旅行的途中，小智等人在歇息的湖邊結識了「浮萍神奇寶貝」蓮葉童子與花店三姐妹典子、玲子、奈緒子。一行人拜訪他們的店鋪﹑享用好吃的果子料理、熱烈談論起對神奇寶貝有各種效果的果實。三姐妹中最年幼的奈緒子似乎喜歡上了小剛。由於小剛一句想看看果實中少見的香柚之果，奈緒子竟然獨自到森林裡去尋找！森林天黑後容易迷路。小智等人急忙出發去尋找奈緒子，但是偏偏這個時候火箭隊想要捕抓這些蓮葉童子，小智他們能保護湖泊的和平嗎？