2000年春天，哈尔滨近郊，已成历史伤痕的731毒气地堡遗址上，挖掘机的轰鸣声打破了长久的寂静。某施工队奉命在此施工，企图在这片曾经血迹斑斑的土地上修建新的建筑。金成铭作为研究731历史多年的学者，也是这片遗址的守望者，匆忙赶到现场，坚决要求停工。他挡在机器前，语气近乎激烈，认定任何破坏遗址的行为，都是在破坏证据、抹去真相。施工队负责人被他的态度激怒，拿出三年前政府部门批准施工的正式文件，声称一切合规合法。然而金成铭不为所动，他清楚，这种程序上的“合规”，很可能意味着历史记忆被悄无声息地掩埋。他以一己之力与施工方僵持，眼看冲突一触即发，山边悠喜子的出现，才打断了这场对峙。
山边悠喜子是一位日本女性学者，多年来致力于追查731部队的罪行。她从远方赶来，不只是为了这次挖掘，也是为了带来一份关键的材料。她从包中郑重取出一篇泛黄的日文论文，那是战时一名日本军医留下的内部资料，纸页上印着当时关东军的编号和军章。那不是普通的学术论文，而是731部队内部关于细菌武器运用效果的总结报告。金成铭一眼就看出，这些编号和军章足以证明论文的官方属性，意味着这并非孤立的个人记录，而是军队内部文件的组成部分。结合此前幸存者的证言、现场遗留的器具、残缺的照片和口述史，这份材料终于让证据链形成了相对完整的闭环——它可以证明关东军确实使用过细菌武器，并且与731部队有关。
然而，金成铭和山边悠喜子都非常清楚，这一步还远远不够。眼前的材料，可以证明侵略者在中国战场上大规模使用细菌武器，却仍无法在法律意义上彻底坐实“人体活体试验”这一最为骇人听闻的罪行。证据的拼图依然缺了一块——那块最关键、也最残酷的一块。他们需要的是直接指向活体实验对象、实验过程以及实验结果的数据记录，要的是能在法庭上经得起推敲的文书、名册、原始档案。而这块拼图，藏在半个世纪前的战争阴影中，藏在无数冤魂的哭喊里。镜头在此骤然一转，故事被带回到1942年的黑暗年代。
1942年元旦，冬雪封地，东北寒风刺骨。佟长富推开吉川贸易公司的门，表面上是来拿货的普通供货商，实际心中却怀揣着惊险的计划。他趁人不注意，在一箱苹果中悄悄掺入毒药，准备以此报复一再残害同胞的日本人。这些苹果，是他冒着生命危险布下的“毒刺”。同一时间，家中另一端，太奶、玉兰带着怀有身孕的桂芬，准备赶车出门。车票来之不易，是佟长富拿命换来的，他们必须在规定时间搭上车，完成秘密任务，将隐藏着巨大机密的东西送出这片危地。
然而命运从不肯轻易放人一马。赶路途中，桂芬突然觉得腹中绞痛，满头大汗，气息紊乱，看上去似乎要提前临盆。按照正常情况，她根本不该在此刻生产。桂芬忍痛说自己还差着日子，不该这么快，可身体的反应却不容否认。车票在手，时间紧迫，玉兰进退维谷。若是折返，任务恐怕无法完成；若是硬撑，桂芬则有性命之忧。经过短暂的犹豫和痛苦的抉择，她咬牙决定继续赶路，把个人安危暂时压下，只求能完成肩头那份关于民族命运的重任。
车辆途经一片俄侨墓地，残破的墓碑在寒风中如同无声的见证者。就在这片死寂的土地上，她们遇到了巡逻的日本兵。其中一名日本兵认出了玉兰，眼中的警惕瞬间升起，命令她们停车受检。局势突变，一旦她们随身携带的东西被发现，所有人都将立刻暴露。扭打与推搡之中，玉兰背上的包被粗暴地扯落在地，摔开后，从中滑出一本厚重而不起眼的册子——那正是记载着大量中国人姓名、编号、去向的“特别名录”。这是牵连无数性命的死亡名单，也是日本人秘密运送、关押、实验中国人的证据汇总，一旦被敌人夺回，一切将前功尽弃。
危急存亡之际，真正改变局势的是平日看似只是年老长辈的太奶。她出人意料地展现出惊人的果决与勇气，从怀中抽出早已藏好的箭，以迅雷不及掩耳之势刺入一名日本兵的要害。鲜血喷涌间，敌兵几乎来不及惨叫就倒地身亡。趁另一名日本兵愣神的瞬间，她顺势夺过其腰间的手枪，反手就是一枪，将其当场击毙。枪声在墓地间炸响，如同沉睡亡魂的呼喊。短暂而激烈的暴力换来了生路，太奶立刻催促玉兰和桂芬绕道离开，不给任何人反应的机会。她们拖着沉重的身体和满心的惊恐，带着那本特别名录，在寒风中艰难奔逃。
另一边，佟长富把掺了毒的苹果送至日本人控制的仓库，他原以为这次如往常一样，交货便可离开，却没想到噩梦正悄然展开。成田一男——驻守731的日本军官，当场宣布要给所有中国送货人“发福利”，命人将他们全部带进731部队内部，声称要给他们发“奖品”。佟长富隐隐感到不安，试图找借口离开，却被身后的日本兵用枪指着后背，逼迫他跟随人群踏进那座阴森的建筑。那是一个恶魔聚集之地，是无数人有去无回的死亡工厂，他却在此刻成为其中一名被牺牲的“样本”。
731部队内部灯光惨白，空气中似乎隐隐带着消毒水与血腥味的混合气息。日本人端出一碗碗热气升腾的肉汤，笑意温和，言语里满是虚伪的关怀，仿佛真是在给这些劳苦的中国人“犒劳”。佟长富心中忐忑，眼前这一切过于反常，他端起碗，只觉得喉咙发紧，肉汤在口中失却味道。他低声询问成田一男：什么时候能离开？成田却仿佛没听见一般，只是继续维持着那副假笑，不置一词。沉默本身，便是答案。
此时，太奶一行人正驱车返回偏脸子村。寒风愈发刺骨，而桂芬再也撑不住，剧烈的阵痛如潮水般一波波袭来，羊水在冰冷的空气中破裂，血与水染红了地面。无路可退，她们只能就地为桂芬接生。荒凉的路边成了临时产房，旧棉衣、破布、颤抖的双手，构成了一个新生命降临时最原始的场景。在震耳欲聋的痛呼中，一个婴儿被艰难地接了出来，这个孩子的诞生，与不远处正在酝酿的死亡阴谋，形成了残酷的对照。
与此同时，731部队内正在举办所谓的“士气鼓舞大会”。荒川良平，一名曾参与731工作的日本军医，被安排作为第一个上台朗诵“绯句”的人选。所谓绯句，本是用来歌颂“皇军功绩”的短句诗，要求语气昂扬，内容充满忠诚与杀伐的荣耀。然而，当荒川走上舞台，看着台下整齐排列的军人，又想起自己亲眼目睹的一具具中国人尸体、一个个惨死的实验对象，他内心的恐惧、悔恨和罪恶感终于达到了临界点。
就在所有人等待他高声吟诵赞歌的瞬间，荒川豁了出去。他的声音有些颤抖，却字字清晰，不再是虚伪的赞美，而是用短句、诗行控诉731部队的罪行。他提及细菌武器、活体实验、无辜平民，短短几句，便像刀子一样刺破了这座基地表面的平静。台下的日本军官们先是一愣，随即脸色铁青。石井四郎——这座活体实验魔窟的主宰者，手一挥，让人立刻将荒川控制，命令士兵按住他，将他粗暴拖离舞台。然后，他像什么都没发生过一样，继续用慷慨激昂的语句鼓吹所谓“皇军精神”，压下刚刚掀起的良知波澜。
短短时间内，那碗看似普通的肉汤开始发挥效用。被强迫饮下的中国人一个接一个口吐白沫，身体抽搐，脸色蜡白，随后失去意识，倒地不起。恐惧、惊呼、怒骂交织成一片地狱般的喧嚷。黄创站在舞台附近，亲眼看着这一切的发生，在人性和恐惧中撕扯。他拼命朝佟长富的方向大喊“跑”，试图在最后时刻提醒这位曾共同抗争的同胞逃生。然而毒性猛烈，佟长富的双腿已经发软，他挣扎着想要迈步，却只走了几步便倒在冰冷的地面上，眼睛大睁，直到死去也没能闭上——那是不甘、不舍，更是不愿就此认输的眼神。
在生命的最后片刻，时间仿佛倒转。佟长富曾急匆匆从家中离开，后来又跑回去，只为告诉妻子一件事——孩子的名字。他说，若是这次他们能挺过去，就叫这个尚未出生的孩子“佟复来”。“复来”二字，既是对生命的期盼，也是对故土、自由与尊严“重新回来”的希冀。他告诉妻子，总有一天，春天会再度来临，燕子和大雁还会飞回来；等孩子长大，或许他们也能“回来”，把现在被逼迫丢掉的一切，统统找回来。他的生命虽止步于那个寒冷的日子，但在他倒下的同时，与桂芬孕育的另一个生命在路边呱呱坠地——这既是血脉的延续，也是记忆与抗争的延续。
荒川良平在被押走后，彻底对日本军国主义和731部队死心。他亲眼看到成田一男命令士兵，将一具具被残害的中国人尸体像垃圾一样抬起，扔进一个巨大深坑。那是无数无名亡魂的集体坟墓，也是一口吞噬良知的黑洞。荒川再也无法逼自己视而不见，无法再用“服从命令”来麻醉自己。他找到那箱被投毒的苹果，拿起其中一枚，毫不犹豫地咬下去。剧毒顺着食道蔓延，他缓缓走到佟长富冰冷的尸体旁，静静地躺下。当毒性发作时，他的身体剧烈抽搐，视线一点点模糊，他最后所看到的，是那个张着眼睛倒在血泊中的中国人，仿佛在无声地质问，也仿佛在无声地指证。
战争的硝烟终有一天会散去。日本宣布投降之后，东北的天空依旧阴沉，却多了一丝压抑后的沉寂。幸存下来的玉兰，始终紧紧保存着那本“特别名录”。她明白，这不仅仅是一叠纸，而是无数冤魂的名单，是将来追讨血债、寻求公正的凭据。时机成熟后，她终于鼓起勇气，将名录寄出。经过漫长的辗转流转，特别名录被送入黑龙江档案馆，静静地躺在一摞摞尘封档案之间，等待着有人将它重新唤醒。
时间推进到2000年，正是金成铭在黑龙江档案馆里，一箱箱、一卷卷翻检旧档案时，发现了这本特别名录。他的手在翻页时微微颤抖——那些生僻的姓名、密密麻麻的编号、标注简略去向的记录，与他多年来收集的证言和碎片资料遥相呼应。这份名录终于与山边悠喜子带来的论文、与老人的口述、与现场遗存形成了一个关键的证据网络。它证明了这些被编号的人被秘密送往特殊地点，许多号码最终停留在与731相关的设施中。自此，731部队对中国人进行人体活体实验的铁证多了一块极具说服力的支点。
2002年，关于731受害者的诉讼在日本再次开庭。原告方历经多年奔走，终于将证据一一呈上——幸存者的证言、档案馆的记录、特别名录、军方论文以及多国学者的研究成果，共同勾勒出一幅无法否认的历史图景。面对如此充足的证据，日本政府的辩护词显得异常苍白。他们在事实面前词穷，再难用“证据不足”来轻描淡写。然而，令人愤怒的是，主持案件的法官却以各种荒唐的理由驳回了原告的全部诉求：或者以“程序问题”推诿，或者以“时效性”为由拒绝承认国家责任。法律的天平在政治压力面前倾斜，正义在堂而皇之的仪式感中被搁置。
走出法院时，山边悠喜子对金成铭感慨，一个国家要承认自己的错误，是何其困难。她清楚，这不仅是法律问题，更是整个社会是否愿意直面历史、放下虚伪荣耀的选择。但她也坚信，历史的真相不可能被轻易掩埋。档案可以被锁进库房，判决可以偏向强者，政府可以三缄其口，可时间会一遍又一遍地提醒后人：曾经发生过什么。她说，日本政府总有一天要面对这一切，总有一天要为此付出代价，遭到历史与良知共同的审判。
时间的指针跨过新世纪，来到2024年夏天。731遗址早已不再是军事禁地，而成为揭露侵略罪行的历史现场。炽烈的阳光洒在陈列馆的灰墙上，也照在参观者各异的脸庞上。这一天，一个日本人专程来到731遗址，明确表示自己是来谢罪的。他不是政府官员，也不是外交代表，只是一位背负着历史负疚感而来的普通人。金成铭接待了他，带他在遗址中缓缓而行，从展厅到遗迹，从记录板到残存建筑，一一讲述当年发生的惨剧。他没有刻意放大仇恨，但也没有对任何细节有所遮掩，因为真正的和解，建立在面对真相的基础上，而不是遗忘。
在众多参观者中，有一位步履蹒跚的耄耋老人，她正是当年路边出生的那个孩子——佟长富与桂芬的女儿，佟复来。此时，她早已满头白发，脸上刻满岁月和苦难留下的痕迹。父亲被731残害，成为那无数无名尸体中的一员；而她，在漫长的人生中，一直在等待一个时刻——等待加害者所在的国家，能在阳光下说出“错了”这句话。当她看到那个从日本而来的谢罪者，在遗址前低头鞠躬、流泪道歉时，心中积压了一生的沉重仿佛稍稍松动了一些。那并不代表所有的伤痛都被抚平，也不意味着历史就此翻篇，但至少，在父亲被杀害七十多年后，终于有人以一个日本人的身份，站在这片土地上，为当年的罪恶表达羞愧与悔恨。
对佟复来而言，这一刻像是遥远誓言的兑现。父亲曾盼望“春天会回来”，而现在，对她来说，这个迟到的道歉就是另一种意义上的春天——是真相被更多人看到，是记忆被代代相传，是加害国后人愿意直面黑暗的开端。她的眼角泛着泪光，轻声念出父亲的名字，仿佛在告慰那早已冰冷的英魂：你没有被遗忘，你的血没有白流。
故事在这里落下帷幕，却并不意味着终止。金成铭依旧在遗址与档案之间奔波，继续搜集和整理那些残缺的史料；山边悠喜子仍在日本社会中奔走呼吁，希望更多人愿意正视这段历史；无数像佟复来一样的普通人，在默默守护着家族记忆，不让亲人的遭遇被时间吞没。历史有时沉默，却不会失声；正义可能迟到，却从未真正缺席。全剧在这迟来的谢罪与仍未结束的追问中缓缓终结，留给观众的，是对战争、记忆、责任与和解的长久思索。