在武鬥道館之戰裡面，小智被道館訓練家藤樹打倒，感受到自己實力的不足，決定在武鬥島暫時修行一段時間。然而在那個時候，出現了企圖奪走小智等人的神奇寶貝的火箭隊！小智等人好不容易將火箭隊趕跑，但是回過神來卻注意到，小遙的刺尾蟲跟火箭隊的刺尾蟲在混戰中弄混了！刺尾蟲是小遙第一次收服，細心照料的神奇寶貝，想到自己的刺尾蟲被迫與卑鄙的火箭隊待在一塊兒，小遙就非常的不安。忍住盈眶的淚水，小遙拼命奔走尋找火箭隊…。