神奇宝贝华丽大赛！水静大会!! 神奇宝贝华丽大赛水静大会终于开始了。但是，最初登场的小遥与力壮鸡，遇到了意想不到的状况。比赛中，小遥跌倒，力壮鸡的火炎正好扑向小遥。幸好小遥临危不乱，化解危机，成功的表演结束。加奈以小遥为榜样，士气大振，与噗噗猪一起登场。到底加奈与噗噗猪会拿出什么样的表演呢？

那三只登场！裁判学校之岛！ 小智等人得到了第三个缎带勋章。为了前往下一个道馆所在的绿岭市，一行人搭上了连络船班。然而他们不知自己搞错了目的地，船其实是到达邦巴岛的。在那里，小智等人遇到了带着妙蛙草、卡咪龟、火恐龙的少年，吉米。吉米正在神奇宝贝比赛裁判养成学校学习如何当裁判。受养成学校老师莎莉娜所托，小智与小刚加入帮忙学生的双打比赛的实习课...

珍珠贝与跳跳猪！寻找珍珠！ 小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，非常困扰。于是神奇宝贝们就潜入海中帮忙寻找，偏偏怎样都找不着。此时，出现一位叫做伊崎的研究学家，告诉他们只要找到「双壳神奇宝贝」珍珠贝就可以了。在伊崎的向导下，小智等人来到珍珠贝研究所，看到罕见的蓝珍珠。并且，火箭队的人也跑了过来...

古空棘鱼与深海的秘宝！ 在瓦滋瓦岛的海边，小智等人遇到了一位男性，草也。草也宣称自己是以搜寻海中宝物贩卖维生的宝物猎人。听说草也可能发现了古时沉船的宝物，小智等人马上跟着起哄，前往海中寻宝，但是听到风声的火箭队也靠近过来...

猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！ 小智等人来到伊吕波三岛。一行人把没有元气的力壮鸡交给岛上的神奇宝贝中心，意外偶遇小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于「深海之牙」与「深海之鳞」上头。小智等人为了解开海底谜题，与岛上的少女奈美子一起前往古老传说中的洞窟...

肌肉比赛!?？双打比赛!! 小智等人来到刚迦岛。在那里，遇到了一群为了获得格斗胜利，努力于肌肉锻练的一群人，并被拖下去一起练习。在那里，岛上最强的训练家岩清水向小智挑战双打比赛。面对水系的沼王与帝牙海狮，小智决定用皮卡丘与森林蜥蜴对战，但又陷入意料不到的危机之中...