禁忌森林的国王妙蛙花 以茵郁市为目标的小智等人，途中在森林里迷路，小遥被突然跳出来的盔甲鸟给带走。小智等人急忙追上去，却遭到厚重的木门与一群神秘男子的阻挡。这些人是住在森林的村民。对他们来说，门的另一边是禁地，自古以来就为人所畏惧，据说，进入里面的人会触怒草系神奇宝贝。一心想要赶快救出小遥的小智等人，趁村民不注意时偷偷爬过大门，可是…。另一方面，小遥被带进禁地之后，被妙蛙种子、臭臭花、口呆花等「草系神奇宝贝」所包围…