小智一行人，在武鬥島邊架設帳篷，繼續著神奇寶貝的修行。那個時候，沙中突然出現的未知生物，襲擊了小智一行人。打算捕獲牠的小智，卻因為牠的強大力量，而失敗了。而且那個生物，還把帳篷給弄倒了。被嚇到的小智，燃起的捕獲謎的生物的慾望，決定揭發未知生物的原形。靜靜等待的夜晚的到來。於是當天晚上，未知生物還是出現了！！小智能順利捕獲未知生物嗎！？