训了陈廷敬，指责他违抗旨意，先斩后奏，陈廷敬认罪可不承认有错，他还拿出了举荐官员的名单，康熙一一过目，发现还有弹劾过陈廷敬的人，被他的深明大义和宽容深深感动，陈廷敬再次提出辞官回家，康熙坚决不同意，还把皇贵妃身边的贴身女官赐给陈壮履，让陈廷敬回家好好操办婚事。
陈壮履坚决不同意这门婚事，要去找康熙退掉，陈廷敬拼命阻拦他，并为他举行了结婚典礼，陈壮履不想辜负汤福慧，故意把自己灌醉，没想到新娘子竟然是汤福慧，陈壮履激动地热泪盈眶，原来，康熙根本没有毒死汤福慧，还把她安置在皇贵妃身边。
陈廷敬夫妇心里一直忐忑不安，担心陈壮履不接受这门婚事，闹出不可收拾的局面，王瑶卿亲自到新房查看，没想到新娘子是汤福慧，王瑶卿喜极而泣。康熙连夜来到陈府，罚陈廷敬做文渊阁大学士，补上阁老之职，陈廷敬盛情难却，当场答应下来。
明珠成了一介布衣，陈廷敬买了猪肉给他送来，明珠的心态平和了许多，心甘情愿过平常百姓的日子，明珠想看看陈廷敬能不能做到不贪墨不结党，陈廷敬义正言辞声明他和明珠截然不同，然后扬长而去。
转眼间很多年过去了，陈廷敬已经辅佐康熙49年，他觉得自己年事已高，想辞官回家，可康熙坚持让他编纂《康熙字典》，陈廷敬欣然答应。陈廷敬一生宅心仁厚，拥君爱民，两袖清风，是康熙眼中"宽大老成,几近完人"的清官，也受到世人敬仰。
全剧终