1996年盛夏，从事跨国取证工作的金成铭再次踏上日本国土，他此行的一个重要目的，就是前往京都大学追寻真相的源头——这里曾是臭名昭著的细菌战主谋石井四郎的求学之地。漫步在这所名校宁静而肃穆的校园里，金成铭在一间陈列室里，看到了那张在许多资料中被提及、却从未亲眼见过的石井四郎照片。照片上的男人西装笔挺，目光阴鸷而冷漠，和那些受害者口述中的“魔鬼军官”形象交织在一起，让金成铭心中一阵发冷。那一刻，他更加坚定了要将这段被刻意掩埋的罪恶历史完整呈现在世人面前的决心。京都的阳光透过窗棂洒在照片上，也落在他略显疲惫却依旧专注的脸上，仿佛在无声提醒：历史从未远去，只是被隐藏在光影交错的角落之中。
时间推移到1996年的秋天，校园从夏日的繁盛转入萧瑟。金成铭受邀在京都大学的体育馆进行一场关于731部队罪行的公开演讲，试图通过档案、影像与口述证言，还原侵华细菌战的真相。然而，演讲才刚进入核心部分，一群早有准备的激进分子突然冲进体育馆，高声叫嚷，举着标语指责他“侮辱祖国”“抹黑先辈”，试图以所谓的“爱国”话语为战犯洗白。面对这些粗暴的阻挠和嘲讽，金成铭并未与他们针锋相对，只是尽力维持秩序，坚持把已准备好的材料讲完。但现场局面很快失控，激进分子强行中断活动，将他驱赶出场。这场不欢而散的演讲，却让他更加清楚地意识到，真正的阻力从来不只是档案缺失和证人流散，还有那些被洗脑多年、拒绝面对历史黑暗面的人们。想要让真相被承认，他必须承受更多的冷眼甚至攻击。
与此同时，多年前留下的另一条线索，也在黑土地上缓缓展开。当初川口聪仓皇出逃时，匆忙间遗落了两瓶来历不明的毒药。负责打扫和收拾的桂芬见状，大气不敢出一口，她清楚这些东西绝不寻常，也不敢随意丢弃，生怕惹来杀身之祸，只能小心翼翼地将其藏好。后来谈及如何帮助三名急需离开的地下抗联人员脱身时，玉兰提到，她认识一个值得信赖的人，可以帮忙把人安全运出去。佟长富听得半信半疑，追问之下才恍然大悟——原来玉兰口中那个“靠谱的人”，竟是平日里看起来老实憨厚、沉默寡言的陆增友。玉兰还说起，陆增友曾冒着风险，帮她运过一名重要的抗联战士赵泰宁，那次行动虽然有惊无险，却也让她对陆增友的胆识和义气心存敬佩。随着这些零碎信息拼接起来，一条关于毒药、潜伏与营救的暗线在黑暗里慢慢显形。
另一边，在阴云密布的731部队内部，小岛幸夫的命运也在悄然转折。与许多同僚被无声抹去不同，他竟幸运地“全须全尾”离开了这个人间炼狱般的部队。然而在离开以前，他已经敏锐地察觉到：每天出入基地、收取泔水和垃圾的那个老头，不只是普通的杂役，很可能还是一个暗中往外转运物品的关键人物。同样，他也留意到摄影班的高桥明彦经常以零碎物件换取小利，极有可能会把一些“看不出来价值”的东西偷偷卖给那位收泔水的老头。洞悉这一点后，小岛幸夫下定决心冒险一试，将记录731部队罪证的胶片藏进装废液的瓶子里，再托严炳瑞从那个老头手里把装有胶片的瓶子悄悄买回。这个看似简陋的转移方式，却是他在高压监控下，所能想到的唯一缝隙。
胶片辗转回到手中后，小岛幸夫和严炳瑞立刻赶到临时搭建的简易剪辑室。两人关上门窗，屏住呼吸，从看似无害的废液中小心地取出胶片，迅速进行冲洗。暗房里红光幽暗，药水味弥漫，影像在水槽中一点点浮现出来——那些惨不忍睹的人体实验场景，被定格在一帧帧胶片之上，真实而残酷。小岛幸夫看着自己的作品，心情极为复杂，他低声说，这部片子由他亲自导演、剪辑，一旦公开于世，他必定会被日本当局视为“卖国贼”，今后再也没有回国的可能。说到这里，他的声音中透出深深的惶惑和恐惧。严炳瑞却拍着他的肩，让他不要一个人扛着这份沉重的压力，郑重其事地表示：无论发生什么事，只要他开口，自己都会尽力相助。在这个充满阴霾的时代，两人之间难得建立起一种超越国籍的信任与牺牲。
哈尔滨城中的月华口琴社，本是年轻人聚会、交流音乐的去处，氛围轻松而自由，却在日军的高压统治下迅速变了味。某天，日本宪兵不请自来，径直闯入口琴社，以所谓“例行检查”为由，翻箱倒柜，最后粗暴地将老板周子盈押走。对外的说法则是周子盈“偷电”，犯下经济罪行，似乎只是一桩普通的盗电案件。然而知情的人都明白，这不过是掩饰真相的幌子，真正的原因是当局已经怀疑口琴社背后藏有地下联络点。玉兰本打算替人给口琴社送一封重要的信件，心中不安，便提前到附近踩点，观察动静。偏偏她踏入周围不久，便撞见日本人设伏抓人，幸亏那时她身上并没有携带那封信，否则不仅口琴社的网络会彻底暴露，她自己也将再无全身而退的机会。这场虚惊，让她更清楚了敌人的手段与残酷，也让每一次传递情报都变成在刀尖上行走。
经过一番周密筹划后，小岛幸夫带着那卷记录罪证的胶片，准备悄然离开哈尔滨。他小心翼翼地把胶片藏在行李中，试图以普通旅客的身份混入人群，从火车站乘车离去。车站人声嘈杂，汽笛鸣响，他站在检票口前，手心不断渗出冷汗。就在他以为一切即将顺利时，中留部长殿突然现身，将他拦在检票口外。那一刻，小岛幸夫心中猛地一沉——对方的出现，显然不是巧合。果然，中留部长殿转达了石井四郎的命令：立刻将小岛幸夫带回731部队。岸边尚未远离，深渊顷刻张开，他原以为已经脱离魔窟，却被人硬生生拉回到那片充满恶臭和血腥的土地上。
重返路上的每一步，小岛幸夫都紧绷着神经，因为胶片就藏在他的行李之中。只要日本兵打开箱子仔细搜查，那些记录着罪证的影像就会暴露无遗，他不仅会立刻死无葬身之地，还可能牵连到严炳瑞等一系列帮助过他的人。而石井四郎也绝非寻常上官，他极擅长用看似冷静理性的语言蛊惑人心，善于把极端暴行包装成“为了国家发展”“推进医学进步”的伟大事业。面对小岛幸夫，他不断施加心理压力，一会儿用“军人的忠诚”“民族的利益”鞭笞他的良心，一会儿又用“叛国者的下场”“家族的耻辱”威胁他的未来。语言如同一根根无形的鞭子，狠狠抽打在小岛幸夫脆弱的神经上，逼得他当场崩溃，涕泪横流，几乎站立不稳。即便在那次检查中，他的行李最终没有被翻检，胶片侥幸逃过一劫，但他的心理防线此时已被彻底击溃。
这一夜之后，小岛幸夫再也无法安睡，他被恐惧、内疚与无助反复撕扯。他一方面明白那卷胶片的意义——一旦公诸于世，将成为审判731部队和日本军国主义的重要物证；另一方面，他又被“卖国”“叛徒”“无家可归者”的阴影死死压住，想到父母乡邻，想到自己在日本成长的身份，他难以承受这种身份与道德的撕裂。最终，在极度痛苦和绝望的情绪驱使下，他做出了一个令自己终身悔恨的决定：亲手将那唯一一卷胶片投入火中。火焰舔舐胶片，影像扭曲、融化，伴随着刺鼻的焦糊味，一段无可替代的罪证就此化为灰烬。小岛幸夫看着火光，仿佛看见自己残存的勇气和良知一同被焚烧殆尽。他明白，这不仅是对历史的背叛，更是对未来可能伸张的正义的一次自我拆毁。
与此同时，在冰天雪地的黑龙江边缘，另一条命运之线正走向无法挽回的悲剧。佟长富多次登门，对陆增友软磨硬泡，希望他帮忙再“拉一趟人”。陆增友是个厚道的车夫，早年吃过不少苦，本不愿再趟这浑水，但拗不过佟长富一次次的恳求和玉兰的托付，更难以无视那些背后承载的性命。那天夜里，大雪纷飞，天地间一片白茫茫，寒风如刀。出发前，长根的母亲站在门口，拉着儿子的手千叮咛万嘱咐，泪水模糊了视线。她明知这趟路充满危险，却又别无选择，只能含泪目送儿子在雪夜中渐行渐远。到约定地点时，陆增友看到竟然要拉三个人，顿时脸色大变，觉得风险远超预期，坚决要退缩。佟长富只得苦口婆心劝说，告诉他这是救命的事，其中一名青年更从怀里掏出母亲留给他的戒指，希望以此表明孤注一掷的决心。
戒指在雪夜里反射出暗淡的光，那不仅是一个简陋的抵押物，更是一个家庭希望的象征。面对这份沉甸甸的托付，陆增友终于抹不开情面，也压不下心底那点良善，咬咬牙答应了这趟极其危险的“人货”。谁也没有想到，这次本以为只是一次格外小心就能安全完成的转运，最终竟会成为他人生的绝路。车队在飞雪中缓缓前行，马蹄踏出一串串暗色的印记，车厢里的人屏住呼吸，不敢多言。好在一路上他们有惊无险地通过了起点检查，让众人悬着的心略微放下一些。然而灾难往往就潜伏在他们以为“差不多安全了”的那一刻。
当车队抵达终点附近时，却突然遭到日军盘查。日本兵冷着脸命令停车，开始逐辆搜查。眼看就要轮到陆增友的车，车上藏着的三个人更是紧张到几乎喘不过气来。就在这节车厢即将被重点检查时，另一个日本兵突然从后面一辆车的座椅底下搜出了大量违禁药品。突如其来的发现令局势骤然转向，那名兵士立刻以“运送违禁药物、涉嫌走私”为由，当场将手握缰绳的陆增友枪杀。枪声在雪地里炸响，血花溅在洁白的雪上，刺目而残酷。日本兵随即堂而皇之劫走那批药品，将这次杀戮伪装成一次“查获违禁品”的军功，而陆增友只不过成了一个可以随时抹去名字的牺牲品。三名被运送的人眼睁睁看着车夫倒下，却连吭声都不敢，只能把愤怒和悲痛强行压回胸腔。
经此一役，几人明白，继续坐在车上只会成为待宰的羔羊。他们一波三折地躲避搜查后，开始低声商量着是否要在途中跳车逃生。然而他们发现身后还紧跟着一辆日军的车，一旦轻举妄动，就有可能被当场击毙。进退维谷间，几人越发紧张，心跳快得仿佛要冲出胸膛。他们一不做二不休，逐渐倾向于搏上一把，用生命赌一次突围的机会，就在这时，佟长富忽然听到不远处传来异常的鸟叫声，那是抗联战士之间约定的联络暗号。他还没完全反应过来，紧接着便是一阵密集的枪声响起，寒夜被火光和硝烟撕裂。不多时，枪声骤然平息下来，雪地上只剩断断续续的回声。
佟长富攥紧手中的斧子，小心翼翼地下车查看，心里一边盘算着可能遭遇的突发情况，一边警惕四周。一阵紧张的静默后，他终于在路旁看到几个身影自林间现身，那是身披棉衣、手持长枪的抗联战士。他们用行动为这辆车扫清了路障，也为车上几条被追杀的生命打开了一条生路。此时的雪夜，依旧寒冷刺骨，但在这片白茫茫的天地间，仍有不肯屈服的抗争之火在暗处悄然燃烧。陆增友倒在大雪里，再也无法起身，他的牺牲却为更多人的生还铺就了一条血路；而远在他乡的金成铭、小岛幸夫、严炳瑞等人，也在各自的时空里，继续和遗忘、谎言以及恐惧较量。一个时代的真相，正是在这些分散的命运、交错的善恶与牺牲之中，渐渐变得清晰而不可回避。