戴面具的协调训练家，假面使者登场 小智等人终于抵达即将举办神奇宝贝华丽大赛的绿荫镇。来到神奇宝贝中心时，发现小遥的竞敌小瞬的毒蔷薇受伤了，在那里接受治疗。小瞬在跟戴假面具的训练家对战中落败，无法参加这次的华丽大赛。小智等人听到后，对这个打败强敌小瞬的戴面具的训练家，假面使者，感到很好奇。然后，假面使者也找上了小智一行人...。

绿荫镇，神奇宝贝华丽大赛 小智等人来到即将举办神奇宝贝华丽大赛的绿荫镇。在那里认识了软弱的少年君麻吕。他的母亲很讨厌神奇宝贝，还对君麻吕下了禁令，不准接近神奇宝贝。小智等人知道君麻吕很喜欢神奇宝贝，遂与他的父亲田村麻吕合作，想让君麻吕参加神奇宝贝华丽大赛。另外，这次的绿荫大会里，对第一次与向尾喵搭档参赛，以缎带勋章为目标的小遥来说，也是很重要的一场比赛。小遥与君麻吕的竞赛的结果将是如何呢？

太阳岩与莲帽小童，神圣森林的传说 为了下一场道馆挑战赛，小智向着橙华市前进，途中路过森林深处的一个小村子。在那里，小刚的莲叶童子进化成莲帽小童。村民们看到莲帽小童，不知为什么，就开始拜了起来。好像是因为村子从两星期前就开始缺水，所以村民们才如此崇拜村子的水神莲帽小童。村民们认为缺水的原因是两周前出现在森林的太阳岩，因而想尽办法想将太阳岩赶出森林...。

青绵岛的天空，小遥的心 以橙华市为目标前进的小智等人，途中在森林迷路，发现了一只受伤的青绵鸟。牠好像是因为前几天的暴风雨而受伤、离群的。于是小智等人决定照顾到青绵鸟身体康复为止。因为小智等人努力的照顾，青绵鸟的伤势好了，将要回到同伴的身边了。可是，不知为什么就是飞不上来，掉到地上。小智等人虽不晓得原因，但还是拟立了种种作战计划，想让青绵鸟可以再度飞翔。

击退溶食兽大作战！ 前往下一个都市橙华市的途中，小智等人来到了某个城镇，突然听到神秘的警报声。据君莎小姐所说，这个城镇一到某个特定时期，就会有大批溶食兽来袭，抢夺镇上的粮食。由于迄今为止的受害太过严重，镇上已委托溶食兽研究家的释吉博士，决定这次一定要击退溶食兽。小智等人得知此事，想要助博士一臂之力，但是......。

一触即发，爆音怪对抗森林蜥蜴 以橙华市为目的地的小智等人，中途在某个森林用早餐。一行人都很快乐，唯独木守宫的情况怪异。牠对小智所说的话几乎完全没有反应。这时候，爆音怪大吼大叫的跑出来。听跟着跑过来的少年盖伊说，这个爆音怪最近都无视自己的训练家盖伊说的话，非常狂暴。盖伊搞不清楚原因，非常困扰。小智猜测原因应该是压力太大，想要化解其压力，而决定跟盖伊来一场比赛。结果直到刚才都还很安静的森林蜥蜴突然斗志高昂，要求小智派自己上场。于是小智就派森林蜥蜴上场了，可是......。