1993年盛夏，成铭匆匆踏上飞往东京的航班，怀里揣着厚厚一叠整理好的资料，脑中反复默背着生涩的日文句子。为了这一次跨国取证，他已经苦学日语数年，从最基础的五十音，到专业的法律、历史用语，一点点啃下来。落地东京后，他直奔品川体育馆——那里正举行一场由山边悠喜子发起的“反省731部队罪行”纪念与取证活动。体育馆内摆满了旧照片、影像资料与幸存者证言的文字记录，空气中弥漫着一种沉重而克制的愤怒。悠喜子站在台上，声音哽咽却有力地控诉当年731部队的暴行，呼吁人们正视历史、承担责任。成铭一边用日语做着笔记，一边暗暗对自己说，这些证言必须带回去，必须变成铁证。然而还未等活动完全展开，体育馆外围骤然响起嘈杂声，相关部门的人以“活动影响不好”为由下达警告，要求立即停止集会。扩音器里冷冰冰的声音与台上激动却无奈的发言交织在一起，成铭望着被迫中止的活动，心中的愤怒与遗憾交织，他知道，自己离真相更近了一步，却也更加感到这条路的艰难。
时针从1993年猛然拨回到1941年的黑暗岁月。某日，驻地中央礼堂灯火通明，一部由小岛幸夫主导拍摄的731部队宣传片正在放映。银幕上出现的是训练有素的军人、有条不紊的实验设施，以及被精心剪辑出来的“科学进步”“为国效力”的光鲜画面，完全看不到任何阴暗、残酷的实情。礼堂里，军部高层端坐在前排，随着影片播放，时不时爆出整齐而热烈的掌声，仿佛刚刚观看的是一部振奋人心的爱国大片。然而在座位稍靠后的小岛幸夫，脸上却毫无笑意，他的目光冷冷地盯着银幕，心里生出一股说不清的厌恶与反感。那些被强行包装成“荣耀”的内容，远远偏离了他想要记录的现实。他本想用镜头呈现真实，却被迫成为谎言机器的一部分。影片结束，掌声在礼堂顶棚回荡，小岛幸夫却径直起身，悄然走出礼堂，到外面点上一支烟，在冷风中努力平复胸中的郁结。
礼堂外的走廊并不明亮，烟头一明一暗，小岛幸夫望着远处的黑夜出神。这时，一个略带犹豫的声音在身后响起，是荒川。他有些局促地走上前来，先是道谢——感谢小岛前几日出手帮忙解决了一点麻烦的小事。两人借着这份不算深厚的交情慢慢聊了起来，很快提到了一个共同认识的名字——佟长富。荒川试探着说，小岛是不是佟长富的朋友？小岛略一沉默，轻声答道：“至少，我是把他当朋友的。”这句话像是从心底挤出来的，既带着对佟长富的认同，也隐含着此刻身处敌营无法言说的无力与痛苦。两人正谈着，中留部长殿的随从匆匆跑来，带着命令的口吻说部长在礼堂中等待他们，石井四郎有话要讲。于是，尚未来得及把烟抽完的小岛，只得同荒川一起重新返回礼堂，回到那片掌声与寒意交织的空间。
当两人回到礼堂时，气氛已与刚才单纯的喝彩不同。石井四郎站在舞台中央，神情从容而冷酷。他先点名让小岛幸夫上前，询问刚才那部宣传影片的看法。小岛明白眼前之人权势滔天，却仍旧说出了近乎诚实的回答，只淡淡表示“没什么感觉”，既不称赞也不附和。石井四郎似笑非笑地看着他，随即在众目睽睽之下，把他请到舞台中央，仿佛要当众表彰这位“记录者”。在众人的注视中，他郑重其事地送给小岛一台崭新的摄像机，说是奖励与期许。但下一刻，他却冷冷地命令小岛，把镜头对准身后的幕布。随着一阵刻意营造的神秘气氛，红布被缓缓拉开，一个被两名士兵押着的人影映入众人眼帘——是川口聪，一个熟悉的面孔，在光照之下显得格外憔悴。小岛心头一紧，牙关咬得生疼，他强迫自己镇定举起摄像机，却已经隐约预感到接下来将发生的恐怖场景。
礼堂里骤然安静下来，仿佛连呼吸声都被冻住。石井四郎面无表情地从身侧军官手中接过一把闪着冷光的刀，然后缓慢走向第一排，将刀递过去。第一排坐着的是军部要员与重要军官，然而面对这一刀，没有任何人伸手接过，哪怕他们平日里言辞激烈地鼓吹战争，也在真正的血腥面前露出迟疑。空气变得愈发凝固。石井的目光扫过众人，又将刀递到荒川良平面前。荒川双手微微颤抖，脸色苍白，最终还是不敢接这把刀，他的恐惧与挣扎明明白白写在脸上。最后，是另一名军官站起，接过了刀，在所有人无处躲藏的目光中，走到川口聪身后。下一刻，刀光一闪，令人作呕的血腥喷溅开来，川口聪的头颅滚落在地，顺着倾斜的地面，竟一路滚到荒川的脚边。荒川几乎被吓得说不出话，而站在舞台上的小岛，耳边嗡嗡作响，却仍然被石井冷冷命令：“继续拍，下去，把头颅的特写拍清楚。”他像被拧紧的机器一般机械地走下舞台，将镜头对准那具残缺的躯体与血染的地面，把自己也一步步推入无法回头的深渊。
血腥场面并未就此结束，反而成为新的开端。不久之后，石井四郎亲自带着小岛幸夫，前往所谓的“鼠疫弹车间”。那里灯光惨白，室内堆满了数不清的鼠疫弹壳与复杂装置，空气中弥漫着消毒水与金属味道。一眼望去，仿佛走进了一个冷酷而精密的屠宰场，只不过屠宰的对象是无形的生命与无辜的人。石井在一排排鼠疫弹前驻足，语气轻描淡写地提及军部的预算：昭和四年，军方建造一艘战舰的花费，足以让他在中国再建三个“731”。那是一种毫不遮掩的骄傲，他认为自己的“事业”甚至比钢铁舰队更有价值。随后，他像在炫耀一件巧妙的艺术品一样，说起自己主导研制的鼠疫炸弹，在他眼里，真正的终极武器不是坦克大炮，而是肉眼看不见的细菌。一锅携带霍乱弧菌的米汤，一群感染鼠疫杆菌的跳蚤，就能轻易切断一支军队的后勤线，悄无声息地夺去无数生命。小岛一边举着摄像机，一边听着这些话，心中愈发沉重，他明白镜头所记录的不仅是装备，更是某种被制度精密包装的疯狂与罪恶。
与此同时，在冰冷的实验基地之外，哈尔滨的街道依旧日复一日地运转着。佟长富按照钱爷提供的另一条线索，由陆增友带着，来到城中有名的青楼“荟芳里”寻人。那里灯红酒绿，笑声喧闹，烟雾缭绕，与731部队阴郁的实验场形成了鲜明对比。佟长富心中惴惴，只盼着能在这纷乱的环境中看到失散的妹妹佟玉兰的身影。龟公一脸生意人的精明腔调，把最后三个姑娘称作“清倌”，强调都是“好货色”，看一眼都得交定金。他把姑娘们一个个领出来，却没有一个是佟玉兰。佟长富眼里闪过失望与焦躁，陆增友也满心不耐，觉得龟公是故意趁机讹钱，一怒之下与龟公起了冲突。结果两人被青楼打手一顿拳脚，狼狈地被赶到街上。夜风一吹，身上的疼痛反倒不及心里那股悬而未决的空落。该找的地方几乎都找遍了，熟人能问的也问了，可玉兰依然杳无音讯，仿佛在人群间凭空蒸发。
站在昏黄的路灯下，陆增友揉着脸上的淤青，半是抱怨半是无奈地说出一个可能性：会不会是被日本人抓走了？这话像一块冰冷的石头，重重砸在佟长富心头。他起初本能地想否认，但细细一想，近来城中频频有人失踪，尤其是年轻、体壮者，不少人悄无声息地被带走，再无消息传回。731部队那边也一直有传闻，说那里需要大量的“材料”和“马路大”。陆增友这话一出，仿佛撕开了一条缝，将佟长富心中最不愿直面的可能暴露出来。野有可能——他在心中默念着这几个字，眼神逐渐变得阴沉而坚决。既然在市井之中无论如何也找不到玉兰的踪影，那么视线就只能转向那座笼罩在阴影里的单位，他隐隐感觉，妹妹的失踪，很可能与731部队脱不开干系。
自从亲眼看见川口聪被当众处决的血腥一幕，荒川的精神就像被人紧紧攥住，每晚一闭上眼，眼前便会重现那颗滚到自己脚边的头颅，他在梦中一次次惊醒，身上湿透。某个深夜，他再度从梦魇里挣扎出来，心跳如鼓，便下意识地往洗衣房跑，想用冰冷的水冲散脑中的血腥画面。走廊里安静得异常，他脚步匆匆，却在拐角处被结束任务归来的高桥明彦叫住。高桥看出他的不对劲，却只淡淡地说，吉村教授那边有个“画面”需要记录，让他天一亮就过去。那语气仿佛是在安排一次普通的工作任务，可荒川心里隐隐不安。翌日清晨，他按指示来到吉村处，所谓“画面记录”，其实是要他把实验的关键过程以绘画方式记下，以便之后归档。荒川一边画，一边听吉村和其他人交流，从他们不经意间的对话中，他捕捉到一个地名——“安达演习场”。这个名字让空气都冷了一度，他意识到，又有一批实验即将展开，而且规模不小。
没过多久，石井四郎果然下达命令，为了验证鼠疫炸弹在极寒环境下的传染效果，要将一批被称作“马路大”的俘虏送往安达演习场进行实地试验。在这一批人中，标号909号格外引人注意——他和其他人一样，被剥夺姓名，只剩下冰冷的数字身份，却在荒川的目光里多出了一层沉甸甸的重量。按照既定“流程”，这些马路大往往会在衣袖里悄悄藏入锋利的刀片，作为最后可能的反抗手段，或是保留一点微弱的尊严。然而当车门关闭，押送车缓缓启动时，荒川却悄悄发现，这一次909号等人衣袖中竟然什么都没有，没有刀片，没有任何能反抗的工具。他心中一沉，这意味着他们连最基本的“反抗幻想”都被剥夺了，只能像待宰牲畜一样被送往寒冷荒野。
随着军车一路晃晃悠悠地驶向基地大门，荒川坐在车内，脸色愈发难看。他透过车窗看向909号那张略显憔悴却仍试图保持镇定的脸，眼中满是复杂情绪：有愧疚、有怜悯，也有无力感。他知道自己只是机器的一颗螺丝，自保尚且艰难，却又无法对这批活生生的人视而不见。车队开到南门入口时，一道熟悉的身影突然出现在道路一侧，是佟长富。他肩上扛着一筐红彤彤的苹果，是特意送来给基地做零星生意的。他一边与守卫周旋，一边试探性地打听妹妹的下落，话还没说几句，就被粗暴地推搡开。苹果筐在混乱间翻倒，圆滚滚的苹果滚得满地都是，偏偏就滚到了车队必经之处，硬生生挡住了前进的道路。士兵们纷纷下车，到前方去驱赶佟长富、清理路面，一时间前方吵闹，后方却出奇安静。站在车尾附近的荒川注意到了一个细节——车尾门因为粗心没有锁好，909号等人就近在咫尺，只隔着一道半掩的车门。
那一刻，时间仿佛被拉长。荒川站在车尾，耳边能听见前方士兵呵斥佟长富的声音，也能听见地上苹果滚动的轻响。他只要伸出手，就可以顺势把车门拉开一点，再退后半步，那么被挤在车厢里的909号等人，也许就能抓住这个转瞬即逝的机会逃向人群与街巷。可与此同时，他也明白，这个动作一旦被察觉，他将立刻被视作叛徒，面临的后果甚至不会比那些“马路大”更好。他握紧又松开手，额头冒出细密的冷汗，懊悔与恐惧在胸口翻涌。车厢里，909号透过缝隙望着他，眼神中既有祈求也有理解。荒川在那对目光里几乎喘不过气，他知道自己已经被逼到一个必须做出选择的关口——继续装作什么都没看见，只做一个麻木的记录者，还是冒着丧命的风险，为眼前这些被编号取代姓名的人，做出唯一也许稍纵即逝的伸手。
而在多年之后的1993年夏天，品川体育馆中被突然终止的纪念活动，与1941年礼堂里被强迫记录的血腥场面，在时空中奇异地重叠在一起。成铭在东京奔走取证，他手中的笔与录音设备，就像是小岛当年不得不举起的摄像机，却意图把真相带往另一个方向。他面对的是否认、遮掩与冷漠，而小岛面对的是威压、暴力与屠杀。两条时间线上的人物，被同一段罪恶历史牵连在一起，每一个人的选择都显得分外沉重——有人在罪恶中麻木，有人在恐惧里挣扎，有人在绝望中等待一线生机，也有人试图在半个世纪之后，用真相和证据，替那些被编号、被灭口、被遗忘的人，再说一句话。历史的指针周而复始地转动，却从不真正远离那些血腥的记忆，只是等待有人有足够的勇气，去揭开被刻意遮蔽的幕布，让尘封的真相重新浮出水面。