小智等人今天依然在武鬥島努力修行。企圖搶走一伙人的神奇寶貝的火箭隊，又跑來鬧事。在格鬥中，小遙的「蛹神奇寶貝」甲殼蛹進化成「蝴蝶神奇寶貝」狩獵鳳蝶了!!其進化令小遙高興極了。然而，火箭隊的武藏卻不高興極了。因為她所疼愛的蛹神奇寶貝盾甲繭一點要進化的跡象也沒有。敗給小智等人之後，武藏也燃起了競爭意識，對盾甲繭展開特訓，偏偏盾甲繭實力太強，火箭隊的人所擁有的神奇寶貝根本不是它的對手。為了讓重要的盾甲繭進化，武藏只好尋找厲害的神奇寶貝來磨練，以再度向小智等人挑戰。