除了成田一男，肯答应开口回忆那段岁月的老兵，如今已经一个接着一个走完了人生最后的路。档案在尘封，记忆在消退，目击者的生命也在时间的洪流里逐渐熄灭。山边悠喜子看着成铭的眼神里，有一种说不清的沉重，她缓慢而郑重地提醒他：要翻动五十年前的历史，不可能只是翻几页旧纸那么简单，那是要跟许多人的创伤、隐秘甚至罪恶正面相对。可成铭比任何人都清楚，越是艰难，越不能停下，因为再等下去，证据会一点点消失，人证会一位一位离去，那些曾经真实存在的苦难就会彻底被时间埋葬。两人正准备告辞时，屋里突然传来拖沓的脚步声，成田一男颤巍巍地跑了出来，气喘吁吁地叫住他们，把当年小岛幸夫送给他的那把胁差郑重地交到成铭手里。这柄小小的武士短刀，像是从战火中流转而来的实物证言，透过冰冷的金属，把久远的1941年秋天，再一次牵连回现实。
那是一个风已经带上寒意的秋日傍晚，佟家村四处弥漫着将冬未冬的荒凉气息。佟长富从屋里出来，抬眼就看到佟玉兰鬼鬼祟祟地往外走。她没有照常去井边打水，也没有去地里查看庄稼，而是一路往村外偏僻的野林子钻。佟长富心里一惊，立刻放下手里的活计，悄悄跟了上去。那些日子里，日本人的通缉令贴得到处都是，上面写得清清楚楚：藏在附近山林里的，很可能是所谓的“土匪”或“逃兵”。在日本人的话语里，那些人被污名成威胁与祸患，可在佟长富心里，他更清楚那里躲着的，很可能是被逼到绝境、只求活路的穷人。可不管怎样，玉兰一个姑娘家贸然往野林跑，实在太危险。眼见她就要钻进林子深处，他赶紧出声叫住她，粗声粗气地问她想干什么，嘴上却不自觉透出紧张。玉兰支支吾吾，眼神往林子里闪躲，正当两人僵在那里时，一个压低的声音从树林深处传来，叫出了佟长富的名字。那是长根。
佟长富顺着声音找过去，才发现玉兰不是一个人乱跑，而是暗中给人送吃食。林子里躲着的，是长根以及另外两名满脸憔悴的年轻人。他们衣衫破烂，脸上晒得蜡黄，眼神却带着刚从死地爬出来的不安与警觉。佟长富又惊又疑，一边斥责玉兰胆子太大，一边赶紧把几人领回自家院子。长根的娘一看到儿子，先是愣住，随即失声痛哭，扑上前一把将他抱住，嘴里连“活着就好”都说不完整。等情绪稍稍平复，长根才断断续续地说出真相——他们是从731部队逃出来的。这个在附近百姓口中常被低声提起的番号，那时还只是个模糊而阴森的名字，谁也想不到，它背后藏着的，是整个时代最黑暗的深渊。
与此同时，在731部队阴冷的建筑群里，另一条线索正悄无声息地展开。荒川被中留部长殿叫去，命令他根据抓回来的情报，把那些逃跑的马路大逐一画成大幅肖像贴在路口，方便日后搜查。画室的门被关得严实，中留刻意叮嘱他，这些画不能让外人看见，也绝不能泄露出去。荒川一边拿起画笔，一边感到一种难以言说的压迫。他无意中听到了佐贺木大佐同中留部长殿的对话，从几句不经意的交换中，隐约听出高层对“失踪实验体”充满了恐惧与杀意。荒川心里发虚，因为他知道，自己曾经悄悄把一枚风菱牌刀片塞给了909号马路大，给了对方一个微弱得几乎看不见的“选择”。他生怕有人顺着线索查到自己身上。
这天，小岛幸夫借着炊事班送饭的机会去看望成田一男。锅灶边热气翻滚，外面的风却透骨冰凉。成田装作闲谈，忽然提起一件看似漫不经心的事——听说荒川在协助拍摄时，曾去过七号楼？他压低了声音，说听到有人议论：逃跑的那些马路大，多半都关在七号楼里试验。如此一来，荒川的行为就显得异常可疑。小岛心里一凛，却仍旧坚持提醒他，这些都只是道听途说，没有确凿证据，很可能是人心惶惶下滋生的谣言。成田却没有被说服，那段时间，在扭曲的军国主义教育下，他的脑子里已经充满极端而偏狭的判断，习惯用“忠诚”和“背叛”来衡量身边的一切。怀疑像一粒种子，在他心里扎了根。
荒川却顾不上这些暗潮涌动，他按要求把画像一张张画完，纸上一个个瘦削的脸孔被他认真描摹，眼神里有恐惧，有绝望，也有近乎麻木的空洞。画完最后一张时，他正好听到走廊里传来佐贺木大佐的命令——除了要彻底排查安达附近的所有村子，还要根据他们登记时留下的住址一户一户去查。佐贺木冷冷地说，人即便是从地狱里逃出来，也会有想回家的本能，这一点决不能忽略。话里那种对“人性”的冷静估算，令荒川心中发寒。后来，他又从高桥明彦口中得知，已经有两个马路大被重新抓了回来，下场不言自明。那些在画像里定格的面孔，活着的、死去的、被抓回来的，都像是压在他良心上的一块块石头。
另一边，在安达的村镇上，命运的齿轮也在悄悄咬合。严炳瑞如约在秘密地点把一尾箱摄影、剪辑设备悄悄交到小岛幸夫手中。箱子沉甸甸的，不仅装着器材，也装着某种几乎可以决定几千人命运的可能性。借着交接的空档，小岛压低声音，对严炳瑞说出了他心中久藏的真相——天理村的瘟疫并非什么“天灾”，而是731部队散播的病菌所致。他已经冒险在拍摄过程中偷偷记录下了关键画面，可在封闭而高压的基地里，他根本没有办法把胶片带出去。严炳瑞沉默了片刻，目光复杂，随后用一句简短却沉甸甸的话，表明了自己的立场——他愿意冒着性命危险帮这一把。就在他们达成默契的同时，远在水楼子一带，长根三人则在佟长富家里，把自己在731部队的经历一五一十说了出来。
他们提到的那些画面，让在场的每个人头皮发麻：冰冷的试验台，密封的玻璃罩，人体在极端环境下被一点点摧毁，数字被工整地记录在表格上，变成所谓“数据”，而人本身的痛苦与尊严，却连脚注都算不上。佟长富、玉兰、长根的娘，还有挤在屋里听得屏气凝神的乡亲们，你看看我，我看看你，半晌说不出话来。等大家回过神来，正打算商量如何安置这几个从魔窟里逃出来的人时，院外突然传来粗鲁的叫嚷和脚步声——日本兵来了。枪口毫不客气地顶上门板，砰砰几声踹门，吼叫声混着哭喊声，整个院子瞬间乱成一团。
被枪口抵住额头那一刻，谁都吓得连大气都不敢出。日本兵一面搜查，一面用听不太懂的汉语和粗暴的日语夹杂着威胁，逼问有没有藏人。屋里床底、柜子、米缸都被翻了个底朝天，幸好事先有准备，长根三人被藏在精心掩饰好的夹层里，总算逃过一劫。等日本兵骂骂咧咧离开，屋子里乱成一片，碗碟碎了一地，尘土飞扬。巴图玛太奶被其中一个士兵粗暴一推，直接摔倒在地，老骨头疼得她冷汗直冒，却仍强撑着嘱咐佟长富，要他想办法“解决”，不能坐以待毙。佟长富看着满屋惊魂未定的乡亲，心里像压了块巨石。
他咬牙向众人坦白，当年自己接了一趟日本人的活儿，运了两条看似普通的箱子回水楼子，谁料那东西极可能与如今整个村子爆发炭疽有关。他每说一句，脸色就沉一分。他说今天这事，不能再装聋作哑，必须拿个主意。看日本人的架势，水楼子已经不可能再是安全的栖身之所了，可就这么留下老人孩子，被围困在瘟疫与清剿之间，不是饿死就是冻死。佟长富抬起头，目光扫过众人，语气坚定起来：既然如此，就只有逃。他请求乡亲们信他，把这个险棋交给他来走，哪怕前路凶多吉少，也不能再把命交给日本人和这鬼地方。屋里一片沉默，随后有人颤声附和，更多人点头。就在这动荡不安的一刻，每个人的命运都悄悄改了轨迹。
而在遥远的七号楼里，成田一男最终还是迈出那一步，走进石井四郎的办公室，亲口举报了荒川。他说出了自己看到荒川在七号楼外徘徊许久的情景，说出了之前听到的风声与传言。石井四郎的眼神像冰一样，听完后只淡淡点头，下令将荒川叫来质询。面对冷酷的军医头目，荒川死不承认自己给过909号刀片——他确实不能承认，因为成田看到的也不过是他立在门口的背影，并没亲眼目睹他进入楼内。更关键的是，被人逼到角落里的909号，在最后的反抗中撞向铁栏，重伤倒地之前，把那枚风菱牌刀片硬生生吞进了肚子里。按照流程，所有死去的马路大理应被解剖，可那天因为事故频发，人手不足，并不是每具尸体都被彻查。负责的军医只是草草检视、记录，便让尸体被运去处理。结果，石井四郎最终也没能在尸体里找到任何异常，更别说那枚刀片。冥冥之中，909号在死前做出的那个极端举动，竟阴差阳错地救了荒川一命。
小岛幸夫则被软禁在资材部的阁楼上，名义上是“集中精力剪片”，实则无形的监视已经无处不在。阁楼空间逼仄，窗子被钉死，只留下一道狭窄的缝隙透进光线。他看着手里那卷对他而言比性命还重要的胶片，脑子里飞快盘算着所有可能的出路。突然，他想起硝酸胶片在受热时会出现分层的物理特性——只要控制好温度与时间，就有机会在不损毁原片的情况下，将影像“拆”出第二份。他开始在有限的器材中找寻可利用的东西，反复试验，冒着一旦出错就前功尽弃的风险，最终成功将影像复制出一份可以隐藏的备用胶片。那一刻，他握着那卷新生的胶片，心跳得几乎要冲破胸腔。
不久之后，石井四郎亲自到放映室观看了最终剪辑出来的宣传片。黑暗中，放映机嗡嗡作响，银幕上播放着经过精心剪裁过的“科学成果”：整齐划一的队列、秩序森严的实验室、笑容可掬的军医，还有被刻意淡化、模糊处理的“实验对象”。片子放完，灯光亮起，石井四郎的神情看不出喜怒，他只是冷冷地盯了小岛很久，显然对这个对外来客始终保持警惕。出于怀疑，他命中留部长殿当场为小岛搜身，连裤子都要脱下来检查，丝毫不给对方保留体面。小岛脸色涨红，却只能忍气吞声。搜查结束后，石井下令：所有现有的摄影机、胶片、剪辑设备都不得带出部队，由中留负责没收。对外他会给小岛配备一套“全新的器材”，听起来像是施舍，实际上是把所有可能泄露真相的线索牢牢钳在自己掌心。小岛被迫表面顺从，心里却更坚定地意识到，这场与时间赛跑的证据之战，远比他想象的更加残酷。
多年之后，当这一切的余波以零散的记忆、破碎的物证、褪色的照片形式回到成铭眼前时，他已经无法再把这当作一段遥远的历史来看待。握在手里的那把胁差，仿佛仍残留着战时的寒意；那些被掩埋在档案中的姓名，仿佛随时会从纸缝里伸出手来，向他索要一个迟来的公道。山边悠喜子说得没错，要翻动五十年前的旧账，注定要承受巨大的压力与牵连，可成铭明白，如果这一代人再选择沉默，那么当最后一个幸存者闭上眼睛，所有的真相就会和他们一起，被永远葬进黑暗里。于是，在这条布满荆棘的追问之路上，他只能不断往前走，用仅剩不多的证人证言、用一把锈迹斑驳的短刀、用一卷历尽劫波的胶片，去拼凑出那段曾经真实发生、却被刻意抹去的历史轮廓。