在某個洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡覺的大聲神奇寶貝吼爆彈。在急於逃離吼爆彈追打的情況下，小智等人居然與皮卡丘他們走失了。而此時，勉強逃到外面的皮卡丘等神奇寶貝也拼命的想尋找小智。神奇寶貝們雖然受傷了，還是以出去遠足的心情往森林前進。但是，突然的，四周響起奇特的草笛聲。皮卡丘他們像中了催眠術一樣，開始在同樣的地方打轉起來。神奇寶貝們的身上是出什麼事了?!還有，這個吹草笛的，到底是誰?