為了再度挑戰武鬥道館，而不斷修行的小智，終於要向道館訓練家藤樹做復仇戰了。可是在藤樹的秘密練習場的戰鬥，攻守狀況卻和上次的對戰顛倒過來…。面對藤樹猛發攻勢的神奇寶貝，小智發揮了修行的成果，在輕鬆閃躲中慎重地尋找機會。藤樹的神奇寶貝果然因為不斷發出攻擊，很快就喘不過氣來了。任誰來看都會覺得小智佔了上風，但是，小剛卻有不同的看法。小剛在藤樹這宛如故意製造機會給小智的戰鬥中，感到隱隱約約的不安…。

小智一行人結束武鬥道館的復仇戰，為了小遙即將參加的神奇寶貝華麗大賽，而搭船前往大會場地的凱那市。由於火箭隊設下的圈套，船遇難了。小智等人順水飄流，最後遇上了氣氛陰森的觸礁的棄船。在那裡，一行人結識了來調查棄船的廣海，一同休息了一段時間。這期間，火雉雞突然不見了?!一行人不加思索，到處搜索，沒多久，小勝與小遙也不見了。小智等人感受到危機，提高了警覺，可是…

小遙來到凱那市，馬上就以神奇寶貝華麗大賽的優勝為目標，和蝴蝶神奇寶貝的狩獵鳳蝶展開了特訓。特訓中，小遙遇到了也想拿到大賽優勝的少年，神奇寶貝協調家，小瞬。小遙與小瞬之間燃起了激烈的競爭意識，又跟小智等人展開更激烈的特訓。煙火工匠畢希見到這個情況，告訴小遙，有個果實吃了可以讓參賽的神奇寶貝擁有更有利的條件。為了分得一些果實，小遙等人來到畢希的倉庫，可是在那裡只見到將果實完全吃光的火稚雞。小遙等人得知這個果實是畢希今夜放神奇寶貝煙火的製作材料，深感自責，於是決定到森林去尋找果實來還給畢希先生。

為了得到神奇寶貝華麗大賽的優勝，小遙將火稚雞交給小智等人保管，自己與狩獵鳳蝶離開去練習。此時小智等人又受喬伊小姐所託，幫忙照顧三隻神奇寶貝做健康檢查，因為不久之後，即將成為神奇寶貝訓練的小孩會過來領取。做完健康檢查後，喬伊小姐又託小智等人保管這些神奇寶貝。可是，其中有隻活潑不聽話的火稚雞一直想逃跑。為了抓這隻火稚雞，小智拿出龍蝦小兵戰鬥。沒想到戰鬥中，火稚雞意外進化成力壯雞了。

神奇寶貝華麗大賽舉辦的曰子，會場人潮洶湧，熱鬧極了。身處其中的小遙，在休息室內一直緊張得無法冷靜。第一次審查的主題是魅力演技。在神奇寶貝展現的多彩多姿的絕招中，勁敵小瞬的「荊棘」毒薔薇得到了高分。然後終於輪到小遙跟狩獵鳳蝶上場了。狩獵鳳蝶拿出為了這一天努力練習已久的絕招，銀色之風，成功進入了第二次審查。接下來的審查是只靠美麗還不夠，必須以實力獲勝的華麗戰鬥。小遙的對戰對手是小瞬。這場戰鬥到底會誰勝誰負呢?5p

神奇寶貝華麗大賽告一段落，小智等人在凱那市停留了最後一天。小遙與小剛到市區買東西，小智與小勝和皮卡丘決定到海之博物館參觀。很不湊巧，博物館剛好休館。小智等人遇到了庫斯諾吉館長，並被帶入館內參觀。在那裡，小智等人看到了罕見的燒焦的神秘岩石。此時出現了企圖奪走博物館展示品的火箭隊，將小智等人關進牢籠內。然而比他們更早一步潛入館內的火岩隊又跟火箭隊發生衝突。兩派人馬為了寶物，突然展開了戰鬥…