小智一行人結束武鬥道館的復仇戰，為了小遙即將參加的神奇寶貝華麗大賽，而搭船前往大會場地的凱那市。由於火箭隊設下的圈套，船遇難了。小智等人順水飄流，最後遇上了氣氛陰森的觸礁的棄船。在那裡，一行人結識了來調查棄船的廣海，一同休息了一段時間。這期間，火雉雞突然不見了?!一行人不加思索，到處搜索，沒多久，小勝與小遙也不見了。小智等人感受到危機，提高了警覺，可是…