以紫堇市為目的地而前進的小智等人，在濃霧的山路中行走著。聽說山中有個村子，在那裡，有著被當成路標的燈塔。小智等人遇到了守護燈塔的「光之石」的正電拍拍與負電拍拍，其主人和智見到小智的打扮，認定他就是村子傳說中的勇者。和智完全沒有戰鬥經驗，他帶著加油神奇寶貝跟隨自己崇拜的小智一起練習。誰知火箭隊卻跑來搗蛋，搶走了光之石與皮卡丘…。