為了再度挑戰武鬥道館，而不斷修行的小智，終於要向道館訓練家藤樹做復仇戰了。可是在藤樹的秘密練習場的戰鬥，攻守狀況卻和上次的對戰顛倒過來…。面對藤樹猛發攻勢的神奇寶貝，小智發揮了修行的成果，在輕鬆閃躲中慎重地尋找機會。藤樹的神奇寶貝果然因為不斷發出攻擊，很快就喘不過氣來了。任誰來看都會覺得小智佔了上風，但是，小剛卻有不同的看法。小剛在藤樹這宛如故意製造機會給小智的戰鬥中，感到隱隱約約的不安…。