以神奇寶貝大師為目標，小智與皮卡丘來到未知的新天地--芳緣地方旅行。然而皮卡丘的狀況卻不大對勁。為了讓發高燒呻吟不止的皮卡丘得到治療，小智與芳緣地方出名的神奇寶貝博士，小田卷博士取得連絡。原來皮卡丘是受到之前火箭隊的攻擊影響，體內累積大量的電氣，再惡化下去搞不好會發生爆炸。於是吸取皮卡丘體內的電氣治療馬上展開，但是皮卡丘太過龐大的電氣能量卻引發機械發生爆炸！意識不清的皮卡丘就這樣逃到外面。小智與小田卷博士也馬上緊追上去…。差不多這時候，住在芳緣地方的小遙正踩單車往小田卷博士的方向來，打算拿最初的神奇寶貝以踏上神奇寶貝訓練家之旅。個性開朗、活蹦亂跳的小遙一知道博士不在研究所，也馬上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否營安無事？！小智要怎樣克服在新天地突然遭逢的危機呢？

小智與皮卡丘在芳緣地方展開新的冒險之旅。由於諸多原因，為了與新人神奇寶貝訓練家小遙一起登錄參加芳緣聯盟，正往神奇寶貝中心所在的古辰鎮前進。小遙對神奇寶貝的用法依然很生疏，一路上可用手忙腳亂來形容。最後勉強來到神奇寶貝中心的一行人，從在中心研究古辰遺跡的梅茲博士那裡聽到有關古代神奇寶貝之謎的故事。據說博士最近已解開該謎題。也就在這個夜裡，數個男人突然出現把梅茲博士與小智等人擄走。這些神秘男子的目的到底是什麼？古辰遺跡到底隱藏著什麼秘密？

小智等人完成參加登錄芳緣聯盟的手續，為了挑戰在芳緣地區的第一場道館比賽，意氣風發的向橙華市前進。可是小遙一到橙華市，就好像有意避開道館似的，在街頭跑得不見人影，留下小智一人敲橙華道館的大門。應門的是一位嚮往神奇寶貝訓練家的小男孩。一看到小智就提起小智在城都聯盟中戰鬥上的錯誤。小智聽得很不高興，放話要對方找道館訓練家，男孩說自己就是道館訓練家…這下子小智在芳緣地方最初的道館比賽到底會如何發展呢？

小遙的弟弟小勝也一起加入小智的旅行。不管怎樣，一行人熱熱鬧鬧的向附近最近的神奇寶貝道館所在地卡那茲市前進。森林中小智等人遇到燕子神奇寶貝的傲骨燕，受到爭地盤的傲骨燕群襲擊。不服輸的傲骨燕受到皮卡丘的十萬伏特電擊，就是死也不肯服氣。小智等人被傲骨燕軍團包圍，陷入大危機。此時跳出來搭救一行人的，竟是在常磐市告別的小剛！脫離危機後，小智等人都很高興這次的再會，小遙與小勝也很快的與新同伴打成一片。但是那時候，看上傲骨燕的傲氣的火箭隊，又打算利用傲骨燕來捕捉皮卡丘的作戰計劃，到底小智他們有辦法解決嗎？

以卡那茲市為目的地而持續旅行的小智等人在森林遇到大得離譜的豆貍神奇寶貝蛇紋熊。其實那是穿著短褲、想接觸大自然、套著神奇寶貝布偶想了解神奇寶貝的心情的古怪少年--阿奇變裝的姿態。雖然阿奇由於小智等人的關係沒有抓到蛇紋熊，不過正打算到橙華道館挑戰的他，得知小遙是道館訓練家的女兒，便趁此機會向小遙提出對戰的要求。小遙接受挑戰，然而還是初學者的她，自然很快的輸掉這場比賽。阿奇因此而說橙華道館太容易打贏了，而後得意洋洋的跑去抓蛇紋熊。小遙心不甘願，但也只能在心裡抱怨。但是弟弟小勝卻吞不下這口氣。認為對方可以輕視小遙，就是不可以輕視道館訓練家的父親。於是獨自一個人採取個別行動，到底事情會怎麼收場呢？

前往卡那茲市的小智等人來到一座森林。聽說最近這一帶目無法紀的神奇寶貝盜獵者很猖狂。由於發現了盜獵者使用的捕獲網的一部份，小智等人遂加入幫忙逮捕犯人。這時火箭隊照慣例的挖掘捕捉皮卡丘的地洞，偶然發現盜獵者抓到的大量有毒神奇寶貝阿柏蛇與瓦斯彈。由於長期以來的好搭擋阿柏怪與雙彈瓦斯都是由阿柏蛇與瓦斯彈進化而來，對這兩種神奇寶貝有深切感情的火箭隊，決定將這群神奇寶貝放出來，自己收下。但是這個行動被盜獵者阿隆發現，火箭隊的阿柏怪與雙彈瓦斯也成了被狙擊的目標！面對使用實力強大的神奇寶貝的阿隆，火箭隊完全無反抗能力！他們是否有辦法保住長期合作的伙伴阿柏怪與雙彈瓦斯呢？火箭隊還會有白色的未來嗎？